Мы не знаем, каким образом именно П.А. Толстой стал во главе розыска; до нас не дошло никакого указа, которым бы он поручался Толстому. Но надо заметить, что указ Скорнякову-Писареву дошел до нас совершенно случайно: он находится в книжке, переплетенный с другими указами Петра Писареву; эта книжка была в руках Писарева и только в XIX веке, случайно сохранившаяся, была передана на хранение в Государственный архив. Никаких следов этого указа не сохранилось более нигде (по крайней мере, он нигде не попадается); не сохранись случайно эта книжка, мы не знали бы, каким образом Скорняков-Писарев попал в «суздальский розыск». Есть, значит, основание допустить возможность существования аналогичного указа и в отношении Толстого.
Возвращаясь к указу, данному Скорнякову-Писареву, нельзя не отметить, что «следование» по делу царевича имеет вид нам знакомого поручения доверенному лицу произвести «розыск», но только розыск важный; мы видели, как при исполнении даже и не таких важных розысков при доверенных лицах обычно бывали канцелярии их ведения. Вспомним, как составлялся штат этих канцелярий из дьяков и подьячих, набираемых как бы на время из разных мест; так было и в розыске по делу царевича: «В прошлом 1718 году в феврале месяце взяты в Москве в Преображенское на генеральный двор к тайным розыскным делам из канцелярии рекрутных дел с потешного двора дьяк Тимофей Палехин, из посольского приказу старый подьячий Иван Клишин, из сенатской канцелярии молодой подьячий Иван Григорьев, да для письма из канцелярии ж рекрутных дел молодые подьячие: Григорий Павлов, Тимофей Силин, Иван Остафьев; и из Москвы они при тех делах взяты в Санкт-Петербург и были при оных по окончании тех дел».
18 марта 1718 года Петр выехал в Петербург; следом за ним были пересланы все дела по розыску царевича, а с делами поехали в Петербург и все к тайным делам взятые в Москве подьячие с Палехиным во главе. В середине 20-х чисел марта все было уже в Петербурге; везшему дела поручику Потеневу было велено по приезде «объявить их генералу Ивану Ивановичу Бутурлину» и кому он их «принять прикажет». Таким образом, в Петербурге прибавляется еще один доверенный человек Петра; и с этого времени в розыскном деле царевича следствием заведуют четверо: П.А. Толстой, И.И. Бутурлин, А.И. Ушаков и Г.Г. Скорняков-Писарев; но во главе все-таки стоит, видимо, Толстой: 26 мая Петр посылает к царевичу Толстого и Бутурлина, а 22 июня одному Толстому Петр письмом велит съездить допросить царевича по пунктам, составленным им собственноручно; и опять вся важнейшая переписка по розыску идет на имя П.А. Толстого; Бутурлин остается как-то в тени.
Мы видели, что нет указаний на прямое установление в Москве при розыске какого-либо учреждения по делу царевича Алексея; в Петербурге положение изменилось. Мы приводили стереотипную форму, в которую выливались все приговоры по московскому розыску; в петербургском розыске мы видим также стереотипную форму приговора, но существенно отличную от московской: «1718 году ноября в 19 день, по указу великого государя Правительствующий Сенат, будучи в Санкт-Петербурге в Канцелярии Тайных Розыскных Дел, слушав вышеписанные выписки… приговорили…» А в записной книге Санкт-Петербургской крепости встречаются записи такого рода: «…в 5-ое июня съехались в гарнизон пополуночи в 10 часу в Губернаторский дом, где учреждена Канцелярия Его Государственных Тайных Дел, господа сенаторы и министры». Таким образом, тайное розыскное дело при петербургском розыске уже ведалось в определенном учреждении, в Канцелярии тайных розыскных дел; а Сенат, там заседая, по «выпискам» выносил решения.
В указной книге Тайной канцелярии есть заметка о «министрах»; нетрудно установить, что ими являлись Толстой, Бутурлин, Ушаков и Гр. Скорняков-Писарев, то есть исключительно «следователи» по царевичеву розыску. Просмотр указанной книги за годы, ближайшие к 1718 году, кроме того, ясно свидетельствует, что почти исключительным занятием Тайной канцелярии был розыск по делу царевича. Мы уже видели, что дела по московскому розыску были отправлены со всеми подьячими, при них бывшими, в Петербург, и там старший подьячий Иван Клишин называется Ушаковым в письме к петербургскому генерал-полицмейстеру уже канцеляристом Тайной канцелярии. Весь состав лиц, бывших в Москве при розыске по делу царевича, также становится в Петербурге сотрудниками нового учреждения — Канцелярии тайных розыскных дел.