Киевское братство постепенно крепло, разрасталось. Православные все более уверенно чувствовали себя в Киеве. Такое поведение православных под защитой казаков не могло не вызвать неудовольствия со стороны униатов. Униатский митрополит Рутский считал новое Киевское братство наибольшим препятствием для распространения унии в Киеве.
С целью усиления в среде униатов латинства их монастыри были преобразованы по образцу базилианских; в церквах стали уничтожать иконостасы, заводить органы и т. п. Митрополит решил объединить все монастыри под эгидой одного наставника (по католическому примеру) и для проведения инструктажа он обратился к генералу Ордена Иезуитов. Это вызвало особую ненависть среди православных к новым монастырям. В 1617 г. был утвержден новый устав Базилиан. С этого момента униатскими епископами могли быть только базилиане. К 1624 г. базилианская реформа охватила уже 20 монастырей. Однако попытки распространить влияние унии на Киев закончились провалом. Когда в 1618 г. униатский игумен Видубицкого монастыря А. Грекович начал чинить препятствия православного духовенству, в его помещение ворвались казаки, схватили его и утопили в Днепре. Внешнеполитическая ситуация тоже не способствовала униатской церкви, т. к. польские власти все больше нуждались в услугах казачества и соответственно вынуждены были идти на уступки в религиозном вопросе.
На сейме в сентябре 1616 г. было решено набрать большое войско и отправить его на Москву под начальством королевича Владислава. Однако в войске начались несогласия, беспорядки и солдаты, жалуясь на неуплату жалованья, оставили лагерь. Королевич оказался лишь с несколькими тысячами человек. Гибель его казалась неминуемой. Учитывая финансовую нестабильность Польши, помощь было взять неоткуда. Поэтому правительство решило обратиться к казакам Петра Ко-нашевича Сагайдачного.
Под командой Сагайдачного собралось 20-тысячное войско. Прежде всего, он осадил и взял город Ливны, затем хитростью взял Елец. Казаки шли через Северские земли на Путивль, Лебедянь, Шацк, Коломну, завоевывая замки и разрушая города, направляясь на Москву, где должны были соединиться с войском королевича, медленно двигавшимся туда же из Смоленских земель.
На встречу Сагайдачному царь Михаил Романов направил из Паф-нутьего монастыря князя Дмитрия Пожарского, освободителя Москвы. Но в русском войске произошел разлад, солдаты занялись грабежом. Князь Пожарский сильно заболел и по приказу царя возвратился в Москву, а Сагайдачный при переправе через Оку одержал победу над московским войском и беспрепятственно шел к Москве по Каширской дороге.
Получив известие о приближении казаков, Владислав осыпал их послов подарками, а казацкому войску поручено было пройти под Тушино и соединиться там с польским войском, что Сагайдачный и сделал.
Переправившись под Коломной через Оку, казаки встали табором над Москвой-рекой. Осада Москвы была поручена гетману Сагайдачному. Но после неудачного штурма гетман прекратил осаду. Скорее всего, Сагайдачный счел невозможным быстро овладеть столицей, а длительная осада города не входила в его планы. Он отступил на Калугу, и московский поход Владислава закончился Деулинским перемирием, заключенным 1 декабря 1618 г. По этому перемирию Владислав отказывался от притязаний на московский престол, должен был возвратить из плена митрополита Филарета, отца Михаила Федоровича, Шеина и других пленных дворян русских. За это Речи Посполитой были отданы украинские города: Чернигов. Стародуб, Новгород-Северский, а также Смоленск, Дорогобуж. Рославль и др.
После окончания Московского похода, в конце 1619 г. пять тысяч казаков совершили набег на Крым, и разбили татар под самой стеной Перекопа. По этому случаю. Сагайдачный послал атамана Петра Один-ца в конце февраля 1620 г. к московскому царю, с предложением служить ему против общего врага христианства. Казацкие послы приехали в Москву с гетманской грамотой к царю и двумя татарскими языками. К самому царю казаки не попали. Им объяснили, что на дворе масленица. скоро пост, а во время поста царь не принимает послов и иноземцев. Казаков одарили деньгами, сукнами, шапками и дали жалованье в триста рублей.
Но отношение царского правительства к украинским казакам вообще и к Сагайдачному в частности после Московского похода было однозначно отрицательное. Идеи защиты христиан и православного единства в этот момент еще не вписывались во внешнеполитическую доктрину Московского государства.
Наоборот, патриарх Филарет на соборе 1620 г. установил перекрещивание для православных украинцев, выходящих из Польши и Литвы. В 1627 г. начаты были гонения на украинские книги, имевшихся в русских церквах.