Далее он отправился в Египет. В Александрии он принялся за арабский язык, а в Каире подружился с двумя итальянскими авантюристами – братьями Джулио и Карло Басси из Болоньи. Вместе они отправились в Иерусалим, причём караван состоял из трёх скаковых лошадей, дюжины верблюдов для перевозки багажа и десяти африканских рабов. Переход через пустыню длился 19 дней, в Иерусалим путешественники прибыли на Пасху. В мае он посетил Петру и Баальбек, о чём писал отцу. 30 мая Шлиман добрался до Дамаска, где заболел лихорадкой и тогда вынужден был пароходом отправиться в Измир и Афины. В Афинах, где лихорадка Шлимана стала критической, он получил письмо из Петербурга – 12 января 1859 года родилась его дочь Наталья. Из-за плохого самочувствия Шлиман в тот раз так и не увидел Греции.
Ещё во время путешествия Шлимана его партнер Степан Федорович Соловьёв подал в Коммерческий суд прошение, датированное 7 мая 1859 года, обвинив Шлимана в махинациях и предъявив ему встречный иск. Во встречном иске ему было отказано, но дело вновь остановилось. Получив известия, Генрих Шлиман в начале июля вернулся в Петербург. Его путь пролегал из Стамбула по Дунаю через Будапешт и Прагу, где, в частности, объяснился с женой, но 3 августа уже отбыл в Копенгаген. Семья Шлимана тогда переехала на новую квартиру в 1-й линии Васильевского острова в доме № 30. Шлиман к тому времени отбыл во Францию и Испанию. Такие путешественники и творили историю в XIX веке.
Первая сохранившаяся фотография Шлимана, отправленная родственникам в Мекленбург. Около 1861 года. В надписи на обороте Шлиман назвал себя «директором Императорского банка» – ещё одна неправда
В декабре 1859 года Шлиман вернулся в Петербург. С женой он никогда не появлялся в свете, вёл исключительно размеренный образ жизни. В семь часов утра он покидал дом и отправлялся в спортивный клуб, где занимался гимнастикой. Рабочий день начинался в половину девятого, два часа занимал разбор внутренней и зарубежной почты, до 14:00 планировались деловые визиты. До 17:00 Шлиман работал на бирже. Вечера были заняты изучением языков или писанием писем. Жена по-прежнему не разделяла интересов мужа (в одном из писем с дачи она просила «не привозить Гомера»). В выходные, когда конторы и биржа не работали, Шлиман занимался верховой ездой, летом плавал в Финском заливе, а зимой катался на коньках и был членом «Конькобежного общества». Дела шли превосходно – в одном из писем сестре Вильгельмине Шлиман упоминал, что со времени возвращения из Европы ещё раз удвоил своё состояние. Его личный капитал к началу 1860-х годов составил около 2 700 000 рублей или 10 миллионов марок.
В мае 1860 года когда его супруга уехала в Мариенбад112
после неудачных родов, взяв с собой и детей. Шлиман продолжал лихорадочно работать: только за сезон навигации (май – октябрь) он доставил в Петербург товаров на 2400000 рублей серебром: свинец, олово, ртуть, бумагу и огромные партии индиго, использующиеся как краситель для тканей. Отношения с женой после её возвращения в сентябре сводились почти исключительно к денежным расчётам. Рождение 21 июля 1861 года дочери Надежды свидетельствовало о временном сближении супругов. Судя по письму шурина – Николая Петровича Лыжина – Шлиман тогда же стал изучать персидский язык под руководством Роберта Френа – сына академика. Николай Лыжин также привёз ему из Берлина «Историю Египта».Совершив поездку на Нижегородскую ярмарку, 4 сентября 1861 года Шлиман был избран членом Коммерческого суда. В сезон 1862—1863 годов он также занимался торговлей хлопком, доставляемым из США, причем из южных штатов, и кратковременно съездил в Италию. В январе 1863 года он известил жену, что намерен оставить занятия коммерцией. Тем не менее, ещё в декабре 1863 года он был из нарвских купцов переведён в Санкт-Петербургское первой гильдии купечество, а 15 января 1864 года был удостоен почётного потомственного гражданства. Однако уже 10 января он отплыл в Лондон, объявив, что навсегда покидает Россию. Видимо у него были веские причины.