Но отношение царского правительства к украинским казакам вообще и к Сагайдачному в частности после Московского похода было однозначно отрицательное. Идеи защиты христиан и православного единства в этот момент еще не вписывались во внешнеполитическую доктрину Московского государства.
Наоборот, патриарх Филарет на соборе 1620 г. установил перекрещивание для православных украинцев, выходящих из Польши и Литвы. В 1627 г. начаты были гонения на украинские книги, имевшихся в русских церквах.
Восстановление православной иерархии
Между тем, несмотря даже на поддержку со стороны казачества, православная церковь испытывала в Украине серьезные трудности. Учитывая, что король раздавал высшие духовные должности только униатам, православное духовенство редело, епископов не было, за посвящением священников приходилось обращаться к львовскому епископу Иосифу Тиссаровскому.
Постепенно среди лидеров Киевского братства созревает план о необходимости восстановления православной иерархии. Было решено воспользоваться приездом в Москву иерусалимского патриарха Феофана, который принимал участие в посвящении патриарха московского, отца царя Михаила Федоровича, митрополита Филарета. Оттуда Иов Борецкий пригласил Феофана в Киев. На границе с Московским государством его встретил Сагайдачный с полком казаков. 22 марта 1620 г. патриарх прибыл в Киев и был поселен в братском Богоявленском монастыре, где его тоже охраняли казаки.
9 октября 1620 г. в Богоявленской церкви был рукоположен киевский митрополит Иов Борецкий. Были посвящены и главы большинства украинских и белорусских эпархий.
В конце декабря или начале января Феофан выехал из Киева под охраной казаков во главе с Сагайдачным, а также в сопровождении духовенства и шляхты. Восстановление православной иерархии было встречено польскими и униатскими властями с крайним негодованием. Феофан был объявлен турецким шпионом, а 22 марта 1621 года Сигизмунд III подписал универсал к властям Великого Княжества Литовского с повелением переловить и предать суду посвященных в Киеве Иерусалимским патриархом Феофаном епископов.
Однако воплощение в жизнь этого указа столкнулось с большими сложностями. Началась полемика относительно самозванства патриарха Феофана и законности его действий. В 1621 г. Мелетий Смотрицкий написал в защиту патриарха «Werificatia neiwinno'sci» (Оправдание невинности). Захарий Копыстенский подготовил «Полинодию», обширный труд, рассматривавший все вопросы, относящиеся к унии.
Новый митрополит Иов Борецкий тоже прилагал много усилий для объединения и упрочнения положения православия. Так он перевел с греческого и издал в типографии Лавры сборник праздничных служб. В апреле 1621 г. вышел его знаменитый труд «Протестация или благочестивая юстификация». В ней он досконально доказывал законность появления новой православной иерархии. Признавая отсутствие специального согласия польского правительства на это посвящение, Борецкий ссылался на акт Сигизмунда III, принятый во время коронации, согласно которому тот обязывался исполнять права православных и поддерживать мир между верующими различных конфессий. Объясняя позицию казачества, Борецкий подчеркивал, что их предки крестились еще вместе с Владимиром, приняв христианство от Константинопольской церкви, оставались в этой вере все это время, и продолжают в ней родиться, креститься и жить. Борецкий передал Протестацию в киевский городской суд, и она была внесена в городские книги.
Хотинский поход и смерть П. Сагайдачного
Внешняя ситуация благоприятствовала Сагайдачному и Борецкому Турецкий султан начал военные действия против Речи Посполитой. Сагайдачный отстранился от дел и С. Жолковский был вынужден выступить против турок с небольшим польским войском. В результате, он был разбит и сам погиб в битве под Цецорой. В этой же битве погиб отец Б. Хмельницкого, а сам будущий гетман попал в плен.
В Польше началась страшная паника. Крайняя ситуация снова заставила короля обратиться к казакам. Члены Киевского братства советовали воспользоваться случаем и выставить признание прав для православных владык, посвященных Феофаном в качестве условия участия в войне. Однако на такие уступки Сигизмунд III не соглашался.
Удерживая казаков от участия в походе, Сагайдачный созвал в июне 1621 г. общую раду в урочище Сухая Дуброва. Туда он приехал вместе с Иовом Борецким, в сопровождении 300 священников. Борецкий произнес пламенную речь, изображая в красках насилия и издевательства, творимые над верой и православным духовенством польским правительством. Речь вызвала огромное воодушевление со стороны казаков. Они обещали защищать веру, не жалея жизни. Было решено направить к королю Сагайдачного и епископа Курцевича, чтобы просить о признании прав духовенства, посвященного Феофаном.