Договор вступал в силу только после заключения мира с союзниками Бочкаи, османами. Однако Рудольф II не спешил заключать мир с турками и даже отказывался признать Венский мир, заключенный эрцгерцогом Матиасом. В Венгрии поднялась волна возмущения, сопровождавшаяся разбойными нападениями гайдуков. Венский мир также причинил Матиасу осложнения за границей. Папский нунций выразил протест против зафиксированной в договоре религиозной терпимости. В ответ на критику эрцгерцог напомнил ему, что Испания и папский престол не спешили предоставить военную помощь, когда Габсбурги в ней так нуждались. Наконец, Рудольф согласился на подписание мирного договора с османами.
После пятнадцати лет войны 11 ноября 1606 г. в лагере, разбитом близ слияния рек Житава и Дунай, был подписан договор с турками со сроком действия не менее 20 лет. Султан сохранял за собой крепости, которые он захватил во время восстания Бочкаи. В то же время он смирялся с утерей Новоградского санджака. Император выплачивал турецкому султану единовременную репарацию в размере 200 тыс. флоринов и соглашался с утерей Эстергома, который, вместе с прилегающими территориями, оставался в руках турок. Вскоре после заключения Житваторокского (в словацкой традиции Житавского. —
После преждевременной смерти Иллешхази (1609 г.) сейм вновь собрался в Братиславе для избрания его преемника. Имена четырех кандидатов, как это предписывал Венский мир, — два католика и два протестанта — были названы сейму государем. Палатином был избран магнат-лютеранин словацкого происхождения Дёрдь Турзо. По его инициативе в 1610 г. в Жилине был созван синод евангелических конгрегации Аугсбургского исповедания из 10 комитатов Венгрии, которые прежде формально подчинялись эстергомскому архиепископству. На синоде лютеране отмежевались от католической церкви и создали на территории западной и средней Словакии три суперинтендантства, в которых суперинтендантами были избраны трое словаков. Помимо этого было избрано три инспектора, два для немецкоязычных лютеран и один для венгероязычных лютеран. Суперинтендантство для венгероязычных лютеран было создано в 1613 г. Горнопромышленные города сохранили свой сеньорат, в то время как гемерский сеньорат был образован в 1604 г. Синод в Спишске Подградье (1614 г.) под председательством Криштофа Турзо, который ненадолго перешел в католичество, но затем снова стал лютеранином, образовал одно суперинтендантство для комитатов Спиш и Шариш и другое для городов Пентаполитаны в восточной Словакии.