Поводом для восстания послужили события личного характера: польский магнат М. Калиновский отнял землю у отца Наливайко, а когда тот оказал сопротивление, приказал его избить, от чего тот вскоре умер. Вернувшись из похода, Наливайко потребовал от шляхты Подо-лии содержать его казаков, выполнявших, по сути, пограничные обязанности. Получив отказ, наливайковцы и брацлавские мещане изгнали местного старосту Струся и захватили Брацлав.
Силы Наливайко достигали 12 000. Осенью 1594 г. Наливайко перешел Днестр, разбил молдавского господаря Аарона (союзника турок) и захватил столицу Молдавии Яссы. В феврале 1595 г. после трехмесячного удачного похода по Молдавии Наливайко взял Бар и расположился там.
Затем Наливайко пошел на Волынь, взял контрибуцию с Луцка и совершил рейд по белорусским городам. Весной 1695 г. казаки возобновили свои походы в Молдавию, в том числе в составе союзного войска императора Максимилиана. Но летом поляки ввели свои коронные войска в Молдавию, начали мирные переговоры с турками и запретили казакам дальнейшие походы. Наливайко вернулся на Волынь и обратил все свои усилия на борьбу с польскими властями.
В своем обращении к королю Наливайко предлагал передать казачеству приграничные территории от Днестра к Днепру. Казацкое войско должно было защищать Речь Посполитую от татар, турок и русских, получая от государства соответствующую зарплату. Польское правительство ответило отказом.
Расположившись на зимовку в Степани, Наливайко нашел себе негласного покровителя в лице князя Константина Острожского, который вел активную борьбу против унии. Казаки Наливайко, находясь на Волыни, не трогали владений Острожского, но зато громили имения епископа Кирилла Терлецкого, который как раз в это время отправился в Рим утверждать унию.
Восстания достигло такого размаха, что угрожало существованию польской власти в регионе. Крестьяне в массовом порядке показачи-вались. Поляки срочно собрали войско под командой С. Жолковского (коронного гетмана, т. е. главнокомандующего войсками Речи Посполитой, будущего активного участника русской Смуты) и бросили его против восстания. Казаки начали отступать через Подолию и под Белой Церквью Наливайко соединился с запорожцами.
В марте 1596 г. в урочище под Острым Камнем Жолкевский догнал казаков. В тяжелом бою был убит казацкий полковник Сасько Федорович. Казаки избрали гетманом Наливайко. Казаки переправились через Днепр и устремились к Переяславлю, где были спрятаны жены и дети участников восстания, а затем намеревались найти укрытие в пределах Московского государства. Под Лубнами в урочище Солонпца 25 мая 1596 г. казацкий табор был осажден поляками. Среди восставших начались разногласия, и лидер запорожцев Лобода был убит. После двух недель сопротивления казаки были вынуждены капитулировать.
Жолкевский обещал амнистию, если казаки выдадут предводителей, артиллерию и казну. Но затем поляки вероломно напали на безоружных и перебили множество народу. Наливайко после страшных пыток четвертовали в Варшаве, остальные девять предводителей восстания тоже были казнены. Только небольшой отряд запорожцев под командой Кремпского на быстроходных чайках ушел в Запорожье.
Восставшие выдвигали своим требованием распространение казацких вольностей не только на реестровых, но и на других казаков, а также обеспечения свободного прохода в Запорожье. Одновременно впервые казаки выступили с более широкими заявлениями, в том числе — религиозными, заняв открыто враждебную унии позицию. Широкая поддержка населением восстания показала, что из узко сословных казацкие интересы все больше превращались в национальные, а казаки — в политических лидеров Украины.
Подавление казацкого восстания открыло путь для провозглашения церковной унии. В октябре 1596 г. в Бресте для торжественного объявления про объединение церквей был созван собор. В нем участвовали экзархи константинопольского и александрийского патриархов, епископы, духовенство и миряне православные и униатские. Собор раскололся на два — один враждебный унии, другой — состоящий из ее сторонников. Униатские епископы вместе с католическим духовенством и польскими комиссарами заседали в соборной церкви Бреста. Сторонники православия вынуждены были собраться в частном доме т. к. Потей приказал закрыть все церкви в Бресте.
Обе партии привели с собой вооруженное ополчение своих сторонников. Причем перевес на стороне православных оказался так велик, что привел в ужас приверженцев унии. Несмотря на это, после продолжительных совещаний епископы провозгласили унию и предали проклятию всех протестующих. В свою очередь Никифор, как экзарх Константинопольского патриарха, провозгласил декрет о низложении перешедших в унию епископов, и предал проклятию всех сторонников унии.
Король остался на стороне униатов, и уния была объявлена законной, равно как и права еппскопов-униатов. Напротив, православие юридически объявлялось нелегитимным на территории Речи Посполитой.