Начал Сагайдачный свою деятельность в качестве руководителя реестрового казачества с реорганизации войска. Он постарался избавиться от всяких случайных элементов. Согласно его соглашения с польскими властями 1617 г. в реестр не могли записывать ремесленников, купцов и других, не имевших землю категории людей. Сагайдачный ввел в экипировку реестровых казаков ружье, требовал, чтобы каждый имел коня. Начались регулярные смотры войска и муштра. Поддерживалась строгая дисциплина, виновных наказывали вплоть до смертной казни.
В результате реформы вместо 50–60 тысяч своевольников появилось 10 000 регулярного войска. По мере надобности. Сагайдачный мог увеличить это число в четыре раза.
Понимая важность дополнительного дохода для казаков. Сагайдачный со своими реестровыми принимал активное участие в военных компаниях, которые организовывались с согласия или по поручению польского правительства. Для ведения войны с турками по распоряжению гетмана число чаек было увеличено до 300. В 1600 г. казаки ворвались в Перекоп, в 1609 г. сожгли Измаил и Килию. Под личным руководством Сагайдачного были совершены успешные походы через Черное море. В 1614 г. казаки разрушили Синоп, сожгли его цейхгауз, нанеся огромный материальный убыток. Гарнизон был почти полностью уничтожен, захвачены большие запасы оружия, корабли, освобождены десятки невольников. В начале 1615 г. на 80 чайках они напали на Константинополь, сожгли гавани Мизевны и Архюка, опустошили местность и ушли, перепугав самого султана. Турецкий флот погнался за ними, догнал у устья Дуная, но казаки бросились в атаку и сожгли корабли турок, захватив в плен их военачальника. После этого казаки Сагайдачного напали и сожгли Кафу — один из крупнейших невольничьих рынков Черноморья. Разгневанный султан приказал казнить великого визиря и других высших сановников, допустивших такое поражение.
После этих походов казацкое имя покрылось славой, о них заговорили даже в Европе и влияние казаков в Речи Посполитой резко возросло. Оно все больше превращалось в силу, с мнением которой приходилось считаться даже королю. Польский сейм неоднократно с тревогой отмечал, что казаки сами устанавливают себе законы, сами избирают командиров и практически создают в рамках Речи Посполитой иную республику.
Понимая значение казачества для своих внешнеполитических планов, польское правительство было вынуждено пойти на некоторые уступки в религиозном вопросе. В 1607 г., на съезде под Сандомиром, православная шляхта постановила просить короля об уничтожении унии, лишении униатов епископских должностей и замещении их православными. В конституцию варшавского сейма 1607 г. была внесена особая статья «о религии греческой», в которой давалось обещание не нарушать прав в отношении к вере и не запрещать свободное отправление церковных обрядов. Этим послаблением не замедлили воспользоваться сторонники православия.
Центром борьбы против унии становится Киев. Именно там объединяются усилия гетмана Петра Сагайдачного и нового архимандрита Киево-Печерской Лавры Елесея Плетеницкого (сменившего умершего Никифора Тура). Плетеницкий купил старую типографию, переоборудовал ее и в 1616 г. выпустил первую книгу. В Киев приезжают и другие известные православные полемисты — Захарий Копистенский, Курцевич-Булига. Вместе они организуют кружок пресвященных борцов за православие.
В 1615 году вдова мозырского маршала Галыпка Гулевич даровала на нужды «правоверным и благочестивым христианам» свои земли с усадьбой в Киеве. Там планировалось построить монастырь, гостиницу для духовных странников, а также школу для шляхетских и мещанских детей. В конце 1615 г. было создано киевское братство по подобию Виленского, львовского и других. В него вступило местное духовенство, мещане и шляхта, весь кружок Плетеницкого, а также гетман Сагайдачный со всем своим войском. Первым ректором братской школы, которая начала свою работу в 1617 г., стал Иов Борецкий.
Этот выдающийся деятель украинского духовного возрождения учился в львовской братской школе, затем в Острожской академии и завершил свое образование в Ягеллонском университете Кракова. В Киевской братской школе преподавали греческий, латинский, польский, «книжный» украинский языки, грамматику, риторику, философию, арифметику, историю, музыку, геометрию, астрономию. Для преподавания этих предметов Борецкий приглашал выдающихся ученых, писателей, общественных деятелей. Учениками школы были дети киевских мещан, духовных лиц и украинской шляхты.
Для успешной работы типографии Киевского братства были устроены бумажная фабрика и словолитня. Результатом деятельности кружка Плетеницкого был выпуск за 15 лет такого числа книг, какого до этого не вышло во всей Украине.