В 1622 г. Могила приехал в Киев, где перед ним встала дилемма: выбрать политическую карьеру (Сигизмунд III предлагал ему молдавский престол) или духовную. К последней по преданию его подтолкнуло чудесное выздоровление после тяжелой болезни. В марте 1627 г. умер архимандрит Киево-Печерской Лавры Захарий Копистенский. Могила решил выдвинуть свою кандидатуру на должность главы Лавры. Хотя тогда ему было всего двадцать лет, Могила превосходил всех соперников своими влиятельными связями и тем, что имел конкретный план как бороться с католиками и униатами. В результате, при поддержке митрополита Иова Борецкого, старцы избрали его архимандритом, он принял монашеский сан, а 29 ноября 1627 г. его утвердил на этой должности король.
Молодой глава Лавры действовал смело и настойчиво. Многие историки считали, что под рясой монаха у Петра Могилы скрывался дух воина и деспотичный нрав воеводича. Он завел надзор над священниками в селах, где были владения Лавры, велел учить малограмотных. Обновил церковь, подчинил Лавре Николо-Пустинный монастырь. В 1628 г. он обратился с обличительной проповедью к Иеремии Вишневецкому, одному из самых могущественных магнатов Левобережья, упрекая его в отступничестве от веры предков.
В том же году Могила принял участие в Киевском соборе, обличившим в униатских тенденциях Мелентия Смотрицкого. Лично Могила нашел в его книге «Апология» 105 отступлений от православия. Когда Мелентий Смотрицкий приехал на собор, Могила, пользуясь поддержкой казаков, не пустил его в Лавру. В результате Смотрицкий прилюдно покаялся, а книгу его топтали ногами и сожгли. Учитывая, что борьба за православие в тот момент была главной формой проявления борьбы за свою идентичность, любой компромисс мог рассматриваться исключительно как проявление малодушия перед польскими властями.
Вторым направлением деятельности Могилы становится забота о просвещении. Он отправил за собственные средства несколько молодых людей для получения образования на Западе, рассчитывая создать в будущем из них кадры для своей школы. Могила расширил деятельность типографии в Лавре. В 1629 г. там был издан «Литургион», который стал единым руководством для православных священников. В 1631 г. была выпущена «Триодь», которая включила в себя все церковные службы. За первые 5 лет типография издала общей сложностью 15 книг.
Планы Могилы по открытию школы были нарушены в 1631 г. смертью Иова Борецкого. Умирая, митрополит завещал Могиле объединить его школу с братской. В 1631 г. Петр Могила становится членом киевского братства и его опекуном, получив от гетмана реестрового казачества Ивана Кулага-Петрожицкого письменное обещание «твердо защищать, охранять и до самой смерти стоять» за объединенную школу, которая получила название Киево-Печерского коллегиума.
В коллегиуме сохранился уже популярный к тому времени в Украине принцип трех языкового преподавания. В 1634 г. был открыт филиал коллегиума в Виннице (затем его перевели в Гощу), а в 1636 г. в Кременце. Предложение Могилы, сделанное московскому царю Михаилу Федоровичу, открыть аналогичный коллегиум в Москве было отвергнуто.
В 1632 г. умер король Сигизмунд III. На конвокационный сейм казаки подали свою инструкцию, выражая поддержку королевичу Владиславу (вплоть до вооруженной) и настаивая на возвращении прежних прав и владений православию, а также на праве голоса казачеству, в том числе и при выборах короля. Аргументом выдвигалось то, что казачество – народ рыцарский (т. е. защищающий Речь Посполитую), следовательно, он равен другому рыцарскому сословию – шляхте. Впервые казачество официально выступало представителем интересов всего населения Украины, поставив на первом месте своей петиции следующее требование: чтобы «народ наш руський пользовался принадлежащими ему правами и привилегиями».
Могила счел ситуацию очень выгодной и со своей стороны, пользуясь огромным авторитетом, настаивал на отмене запрета на строительство православных церквей, школ, типографии. Требовал он и возвращения отобранных униатами храмов, равно как и наказания всех притеснителей православия.
Претендент на престол королевич Владислав имел далеко идущие планы войны со Швецией и с Московским государством, а поэтому хотел заручиться поддержкой казачества. В отличие от своего отца, Сигизмунда III, он не был религиозным фанатиком и наоборот желал выразить свою лояльность к православным и протестантам. Поэтому 1 ноября 1632 г. он утвердил «Статьи или пункты для успокоения руського народа», которые впервые с 1596 г. официально признали существование православной церкви наряду с униатской, равно как и православной митрополии. Православным возвратили часть имущества, а также дали право строить новые церкви, создавать братства, школы, типографии. Православная шляхта была приравнена в правах на уряды к католической. Киевский митрополит должен был избираться свободными голосами духовных и светских людей и утверждаться королем.