Перелом в гражданской войне наступил, видимо, в 1349 г. Свержению Михаила предшествовала какая-то переписка между византийцами и трапезундцами, нажим византийской стороны[1518]
. Панарет сообщает, что 13 декабря 1349 г. Михаил Комнин был низложен с престола, а чуть позднее, 22 декабря прибыл из Константинополя и был возведен на престол сын императора Василия Иоанн, принявший в память о деде и следуя традиции AIMA имя Алексея[1519]. За 9 дней было трудно отправить известие в Константинополь и прибыть оттуда с флотом, тем более что флот, по словам Ливадина, совершал многие остановки, а дело было зимой. Иоанн Лазаропул сообщает о готовящемся перевороте, принадлежа к лагерю его организаторов. Он находился в Константинополе и вел переговоры с Иоанном Кантакузином, считавшим, как он пишет, Михаила недалеким и пустым старцем. В ходе этих переговоров и было решено действовать в пользу Иоанна (Алексея III). «Двигателем священной цели» Лазаропул называет Иоанна Кантакузина, а поручение о подготовке плавания и воцарения было возложено на самого скевофилака, будущего митрополита, Иоанна (Иосифа). Однако за спиной его стояли могущественные трапезундские архонты, оі έν τέλει[1520], и именно они подготовили переворот в Трапезунде за несколько дней до прибытия Иоанна[1521]. Они несомненно принадлежали к партии «Схоларантов», как называет их Лазаропул, а во главе их был великий лука Никита Схоларий[1522], к чьей роли в событиях гражданской войны мы еще вернемся. Время для решительных действий было выбрано неподходящее, что-то заставляло инсургентов торопиться (возможно, болезнь императора Михаила, парализовавшая его действия, на что указывает Панарет[1523]): плавание и переворот произошли в декабре, и Лазаропул, как сам он сообщает, очень боялся зимней навигации и бурь, но получив заступничество св. Евгения в ночном видении и сообщив об этом Кантакузину, успокоился и благополучно достиг Трапезунда со всеми участниками дела[1524]. Навигация галеи проходила с остановками в Синопе, Амисе, Керасунте и Триполи, где Алексей был торжественно встречен и провозглашен василевсом[1525]. Коронация состоялась в храме Св. Евгения (а не в Хрисокефале, как обычно) 21 января 1350 г., вдень памяти святого[1526], общегосударственному почитанию которого так содействовал затем Алексей III. Перевороту Алексея III способствовала консолидация части правящей элиты: непосредственно перед сообщением о нем Панарет повествует о прибытии Никиты Схолария из Кенхрины (где был его форпост) в Трапезунд и о браке его с дочерью Михаила Сампсона[1527], архонта, который затем будет играть заметную роль, выполняя важнейшие дипломатические и военные миссии[1528]. Изначально большую роль в правлении Алексея III играла мать, Ирина Трапезундская, чье значение и в перевороте[1529], и в дальнейших военных походах против противников неизменно отмечает Панарет.Несмотря на удавшийся переворот и торжество Схолариев, гражданская война и мятежи знати сразу не прекратились. Инициаторами выступлений очередной раз стали Дораниты, в 1340–1344 гг. выступавшие заодно со Схолариями и входящие в их «партию». В июне 1350 г. все они, во главе с великим стратопедархом Феодором Доранитом, по прозвищу Пилела, и его братом протовестиарием Константином (по сути и по титулу главой администрации) были арестованы, но также скоро, после 7 июня, были отпущены и вновь призваны на императорскую службу[1530]
. Однако протовестиарием стал Лев Кавасит, представитель другого знатнейшего рода. Но и его арестовали в январе 1351 г. Титул и должность протовестиария получил ранее подозреваемый (или замешанный) в мятеже Пилела. Примечательно, что сразу за этим сообщением Панарет (во второй раз— уникальный случай!) сообщает об отправке посольства Михаила Сампсона в Константинополь для устройства брака молодого императора[1531]. Очевидно, что 13-летний василевс не имел еще прочной опоры, его окружение лавировало, было еще нерешительно в преследовании мятежников и стремилось укрепить свое положение династическим браком Алексея с правящим константинопольским домом, на который ориентировались все «Схоларанты».Пилела, получив власть, захватил акрополь и взял в плен великого дуку Никиту Схолария. Панарет подчеркивает, что Схоларий был пойман «живым» (έζωγρήθη), то есть намекает на военный, насильственный характер акции[1532]
. Попытка переворота, однако, Доранитам не удалась. Ей помешал народный бунт, освободивший Схолария. Император отправился в Триполи, лежащий близ базы Схолариев — Кенхрины, куда затем был сослан Пилела, его сын и зять, а также неизвестные нам «дети Ксенита»[1533]. Мятеж Доранитов на этом не закончился. На свободе оставался брат Пилелы Константин, кефал (комендант и градоначальник) значительной крепости на западе империи — Лимнии. Трехмесячный поход против него войска во главе с императрицей Ириной, в котором принимал участие и Панарет, не был результативен[1534].