В состав штаба входили полковник Гоппер — подбор офицерских кадров, полковник Страдецкий — связь с белогвардейскими армиями на всех фронтах, подполковник Бреде (Ф. А. Бриедис) — разведка, контрразведка и антибольшевицкая пропаганда в латышских стрелковых частях. Кавалерийский центр штаба возглавлял бывший ротмистр Сумского гусарского полка А. А. Виленкин, артиллерийский центр — бывший офицер 3-й гвардейской артиллерийской бригады капитан Шредер.
Многие из членов организации состояли на службе в различных советских военных и хозяйственных учреждениях. Легальным прикрытием для савинковской организации в Москве была "Московская продовольственная милиция", возглавляемая участником Веденниковым. Он легализовывал заговорщиков, принимая их в качестве сотрудников в состав московской продовольственной милиции, выдавая им оружие и соответствующие документы.
"Народный Союз защиты Родины и Свободы" финансировался переехавшими в Вологду из Петрограда французским и английским посольствами. Французский посол Нуланс передал Савинкову 2 миллиона рублей. Сотни тысяч рублей получил Савинков и от англичан. От будущего президента Чехословакии Масарика, Савинков получил 200 тысяч рублей специально для устройства террористических актов против руководителей Советского государства. ("Документы об антинародной и антинациональной политике Масарика" — М.: "Иностранная литература", 1954. — с. 21, В. Краль "О контрреволюционной и антисоветской политике Масарика и Бенеша" — М.: "Иностранная литература", 1955. — с. 80).
Англо-французский план использования организации Савинкова для свержения Советской власти состоял в следующем: организовать антисоветский мятеж чехословацкого корпуса, двигавшегося к Владивостоку, повернуть этот корпус на север, в сторону Архангельска, где предполагалось высадить английский десант. В момент выхода чехословацкого корпуса к верховьям реки Волга, Савинков должен был поднять восстания в Рыбинске, Ярославле, Костроме, Муроме, Казани и ряде других городов и удерживать их в своих руках до подхода с севера из Архангельска английских войск, а с востока — чехословацкого корпуса. Одновременно предполагалось поднять восстание в Москве и тем самым окончательно свергнуть Советскую власть.
Заговор английского и французского посольств помимо мятежа чехословацкого корпуса и организации Савинкова, так же предусматривал мятеж левых эсеров против Советского правительства, срыв Брестского договора и возобновление войны с Германией. По показаниям Савинкова в ходе суда над ним в Москве в 1924 году, французское посольство дало прямое задание левым эсерам убить немецкого посла Мирбаха с целью развязать войну с Германией: "Мне было известно из французских источников, от того же Гокье и Гренара, что они (левые эсеры.) тоже получали помощь от французов. Греиар мне говорил о том, что убийство Мирбаха было сделано при известном участии французов через левых эсеров. Французы, зная, что левые эсеры будут выступать в Москве, наши силы перебросили сознательно на Верхнюю Волгу, стараясь приурочить время нашего выступления к восстанию левых эсеров". (Сборник "Дело Бориса Савинкова" — М.: "Рабочая Москва", 1924. — с. 60).
Однако полностью использовать организацию Савинкова англичанам и французам не удалось, поскольку в мае 1918, о её существовании стало известно центральному аппарату ВЧК. Всё началось с того, что в мае 1918, в центральный аппарат ВЧК получил два крайне важных письма. В первом письме один из рабочих московского завода "Каучук" по фамилии Ннфонов, которого переселили в дом № 1, по Молочному переулку, сообщал, что находящуюся в этом доме частную больницу посещают какие-то подозрительные люди, больше похожие не на больных, а на офицеров.
Во втором письме, поступившем в ВЧК, командир одного из латышских полка писал со слов знакомой ему девушки, что в церковной Иверской больнице скрывается под видом больных много офицеров. Один из них, по фамилии Иванов, влюбленный в медицинскую сестру, советовал ей на некоторое время уехать в деревню, так как в Москве ожидается вооруженное выступление против большевиков.
Ознакомившись с этими письмами Ф. Э. Дзержинский приказал установить тщательное наблюдение за больницей в Молочном переулке, а также за Иверской больницей. За юнкером Ивановым также было установлено наблюдение. Вскоре было выяснено, что он часто бывает в доме № 3, кв. 9, по Малому Левшинскому переулку. (журнал "Пролетарская революция" — 1924 — № 10 — с. 12).
В ночь с 28 на 29 мая 1918, комиссары ВЧК с отрядом красноармейцев и милиционеров окружили этот дом. По условному сигналу чекисты вошли в квартиру. За столом сидели 13 человек. Заседавшие настолько растерялись, что не смогли даже спрятать лежавшие на столе документы. При обыске чекисты обнаружили печати и программу "Союза защиты родины и свободы", схему построения пехотного полка, московские и казанские адреса, а также визитную карточку, зигзагообразно разрезанную с угла на угол. На полу были подобраны клочки мелко изорванного письма.