Кроме дома № 3 по Малому Левшинскому переулку, всю ночь с 28 на 29 мая 1918, по всей Москве производились аресты на выявленных ранее конспиративных квартирах заговорщиков. В ходе арестов неоднократно происходили перестрелки, в результате которых был убит один из комиссаров центрального аппарата ВЧК по фамилии Цегалко и тяжело ранен милиционер.
Если значение большинства изъятых при обыске документов было совершенно ясно чекистам, то назначение визитной карточки и содержание изорванного письма представляли собой загадку. Письмо было написано вперемежку на французском и английском языках. На клочках бумаги часто встречались слова: "треугольник", "бархат", "Асе" и другие. Расшифровать их значение было не так-то просто. Ψ. Э. Дзержинский сложил все кусочки разорванного письма на своём письменном столе и вместе с М. Я. Лацисом приступил к их тщательному изучению. В кабинет председателя ВЧК была приглашена сотрудница ВЦИК Е. Я. Драбкина, владевшая несколькими иностранными языками. В конце концов, основное содержание письма удалось расшифровать. Это было донесение Деникину о существовании в Москве двух крупных контрреволюционных организаций, одна из которых ориентировалась на Антанту, а вторая — на Германию (имелся в виду так называемый "Правый центр"). Автор письма принадлежал к первой организации, то есть к "Народному Союзу защиты Родины и Свободы".
Остальные данные по этой организации были добыты в процессе следствия. Юнкер Иванов, оказавшийся в действительности Мешковым, назвал свыше десяти участников заговорщической организации. Другой арестованный, Сидоров (он же Аваев), подробно рассказал о руководящей роли в московской организации некоего Арнольда по фамилии Пинка, который еще не был арестован, так как находился в это время в деревне. Как только Пинка возвратился в Москву, он был задержан и доставлен в ВЧК. (журнал "Новый мир" -1958 — № 9 — с. 149).
В ходе допроса Пинка объяснил чекистам значение разрезанной визитной карточки. Она служила паролем для связи с казанским отделением организации. Кроме этого, Пинка, так же сообщил, что штаб организации находится в больнице в Молочном переулке, то есть в том самом доме, о котором писал рабочий Пифонов и за которым уже велось наблюдение.
Для ликвидации казанской организации "Народному Союзу защиты Родины и Свободы", в Казань выехала группа чекистов. В Казани удалось ликвидировать не только отделение "Союза защиты родины и свободы", но и монархическую группу генерала Попова, созданную по прямому поручению белогвардейского генерала Алексеева. У заговорщиков было изъято более 500 винтовок и много другого оружия.
При ликвидации казанской организации "Союза защиты" была арестована жена бывшего министра Временного правительства Никитина, исполнявшая роль курьера между московским и казанским центрами заговора. Во время обыска у Никитиной было найдено письмо, в котором упоминался как "ловкий разведчик" некий Бредис. У ВЧК уже имелись кое — какие данные о полковнике Бредисе. Однажды на вокзале при проверке документов сотрудники ВЧК задержали капитана Рубиса, пытавшегося проехать на Дон. После ареста у Рубиса было найдено зашифрованное шпионское донесение, исходившее от Бредиса. Но тогда Бредиса поймать не удалось.
Во время следствия по делу "Народного Союза защиты Родины и Свободы" появилось много важных подробностей об этом матером заговорщике. Для ВЧК стало ясным, что в лице полковника Бредиса она имеет дело с ловким и опытным разведчиком, но, тем не менее, чекистам, вскоре удалось установить, что Бредис скрывается в Москве на квартире бывшего крупного нефтепромышленника Лианозова. Там он и был арестован сотрудниками ВЧК.
На допросах Бредис вынужден был рассказать о своем участии в заговоре и о своих агентах, обманным образом пробравшихся в советские военные учреждения, в частности в военную контрразведку ("Военный контроль"). Там служил один из его агентов бывший офицер Бирзе, снабжавший заговорщиков шпионскими сведениями и документами.
Несмотря на разгром руководящих органов "Народного Союза защиты Родины и Свободы" в Москве, самого Савинкова арестовать не удалось, он укрылся в здании английского консульства в Москве.
Ликвидация московской и казанской организаций "Союза защиты родины и свободы" вызвала серьезную тревогу в стане англичан и французов. Их послы потребовали от Савинкова поднять восстания в верхневолжских городах не позднее чем в первые числах июля 1918 года. Эта дата был указан не случайно. Именно в эти дни должно было произойти восстание левых эсеров в Москве, которое готовилось при прямой поддержке союзных миссий. К этому же времени планировалась высадка англо-американского десанта в Архангельске.
Для выполнения задания этого задания Савинков уехал из Москвы в Рыбинск, начальник его штаба полковник Перхуров отправился в Ярославль, полковник Сахаров в Муром. В эти же города отправились рядовые члены организации из числа бывших офицеров, сумевшие скрыться из Москвы и Казани.