Мазепу спас кошевой атаман Сечи — знаменитый Сирко. В то время он был зол на Дорошенко из-за его союза с Турцией, а Мазепа рассказал ему все, что Сирко хотел знать. Понимая, что перед ним — прожженный интриган, атаман решил отправить «доверенного секретаря» Дорошенко к Самойловичу, велев ему раскрыть перед гетманом все детали взаимоотношений своего хозяина с турками. Именно тогда переменчивый эрудированный молодой человек и произвел впечатление на гетмана Самойловича.
В конце 1680 г., во время переговоров в Бахчисарае, Мазепа, который к тому времени приобрел большое влияние на гетмана, был послан защищать интересы казаков в Москве. С характерной для него легкостью он вскоре погрузился в интриги московского двора. Он сразу понял, что честолюбивая царевна Софья, сестра больного царя Федора, в самом ближайшем будущем станет играть здесь главную роль, и добился благосклонности ее фаворита, князя Василия Голицына. Мазепа вернулся к Самойловичу, который стал еще больше доверять ему; после смерти царя Федора Софья была провозглашена правительницей при своих малолетних братьях Петре и Иване, а дорвавшийся до власти Голицын добился для Мазепы поста военного секретаря Украины.
В 1683 г. Ян III Собеский одержал блестящую победу над Кара-Мустафой под стенами Вены. В составе армии победителя воевал четырехтысячный отряд казаков, которые ушли с разоренной Правобережной Украины и поселились в Польше (ими командовал полковник Гоголь). Летом 1684 г. поляки вместе с казаками очистили от турок Подолию, но не смогли отвоевать крепость Каменец-Подольский.
Австрия, Польша и Венеция образовали Священный союз, целью которого был раздел османских владений в Европе. Ян III, не сумевший изгнать турок из Каменец-Подольского и не желавший заниматься восстановлением опустошенных войной земель между Днепром и Днестром, вернулся к планам Яна Замойского, предусматривавшим включение Молдавии и Валахии в состав Речи Посполитой и перенос ее границы на Дунай.
Совершенно естественно, что западные союзники желали, чтобы к союзу против Турции присоединилась и Россия, а амбиции и потребности царевны Софьи заставили ее отказаться от миролюбивой политики покойного царя Федора. В 1686 г. Москва присоединилась к Священному союзу, изменив тем самым андрусовской политике Ордын-Нащокина, согласно которой поляки должны были воевать против Турции в дунайских графствах, а русские — против крымских татар и мощных турецких крепостей, защищавших подходы к Черному морю. Собеский отказался от всех польских претензий на Киев и Смоленск в ответ на компенсацию (на самом деле ею оказалась субсидия) в размере 500 тысяч гульденов. Была достигнута договоренность, что территория Запорожской Сечи по обеим сторонам Днепра в будущем станет подчиняться только русскому царю, хотя в Андрусовском договоре указывалось, что она должна быть
Монтекукколи, величайший полководец Восточной Европы того времени, однажды заметил, что императору не следует вести длительной войны против турок, поскольку поражение на поле боя не поможет ослабить их мощь. Османы в ту пору воевали по всему фронту — от Адриатики до Азовского моря, но ни русские, ни поляки, имея превосходящие силы, не смогли добиться успеха в войне, тянувшейся целых 10 лет. В ежегодных кампаниях, продолжавшихся до 1694 г., польский король истощил все свои ресурсы. В Молдавии появился весьма серьезный противник — Константин Кантемир, бывший офицер польской армии татарского происхождения, которого турки назначили местным господарем.
Летом 1687 г. русская армия, которая насчитывала 200 тысяч человек, вместе с казаками Самойловича отправилась воевать Крым. Русское войско вело за собой огромный обоз и целые стада крупного рогатого скота для прокорма солдат. Татарские отряды, воспользовавшись невыносимой жарой, применили свою древнюю тактику и подожгли траву в степи. За пределами своего лагеря русские не видели ничего, кроме выжженной степи; от зноя пересохли все речушки, и люди и животные стали умирать от жажды. Солдаты начали роптать, а среди командиров вспыхнули раздоры.
Стали искать козла отпущения, и Василий Голицын, вовсе не желавший, чтобы ответственность за провал похода пала на него, очень обрадовался, когда ловкий ход Мазепы подсказал ему, на кого можно свалить всю вину.
Мазепа хорошо знал, что Самойлович крайне непопулярен среди казацкой старшины, которая завидовала ему и презирала. Быстрое возвышение и обогащение этого «поповского сынка», как и его высокомерие, вызывали у казацких полковников негодование и насмешки. Более того, все знали, что Самойлович не хотел идти воевать в Крым; он был болен, стар и очень часто весьма неосторожно высказывался в присутствии Мазепы об «этой проклятой войне, в которую втянула нас Москва».