Таким образом, Тайная канцелярия не может быть рассматриваема как случайное, малозначительное учреждение Петровского времени. Однако литературы по ее истории, можно сказать, не существует, почему не удивительно, что по вопросу о происхождении ее мы не находим более или менее точных данных, кроме нескольких, случайно брошенных, замечаний в статьях и сочинениях, прямой темой которых служат совсем иные вопросы русской истории. С такими скудными указаниями мы приступили к архивному материалу, стремясь в нем найти данные к решению вопроса о происхождении Тайной канцелярии.
31 января 1718 года, после почти полугодового пребывания за границей, возвратился в Москву П.А. Толстой, а с ним царевич Алексей. Поручение Петра было выполнено блестяще: царевич привезен в Россию. Сейчас же начался «розыск» при ближайшем участии и под непосредственным руководством самого царя. Уже 4 февраля Петром были предложены Алексею «пункты», написанные рукой П.А. Толстого. Из просмотра дел сразу видно, что вся переписка по розыску направлялась по адресу Петра Андреевича Толстого; никаких других адресатов не встречается; причем, видимо, только один Толстой сносился непосредственно с Петром, и все это указывает, что весь розыск был — главным образом, по крайней мере, — в руках именно Петра Андреевича.
Внимательное рассмотрение дел этого розыска укажет еще, что ближайшим помощником в ведении собственно делопроизводства был у Толстого дьяк Тимофей Палехин: большая часть дел была за скрепой этого дьяка; можно, впрочем, еще заметить одно лицо, тоже причастное к розыску. В декабре 1717 года Макаров писал в Москву Андрею Ивановичу Ушакову: «Царское Величество указал к вам отписать, чтобы хоромы Его Величества в Преображенском велели вы немедленно починить, дабы к пришествию Его Величества были совсем готовы». Таким образом, уже перед приездом Петра в Москву там был А.И. Ушаков, имевший в Преображенском, видимо, некоторую власть, потому там и распоряжавшийся; а, как известно, московский розыск шел именно в Преображенском. С другой стороны, дьяк Палехин был взят из канцелярии рекрутных дел, бывшей целиком в ведении Ушакова; оттуда же были взяты и многие другие приказные; указ поручику Потеневу, везшему дела розыска в Петербург, от 20 марта 1718 года был написан рукой А.И. Ушакова; в то же время Ушаков пишет обер-коменданту Бахметьеву о присылке солдат для сопровождения дел по розыску царевича, пересылаемых из Москвы в Петербург. Из всего этого видно, что Ушаков принимал, и близкое вероятно, участие в розыске.
Таким образом, главным лицом при розыске в Москве являлся Толстой, второстепенным — Ушаков; приговоры этого розыска выглядят, например, так: «1718 году марта в 14 день по указу Великого Государя министры, слушав сии выписки, приговорили…» — и затем идет сам приговор; эта форма стереотипно повторяется в приговорах по московскому розыску. Название «министры», в то время, видимо, новое на Руси, ничего определенного не обозначало, да и по подписям можно установить, что состав этих министров был не всегда одинаков: то чьей-то подписи нет, то, наоборот, подписался кто-нибудь лишний; то есть «министры» — довольно неопределенный контингент людей, близких Петру.
3 февраля 1718 года поступил собственноручно писанный указ Петра капитану-поручику Гр. Гр. Скорнякову-Писаре-ву: «Ехать тебе в Суздаль и там в кельях бывшей жены моей и ее фаворитов осмотреть письма, и ежели найдутся подозрительные, по тем письмам, у кого их вынул, взять за арест и привести с собой купно с письмами, оставя караул у ворот».
12 февраля 1718 года Петр написал, тоже собственноручно, следующее письмо Григорию Скорнякову-Писареву: «Мой господин! Письма твои получил, на которые ответствую: бывшую жену мою и кто при ней также и кто ее фавориты, и платье ее привези сюды, а перво разыщи, для чего она не пострижена, и кто тому причина, и какой был указ в монастырь, как ее Семен Языков привез, и кто в то время был, и кто о сем ведает, всех забери и привези с собою». Гр. Скорняков-Писарев точно выполнил поручение: преступники были доставлены в Москву и присоединен был их «розыск» к общему делу о побеге царевича. Петр жил тогда в Москве в Преображенском и сам, видимо, всем руководил.
Итак, к Толстому и Ушакову прибавился еще один «следователь» по тому же делу: капитан-поручик Григорий Григорьевич Скорняков-Писарев. Значит, во главе следствия стоял непосредственно Петр, фактически руководил П.А. Толстой с помощью А.И. Ушакова и при близком участии Гр. Гр. Скорнякова-Писарева, ведавшего собственно «суздальский розыск»; но этот розыск был частью целого. Приговоры ставила неопределенного состава коллегия «министров»; заметим, что ни Толстой, ни Ушаков, ни Скорняков-Писарев в состав этих «министров» не входили.