Несмотря на полный суверенитет князей, многочисленные немецкие княжества не могут рассматриваться как отдельные государства; каждый князь продолжал считать свои владения своей вотчиной. Территории княжеств то делились между наследниками князей, то вновь воссоединялись. Между ними постоянно происходили частные войны. В своей политике внутри территорий и в отношениях с соседями князья исходили из частных, а не из каких-либо государственных интересов. Само понятие «подданство» в немецких княжествах понималось скорее в смысле частноправовом, а не публичноправовом. Говоря о сложившемся в Германии княжеском суверенитете, К. Маркс назвал его «немецким уродством», создавшим «специальное немецкое «подданство», которое делало крестьян и бюргеров одинаково «крепостными» государя»
Немецкие князья стремились к усилению своей мощи за счет ослабления императорской власти. Для наиболее крупных князей императорская власть и имперская политика стала средством, которое может быть использовано в интересах усиления своего княжества и своего влияния. Особенно усилилось влияние курфюрстов, которые перед выборами императора заставляли претендента на имперскую корону подписывать так называемую избирательную капитуляцию, лишавшую его свободы деятельности как во внутренней, так и во внешней политике.
Самыми крупными имперскими князьями были австрийские Габсбурги. В XVI в. в их владения входили Верхняя и Нижняя Австрия, Тироль, ряд областей в Юго-Западной Германии («Передняя Австрия») и славянские земли Штирия, Каринтия и Крайна. После поражения, нанесенного турками в 1526 г . объединенным военным силам чехов и венгров, владения Габсбургов расширились за счет королевства Чехии и части Венгрии, связанных личной унией с Австрией. Таким образом в XVI в. было положено начало Австрийской многонациональной монархии. Австрийские Габсбурги удерживали в своих руках имперскую корону. Однако и Австрийская монархия была ослаблена разделом ее владений в 1564 г . между тремя наследниками Фердинанда 1, хотя императорская корона осталась за старшим сыном Фердинанда 1 – Максимилианом II. Отдельные немецкие князья выступали соперниками Габсбургов. Особенно опасным для Габсбургов было соперничество Баварии, усилившейся к началу XVII в.
В общем хаосе непрерывной грызни между многочисленными немецкими властелинами особенно выделялась борьба двух основных группировок князей – протестантов и католиков – главным образом из-за церковных земель и богатств. Протестантские князья, усиливавшиеся в результате секуляризации церковных имуществ, стремились к закреплению и расширению своих приобретений. В католическом лагере было много духовных князей, ярых противников секуляризации. Светские князья католического лагеря, хотя и заинтересованные в сохранении церковных имуществ, смотрели на католическую церковь как на политическую опору своей власти и не желали дальнейшего подрыва ее могущества.
При первых двух императорах после отречения Карла V – при Фердинанде 1 (1556-1564) и Максимилиане II (1564-1576),-хотя они сами были католиками, наблюдалось равновесие сил, выгодное протестантам, заинтересованным в то время в сохранении существующего положения. Однако общая обстановка второй половины XVI в.– победа контрреформации на Тридентском соборе, агрессивная политика католической Испанской монархии и деятельность созданного в 1540 г . Ордена иезуитов – благоприятствовала в Германской империи наступлению католической реакции. К тому же протестантизм ослабляла внутренняя борьба между лютеранами Северной и Восточной Германии и кальвинистами юго-западных земель.
При императоре Рудольфе II (1576-1612), который воспитывался при испанском дворе Филиппа II и был иезуитом, католическая реакция перешла в наступление в ряде земель Южной и Западной Германии. Основными ее проводниками были герцог Максимилиан Баварский и эрцгерцог Фридрих Штирийский, опиравшиеся на помощь Испанской монархии. С целью объединения своих военных сил протестанты организовали в 1608 г . Евангелическую унию, главой которой был избран Фридрих V Пфальцский. В следующем 1609 г . в противовес унии образовался союз католиков – Католическая лига под главенством Максимилиана Баварского. Если Католическая лига опиралась на Испанскую монархию, то Протестантская уния видела свою опору во французском короле Генрихе IV.
Таким образом, борьба между двумя лагерями в Германии затрагивала интересы крупных иностранных государств, соперничество между которыми становилось в то время главным моментом в системе международных отношений в Европе. Создавалась угроза переплетения внутригерманской борьбы и назревавших острейших международных конфликтов в один общий узел. В подготовлявшейся первой общеевропейской (Тридцатилетней) войне раздробленной и раздираемой внутренней борьбой Германии предстояло сделаться основным полем битвы столкнувшихся между собой иноземных и внутренних сил.