На фоне восстановления польскими властями Кодака, запорожцы и недовольные реестровые казаки начали готовиться к новому восстанию. Весной 1637 г. Павло Бут (Павлюк, участник восстания Сулимы, помилованный властями) организовал поход на Крым, который дал возможность снабдить оружием «выписчиков». В конце мая Павел Бут привел из Сеч 23 тысячи запорожцев, захватив в Черкассах артиллерию реестровых казаков. В начале июля на казацкой раде Бута избрали гетманом.
Отвергнув предложенные поляками условия, Павел Бут рассылал по Украине свои универсалы и грамоты. Его отряды громили панские имения. Бой с поляками произошел под Кумейками 6 декабря 1637 г. Полякам удалось пробить брешь в таборе, Бут отступил. Потоцкий начал переговоры, причем А. Кисель дал письменное заверение сохранить жизнь всем, кто сложит оружие. Павел Бут и его четыре соратника вышли из табора для переговоров, но были схвачены поляками, закованы и отправлены в Варшаву. На казацкой раде А. Кисель отобрал у казаков знамя, гетманскую булаву и бунчук, назначив реестровым новых старшин. Потоцкий прошел карательным походом по Украине, сажая восставших на кол.
Многие казаки укрылись на Запорожье, где избрали себе новым гетманом Якова Остряницу. Весной он вышел из Сечи, распространив восстание на Левобережье. Первую битву он выиграл, но под Лубнами потерпел неудачу и начал отступать к Днепру. Командование перешло к Дмитру Гуни, который укрепился в таборе и выдержал шестинедельную осаду поляков. Отряд Якова Остряницы ушел в Слободскую Украину, где казаки получили разрешение от царя поступить к нему на службу и поселиться на свободных землях. Ими был построен город Чугуев, где казаки и несли свою службу. Правда через несколько лет у казаков возник конфликт с русскими воеводами, они убили Остряницу и вернулись в Украину.
Отряд Гуни после долгой осады был вынужден пойти на принятие тяжелой «Ординации Войска Запорожского», подписанной 28 июля 1638 г. Единственное, чего добились казаки – это полной амнистии восставшим. По условиям Ординации реестр был сокращен до 6 тысяч. Казаки отдали артиллерию, хоругви и булаву. Вместо гетмана главой реестровых теперь должен был быть комиссар, которого назначали польские власти, а места полковников получали польские офицеры. Казакам разрешалось жить только в пределах Черкасского, Корсунского и Чигиринского староств. Возобновленный Кодак преграждал путь в Запорожье, куда казаки не могли ездить без специальных паспортов от начальства. В Украине расквартировали польские войска, которые должны были следить за «благополучием» в крае.
Ординация стала тяжелым ударом для казачества, на 10 лет прекратив все их выступления. В Речи Посполитой этот период получил название «золотого века польской шляхты».
Деятельность П. Могилы в 40-е годы
В тяжелые годы реакции Петр Могила не оставлял своих усилий по укреплению православия в Украине. Основные его действия были направлены на преодоление разногласий в подвластной ему церкви, установлению единых канонов и улучшению преподавания в Киевском коллегиуме. Он также стремился расширить понимание украинской элитой своей этнической и культурной идентичности.
Как сильная личность, Могила вызывал очень противоречивые чувства у современников. В Москве его считали союзником поляков и предателем православия. В Польше наоборот подозревали в подстрекательстве казаков. И только в ХХ веке митрополита признали святым.
Что касается отношения к унии, то Могила действительно стремился преодолеть конфессиональный раскол Украины, полагая, что такое положение не способствовало консолидации народа. Поэтому он не отклонял идею Владислава IV об избрании единого патриарха для православных и униатов Украины. Однако Ватикан в этом видел только путь подчинить себе православную церковь, поэтому из этой идеи ничего не вышло.
Могила предпринял ряд шагов для расширения Киевского коллегиума. При нем были построены церковь и бурса для неимущих учеников. Митрополит ходатайствовал перед королем о преобразовании Киевского коллегиума в академию, для чего имелись все формальные признаки. Однако, несмотря на согласие короля, униаты не допустили преобразования коллегиума в высшее учебное заведение.
Обращаясь к истокам, к наследию Киевской Руси, Могила стремился подчеркнуть непосредственную связь, которая существовала с временами Киевской Руси, а также ту роль, которую играл Киев в истории восточнославянского православия. Символичным стало возрождение киевской Софии. Могила предпринял раскопки древней Десятинной церкви, разрушенной татарами, перенес останки князя Владимира в Успенский собор Киево-Печерской Лавры, канонизировал монахов ближних и дальних печер Лавры.