Центром административной, политической и военной власти в Запорожье стала Новая Сечь, где размещались войсковая канцелярия, пушкарня, мастерские, жилища казаков. Управление краем осуществляла казацкая старшина, подразделявшаяся на кошевую, паланковую и куренную. Высшая военная, административная и судебная власть принадлежала кошевому атаману и старшинам — писарю, судье и есаулу. К старшине низшего звена относились: довбыш (ответственный за войсковые клейноды — знамена, литавры, сурмы), пушкарь (ведал артиллерией, воинским снаряжением, острогом), толмач (переводчик при войсковой канцелярии), кантаржей (отвечал за сбор торговых пошлин, меры), шафари (надсмотрщики за сбором пошлин у перевозов), стадник (надсмотрщик за стадами и табунами) и атаман сечевой школы. Сечевое войско подразделялось на 38 куреней, во главе которых стояли куренные атаманы, ведавшие куренной казной, имуществом, судом, составлявшие куренные списки, следившие за несением казаками военной службы. Куренная старшина избиралась на сходках.
Кошевая старшина — атаман, судья, писарь, есаул — избиралась ежегодно 1 января на общих войсковых радах. Формально право на участие в радах имели все казаки, но голытьба фактически лишалась этого права. Все дела решали в своих интересах старшина и зажиточное казачество в узком кругу.
Казацкая голытьба стремилась выдвинуть на выборные должности казаков, которые отстаивали бы их интересы. Это приводило к постоянным противоречиям, нередко сопровождавшимся бурными стычками между основной казацкой массой и старшиной. В итоге же на старшинские должности избирались, как правило, представители зажиточного казачества. Кроме того, в Новой Сечи стало обычным явлением избрание одного и того же лица на должность несколько раз подряд. Постепенно сложилась традиция сохранять некоторые привилегии по окончании срока полномочий избранного лица, которого переводили в разряд «абшитованной» старшины.
На Запорожье царское правительство стремилось ввести порядки, тождественные существовавшим на других казацких землях, в частности на Дону и Яике, где самоуправление в то время уже было существенно ограничено. Запорожская Сечь, находясь в ведомстве то Киевского генерал-губернатора (с 1734 г.), то гетмана (с 1750 г.), то генерал-губернатора Левобережной Украины (с 1764 г.), фактически пребывала под постоянным контролем царской власти. С целью еще большего усиления позиций царизма на Левобережье и Запорожье эти территории были переданы (в 1756 г.) из ведения коллегии иностранных дел в ведомство Сената.
Действия правительства по отношению к запорожскому казачеству соответствовали общему направленности политики царизма на укрепление феодально-крепостнического строя в Русском государстве. Правительство стремилось реорганизовать Запорожское войско, ликвидировать выборы на Запорожье и по своему усмотрению назначать на посты старшин послушных исполнителей царской власти. В ноябре 1750 г. киевский генерал-губернатор подал на рассмотрение царскому правительству проект — «Мнение, каким наилучшим способом порядки в войске Запорожском учредить надлежит». Он предполагал участие в выборах старшины только зажиточных казаков, предоставление ей права назначать куренных атаманов, учредить при кошевом атамане должность пристава из числа царских офицеров, изменить порядок приема в казаки и исключить из их среды всю голытьбу, ввести на Запорожье два регулярных царских полка.
19 июля 1753 г. последовал царский указ о запрещении выборов на Сечи атамана, кошевых, писаря и есаула и назначении по усмотрению правительства угодных ему старшин. Этот указ провести в жизнь полностью не удалось, тем не менее процедура выборов со временем упростилась: они происходили не на общих войсковых радах, а на старшинских сходках.
Круг казацкой старшины, занимавшей высшие выборные должности, постепенно сужался, оставаясь в последнее десятилетие существования Новой Сечи неизменным (кошевой атаман П. Калнышевский, судья П. Головатый, писарь И. Глоба переизбирались ежегодно в течение десяти лет).
Политическую линию на ликвидацию существовавших традиций управления на Сечи царское правительство осуществляло опираясь на военные залоги ретрашементов, построенных вокруг Запорожья — Новоселенского, Усть-Самарского, Новобогородицкого, Никитского, Биркутского и Сокальского. Царские сановники вмешивались во внутренние дела Запорожья, часто решали вопросы, некогда входившие исключительно в компетенцию казацкой старшины. Инструкцией от 20 октября 1755 г. коменданту Новоселенского ретрашемента (построен в 1735 г.) вменялось в обязанность наблюдение за общим положением на Запорожье, пресечение прибытия туда беглецов и приема их в казачество, оказание помощи местной старшине в подавлении волнений непокорных.