В условиях экономического упадка городов и сокращения внутреннего рынка сельское хозяйство получило новый стимул к расширению, так как из районов к востоку от Эльбы хлеб —(главным образом рожь) и промышленное сырье стали вывозить за границу. Восточно-германские (феодалы получили возможность расширять свои хозяйства за счет крестьянских наделов и общинных земель и увеличивать предназначенную на вывоз продукцию, применяя барщинный труд. Мелкие крестьянские хозяйства становились придатком барского, которое обрабатывалось даровым крестьянским трудом и крестьянским инвентарем; они сохранялись в восточных землях лишь постольку, поскольку это представлялось феодалам необходимым для обеспечения своего собственного хозяйства трудом крепостных.
Таким образом, расширение товарного производства в сельском хозяйстве восточных земель происходило на основе— феодальной реакции. Усилившееся после поражения Крестьянской войны крепостное право «во втором издании» сделалось в восточных землях, где существовали благоприятные условия для крупного производства товарного хлеба, орудием полного подчинения крестьян феодалам. В западных районах таких условий не было. Поэтому в западных и юго-западных землях Германии, хотя они и были исходным пунктом феодальной реакции и возобновления всеобщего крепостного состояния крестьянства, продолжала господствовать система мелких хозяйств, плативших феодалам главным образом денежный и натуральный оброк.
Не во всех землях Германской империи крестьянское сопротивление возросшей феодальной эксплуатации было в одинаковой степени подавлено. В Австрии, где феодальная реакция сочеталась с особенно сильной католической реакцией, поддержанной Габсбургами, основные войска которых были заняты в войне с турками, в 1595 г . вспыхнуло крупное крестьянское восстание. Восставшие выдвинули ряд требований против новых актов закрепощения, в частности упразднения произвольной нефиксированной барщины, многообразных феодальных поборов и судебного произвола феодалов. Раздавались голоса и о необходимости ликвидации феодального гнета вообще. Восстание началось в Верхней Австрии, где крестьянам помогали городская беднота и ремесленники, изготовлявшие для восставших холодное и огнестрельное оружие. Верхнеавстрийские феодалы направили вооруженный отряд против восставших, но этот отряд был наголову разбит превосходившими его силами крестьян и плебса. Дальнейшие события привели в 1596 и 1597 гг. к расширению восстания, охватившего Нижнюю Австрию, часть Баварии и районы близ швейцарской границы и грозившего перекинуться в Штирию, где начались волнения среди горнорабочих. В целях раскола движения император Рудольф II издал в мае 1597 г . указ об уменьшении некоторых поборов и ограничении барщины 14 днями в году. Тогда умеренные элементы среди восставших, к которым принадлежал и их руководитель – бывший трактирщик Георг Таш, вступили в переговоры с правительством. Пока велись эти переговоры, восстания были подавлены, началась волна репрессий. Георг Таш и другие руководители после жестоких истязаний были казнены.
После поражения Великой Крестьянской войв Германии наступила политическая и общественная реакция. Положен был конец всему общественному движению эпохи Реформации, развернувшемуся на фоне экономического подъема XV и начала XVI в. Потерпели поражение все слои оппозиции, участвовавшие в движении. В выигрыше остались только князья, усиление которых означало усиление и закрепление политической раздробленности, что и было, по словам Энгельса, главным результатом поражения Крестьянской войны.
Областной и провинциальный сепаратизм, носителями которого выступали многочисленные немецкие князья и имперские города, стал во второй половине XVI в. в еще большей степени, чем раньше, характерной чертой политической жизни Германии. Каждый князь в своих владениях был полновластным монархом. Правда, в отдельных случаях дворяне напоминали князьям о своих особых интересах. В чрезвычайных обложениях крестьян налогами со стороны князей дворяне усматривали ущерб для себя, так как это вело к уменьшению их исключительных «прав» на эксплуатацию крепостных. В таких случаях дворяне добивались ограничения власти князей ландтагами, т. е. сословными органами, санкционировавшими введение новых налогов. Однако в основном немецкое дворянство видело в князьях необходимую опору для проведения актов феодальной реакции и повсеместного восстановления крепостничества., С обострением классовых противоречий в деревне силы дворянства все более сплачивались вокруг княжеской власти, от которой дворяне ждали привилегий, доли в секуляризованных церковных имуществах и прежде всего помощи против возможного сопротивления крестьян.