9 апреля 1852 года Шлиман дал объявление о передаче всех своих дел Дэвидсону и в тот же день отплыл в Панаму, имея при себе 60000 долларов золотом. Он благополучно, хоть и не без приключений достиг Российской империи, женился и вступил в купечество, став купцом 1-й гильдии.
Летом 1853 года началась Крымская война, которая стала источником обогащения для многих представителей купечества, в том числе и Шлимана. Он торговал серой, селитрой, свинцом, оловом, железом и порохом. Основными его контрагентами стали Военное министерство, Санкт-Петербургский арсенал, Охтенский пороховой завод и Динабургский арсенал. Только в один день – 3 июня 1854 года – он поставил Военному министерству 1527 слитков свинца, использовавшийся для отлития пуль; во время войны его месячный оборот достиг миллиона рублей.
3 октября 1854 года на складах Мемеля произошёл сильный пожар, уничтоживший практически все грузы, складированные в порту. Там должны были быть и грузы Шлимана, купленные на аукционе в Амстердаме, – несколько сотен ящиков индиго, сандала и 225 ящиков кофе, общей стоимостью 150000 талеров – это было практически всё состояние Генриха. Прибыв из Кёнигсберга, Шлиман узнал, что произошло чудо – его грузы прибыли с опозданием, и для их размещения был построен дополнительный склад в стороне, который оказался, не затронут пожаром. Казус привёл к дополнительному обогащению Шлимана, поскольку немедленно наступил товарный голод, и купец не преминул данным обстоятельством воспользоваться. К окончанию войны в 1856 году Шлиман сделался миллионером, но это не сказалось на его деловой активности: летом того же года он совершил по воде путешествие из Петербурга в Нижний Новгород. Помимо прочего, за годы войны в коммерческих целях Шлиман освоил датский, шведский, польский и словенский языки.
В апреле 1855 года Шлиман впервые приступил к изучению новогреческого языка108
. В качестве пособия на этот раз служил роман «Поль и Виргиния» в греческом переводе. Шлиман утверждал, что уже после первого чтения запоминал примерно половину слов, а после повторения уже мог не пользоваться словарями. Процесс его изучения он описывал в «Автобиографии» так: