Реестровые казаки были разделены на шесть полков, которые одновременно являлись и административной единицей. Хотя формально власть в этих областях принадлежала польским старостам, но на деле влияние казацкой старшины там все больше возрастало. Реестровые все активнее вмешивались в управление краем. Точно так же самовольно они решали и вопрос о своих старшинах, не признавая назначенных поляками, а выбирая на их место других, по своему усмотрению.
Михайло Дорошенко при составлении реестра пошел по пути Сагайдачного, принимая только самых опытных казаков, имевших собственную землю. Однако ограничение реестровых до 6 000 породило конфликт с «виписчиками», число которых превышало 40 000. Задача Дорошенко упростили сами польские власти, которые вопреки только что принятым договоренностям приняли «выппсчиков» в армию для участия в войне со Швецией.
С другой стороны, стараясь удержать недовольных от военных действий против Польши. Дорошенко занялся организацией походов на Крым. В 1626 г. реестровые казаки вместе с польскими войсками преградили дорогу татарам под Белой Церковью. Казаки отличились в бою. в результате которого татары потеряли до 10 000 убитыми. Весной 1628 г. реестровые отправились в Крым, взяли Аслан-городок, разрушили несколько замков и с огромной добычей, покрытые славой вернулись домой. В следующем походе казаки дошли до Бахчисарая, но в одном из боев Дорошенко погиб. После этого казаки взяли еще несколько замков и вернулись в Украину.
В этот период происходит новое обострение борьбы против унии. Под влиянием гонений на православную церковь снова появилась мысль о соглашении православия с униатством. Митрополит Иов Борецкий и другие епископы допускали возможность только такого соглашения, при котором целость православной церкви не была бы нарушена. Другие считали такой путь бесперспективным, и они переходили из православия в униатство. Так поступили ректор Киевской школы Кассиан Сакович и ученый иеромонах Кирилл Транквиллион-Ставровецкий. Особенно сильное впечатление произвело принятие униатского исповедания в 1627 г. знаменитым богословом Мелетием Смотрицким.
Противостояние реестровых ивыписчиков в 1630 г. тоже приобрело религиозный характер. Запорожцы убили гетмана Чорного, считая его отступником, и вступили в пределы Киевского воеводства. Тарас Федорович со своими полками и укрепился в Переяславле, где собралось до 37 000 казаков. Осада поляками казацкого табора длилась три недели. Полякам пришлось приступить к переговорам. По статьям Переяславского соглашения 29 мая 1630 г. размер реестра был увеличен до 8 тысяч, а все восставшие получили амнистию. Было также обещано удовлетворение «в вопросе религии».
Продолжателем просветительского дела Сагайдачного, добившимся успеха на пути юридического восстановления православия в Речи Посполитой стал выдающийся церковный деятель Украины Петр Могила. Происходил он из православного рода молдавской элиты. Отец его. Симеон, был господарем Валахии, дядя Иеремия — господарем Молдавии, а дядя Георгий — митрополитом Молдавии. Тети Петра были замужем за польскими магнатами Вишневецким, Потоцким, Корецким и Пшерерембским, что делало род необычайно влиятельным в Польше. После смерти отца, в разгар междоусобицы семья Петра уехала из Молдавии в Речь Посполитую, где Могила обучался в львовской братской школе, затем был при дворе польского главнокомандующего Жол-кевского и лично принял участие в битве под Цецорой, а затем в Хотин-ской. в которой отличились казаки Сагайдачного.
В 1622 г. Могила приехал в Киев, где перед ним встала дилемма: выбрать политическую карьеру (Сигизмунд III предлагал ему молдавский престол) или духовную. К последней по преданию его подтолкнуло чудесное выздоровление после тяжелой болезни. В марте 1627 г. умер архимандрит Киево-Печерской Лавры Захарий Копистенский. Могила решил выдвинуть свою кандидатуру на должность главы Лавры. Хотя тогда ему было всего двадцать лет. Могила превосходил всех соперников своими влиятельными связями и тем, что имел конкретный план как бороться с католиками и униатами. В результате, при поддержке митрополита Иова Борецкого, старцы избрали его архимандритом, он принял монашеский сан, а 29 ноября 1627 г. его утвердил на этой должности король.
Молодой глава Лавры действовал смело и настойчиво. Многие историки считали, что под рясой монаха у Петра Могилы скрывался дух воина и деспотичный нрав воеводича. Он завел надзор над священниками в селах, где были владения Лавры, велел учить малограмотных. Обновил церковь, подчинил Лавре Николо-Пустинный монастырь. В 1628 г. он обратился с обличительной проповедью к Иеремии Вишневецкому, одному из самых могущественных магнатов Левобережья, упрекая его в отступничестве от веры предков.