Были учтены и давние традиции Украины. Так основу Украинского гетманства составляла самоуправляющаяся громада (т. е. население) села и города. Если там жили и казаки, и посполитые (крестьяне и мещане), то там складывались посполитская «громада» и казацкое «товариство». Во главе первой стоял выбираемый ею войт, который вел все ее административные дела и разбирал все судебные тяжбы. Казаки, в свою очередь, в селе выбирали атамана, который с административной точки зрения исполнял все те же обязанности, что и войт. Оба «уряда» (т. е. власти) – и казацкий, и посполитский, действовали совместно во всех административных делах и в судах. Несколько сел объединялись в более крупный административный и судебный округ – сотню. В некоторых случаях они сохранили границы, существовавших при поляках волостей, в других были образованы вновь. В сотенном местечке мещане выбирали ратушу с войтом во главе. Она ведала делами административного характера по отношению к посполитым всей сотни. Сама ратуша подчинялась сотенному казацкому уряду – сотнику, который принимал участие в ее решениях, в судебных заседаниях, являясь ее прямым начальником. Но зато в выборе сотника принимали участие не только казаки, но также мещане и крестьяне. Помимо сотника администрация сотни включала сотенных городового атамана, есаула, писаря и хорунжия. Все эти должности тоже были выборные и совмещали обязанности в войске с административными. Судебные дела решались совместно с представителями казацкой и городской администрации (сотник, городовой атаман, войт и бурмистры). Нередко к участию в суде привлекались и «знатные войсковые товарищи», мещане, а в отдельных случаях – вся громада.
Сотни, в свою очередь, объединялись в еще большие административные единицы – полки. Полк управлялся по тем же принципам, что и сотня. Во главе стояли выбранный полковник и выборная казацкая старшина. Кроме полковых есаула, писаря и хорунжия были еще должности обозного и судьи. Точно так же полковая старшина объединяла обязанности военные и административные, а полковнику подчинялись и казаки, и посполитые. Полковнику подчинялись даже мещане крупных городов, находившихся на территории его полка, включая тех, которые имели Магдебургское право. Сотники находились под командой полковников и судились ими, а те, в свою очередь, были подчинены гетману. Границы сотен и полков были четко обозначены.
Высшей законодательной властью была генеральная (общевойсковая) рада, на которой могли присутствовать все казаки, а в реальности – представители каждого полка и старшина. На раде принимали законы, утверждали внешнеполитические договоренности. Там же избирался и гетман, объединявший в своих руках и исполнительную, и законодательную, и судебную власти. В последствие, генеральная рада все больше заменялась старшинской, которая, по сути, и принимала все основные решения.
Главным исполнительным органом была Генеральная канцелярия, в которой решались все основные вопросы административного и военного характера. Высшим судебным органом был Генеральный войсковой суд.
Гетман в своем правлении опирался на важнейших чиновников Украинского гетманства – генеральную старшину (генеральный обозный, генеральный писарь, генеральный судья и генеральный есаул), отвечавших за важнейшие направления деятельности административно-судебной системы. Вместе они у правляли как войском, так и всей страной.
Как очень точно писал В. Мякотин, этот строй «не был установлен каким-либо декретом, каким-нибудь общим законодательным актом, а сложился, под непрерывный почти звон оружия, путем постепенного, хотя и очень быстро совершившегося приспособления страны к новым условиям жизни».
Украинское гетманство было старшинско-казацкой республикой, где старшина и казачество представляли собой элитарную верхушку, пользующуюся всеми привилегиями республиканского правления. Если в самом начале восстания идеалы казацкой вольности преобладали, то уже очень скоро начался отход от них. Выборность полковников сменилась назначением их гетманами, всеобщая рада все чаще заменялась старшинской – а порой и просто единоличным решением гетмана и доверенных ему лиц.
Хотя территория гетманства по Зборовскому договору и была ограничена тремя воеводствами, но гетманы часто заявляли о границах «по Вислу», и, в частности, настаивали на подчинение своей власти Подольского, Волынского и Руського воеводств. Кроме того, Б. Хмельницкий и его преемники высказывали серьезные претензии на ряд областей Белоруссии.