Осенью 1625 г. в Приднепровье вступила армия Конецпольского. Богатыми подарками поляки обеспечили нейтралитет крымского хана. В ответ по призыву казацкого гетмана была начата мобилизация казаков, но ее не завершили из-за быстрого продвижения поляков. Из Запорожья прибыла артиллерия, казаки укрепились у реки Цыбульник. Первое столкновение никому не дало перевеса. Казаки отступили под Кременц, к Курукову Острову. Неприступный казацкий табор отбивал все атаки поляков. Начинавшаяся зима и тяжелые потери казаков заставили стороны пойти на перемирие. По условиям Куркуновского соглашения было решено, что реестр увеличат до 6 000, на Запорожье будет располагаться гарнизон в 1000 человек, казацкого гетмана будет утверждать король и без разрешения казаки не станут ходить на татар. Гетманом был утвержден вождь умеренных – Михайло Дорошенко. За это казаки получили право жить в королевских имениях – городах Чигирине, Черкассах, Корсуни, Каневе, Белой Церкви и Переяславе. Именно с этого момента реестровые казаки получают свое второе название – городовые, т. е. живущие в городах, в отличие от запорожцев, живущих в Запорожской Сечи.
Реестровые казаки были разделены на шесть полков, которые одновременно являлись и административной единицей. Хотя формально власть в этих областях принадлежала польским старостам, но на деле влияние казацкой старшины там все больше возрастало. Реестровые все активнее вмешивались в управление краем. Точно так же самовольно они решали и вопрос о своих старшинах, не признавая назначенных поляками, а выбирая на их место других, по своему усмотрению.
Михайло Дорошенко при составлении реестра пошел по пути Сагайдачного, принимая только самых опытных казаков, имевших собственную землю. Однако ограничение реестровых до 6 000 породило конфликт с «виписчиками», число которых превышало 40 000. Задача Дорошенко упростили сами польские власти, которые вопреки только что принятым договоренностям приняли «выписчиков» в армию для участия в войне со Швецией.
С другой стороны, стараясь удержать недовольных от военных действий против Польши, Дорошенко занялся организацией походов на Крым. В 1626 г. реестровые казаки вместе с польскими войсками преградили дорогу татарам под Белой Церковью. Казаки отличились в бою, в результате которого татары потеряли до 10 000 убитыми. Весной 1628 г. реестровые отправились в Крым, взяли Аслан-городок, разрушили несколько замков и с огромной добычей, покрытые славой вернулись домой. В следующем походе казаки дошли до Бахчисарая, но в одном из боев Дорошенко погиб. После этого казаки взяли еще несколько замков и вернулись в Украину.
В этот период происходит новое обострение борьбы против унии. Под влиянием гонений на православную церковь снова появилась мысль о соглашении православия с униатством. Митрополит Иов Борецкий и другие епископы допускали возможность только такого соглашения, при котором целость православной церкви не была бы нарушена. Другие считали такой путь бесперспективным, и они переходили из православия в униатство. Так поступили ректор Киевской школы Кассиан Сакович и ученый иеромонах Кирилл Транквиллион-Ставровецкий. Особенно сильное впечатление произвело принятие униатского исповедания в 1627 г. знаменитым богословом Мелетием Смотрицким.
Противостояние реестровых и выписчиков в 1630 г. тоже приобрело религиозный характер. Запорожцы убили гетмана Чорного, считая его отступником, и вступили в пределы Киевского воеводства. Тарас Федорович со своими полками и укрепился в Переяславле, где собралось до 37 000 казаков. Осада поляками казацкого табора длилась три недели. Полякам пришлось приступить к переговорам. По статьям Переяславского соглашения 29 мая 1630 г. размер реестра был увеличен до 8 тысяч, а все восставшие получили амнистию. Было также обещано удовлетворение «в вопросе религии».
П. Могила. Юридическое восстановление православия
Продолжателем просветительского дела Сагайдачного, добившимся успеха на пути юридического восстановления православия в Речи Посполитой стал выдающийся церковный деятель Украины Петр Могила. Происходил он из православного рода молдавской элиты. Отец его, Симеон, был господарем Валахии, дядя Иеремия – господарем Молдавии, а дядя Георгий – митрополитом Молдавии. Тети Петра были замужем за польскими магнатами Вишневецким, Потоцким, Корецким и Пшерерембским, что делало род необычайно влиятельным в Польше. После смерти отца, в разгар междоусобицы семья Петра уехала из Молдавии в Речь Посполитую, где Могила обучался в львовской братской школе, затем был при дворе польского главнокомандующего Жолкевского и лично принял участие в битве под Цецорой, а затем в Хотинской, в которой отличились казаки Сагайдачного.