«Сарданапал» Самойлович, которому беды Правобережья оказались совершенно безразличны, был даже рад подлить масла в огонь, поскольку они усиливали «его» Левобережную Украину, особенно когда дело касалось его собственных интересов. Явившись с войском, чтобы снять осаду с Чигирина, он с удовлетворением взирал на толпы людей, бежавших на левую сторону Днепра. Некоторые даже утверждали, что Самойлович посылал казаков сгонять людей с насиженных земель — для увеличения числа беженцев.
За семь-восемь лет до 1680 г. в Левобережную Украину бежали сотни тысяч крестьян. Эти переселенцы, а равно и их товарищи, следовавшие за ними, радовали глаз гетмана. А он сам и его родственники, все члены батуринского «двора», старшины и судьи — словом, все, кто мог воспользоваться своим привилегированным положением, старались захватить побольше свободных земель, которых за Десной, а также в верхнем течении Сулы, Псла и Ворсклы оставалось еще очень много. Новые землевладельцы предпочитали иметь дело с беженцами, а не со старыми поселенцами, которые осели здесь еще во времена Хмельницкого и смотрели на эти территории как на свою собственность. Новым помещикам было гораздо приятнее и удобнее общаться с новичками, которые соглашались на любые условия, лишь бы получить крышу над головой взамен разрушенной хаты, оставленной ими на правой стороне Днепра. Отчаянная нужда сотен тысяч переселенцев с Правобережной Украины и стала той причиной, по которой достигли расцвета крупные поместья Левобережья за два последних десятилетия XVII в. Социальная гегемония, за которую безуспешно боролись Хмельницкий и Выговский, без особых усилий была достигнута Самойловичем благодаря особым условиям того времени.
Мазепа, сменивший «предателя», стал не только главой казацкого правительства, но и вождем относительно богатой группы землевладельцев, в которую превратилась казацкая старшина. Это «наследство» оказалось гораздо более ценным, чем все золотые червонцы и серебряные талеры, которые «Сарданапал Самойлович» хранил в своих сундуках.
После падения последнего войско Голицына перезимовало на Украине, и летом 1688 г. война с Крымом возобновилась. Русские подошли к Перекопу, но взять его не смогли. Если верить народной легенде, «татары спасли себя тем, что прислали мешки, набитые золотыми монетами, наполовину оказавшимися фальшивыми». На самом деле царевна Софья вынуждена была вернуть своего фаворита в Москву из-за накопившихся дома проблем.
Следующим летом (в августе-сентябре) в столице разразился конфликт между правительницей Софьей и молодым царем Петром. Дело закончилось заключением царевны в монастырь и отправкой Голицына со всей его семьей в Сибирь. Началось правление Петра Великого.
При тех обстоятельствах, которые сопровождали падение Голицына, Мазепа мог очень легко лишиться всего, что он приобрел. Симпатизировавшие ему биографы объясняют спасение гетмана тем, что его ораторский дар и обаяние привели в восхищение молодого царя. Однако ближе к правде будет то, что советники Петра, вероятно, решили, что в такое тревожное время менять на Украине ничего не надо, поскольку в этой беспокойной стране может легко вспыхнуть новое восстание. Так или иначе, но в конце сентября 1689 г. Мазепа вернулся в Батурин как самый преданный и усердный слуга царю.
Москва нуждалась в услугах наместника, умевшего управляться с мятежным народом Малороссии. Война с турками и татарами продолжалась, и страна пребывала в состоянии неустойчивости. Кроме того, недовольство стрельцов и старообрядцев, которые пользовались поддержкой населения, перекинулось и на Запорожскую Сечь.
А тем временем поляки освободили от турок целый ряд областей Правобережной Украины, и крестьяне из Галиции, Польши и Левобережной Украины начали переселяться под Корсунь, Белую Церковь и Брацлав. Среди них большой популярностью пользовался полковник Палей, по происхождению простой казак. Поляки снова возродили свои старые претензии на власть на правом берегу Днепра. Одновременно с этим на Сечи появился другой казак, Петрик, который, воспользовавшись социальным и религиозным недовольством казачества, начал от имени турок призывать их к восстанию против царя. «Москва отдает наших людей в рабство помещикам, чтобы превратить казаков в крестьян», — заявлял этот новый поборник турецкой ориентации. К сторонникам Петрика присоединились татарские отряды, и они совершили несколько совместных набегов на земли Украины. Только политическое мастерство Мазепы помешало этому движению превратиться в новое восстание. Это случилось в первые пять лет правления Петра I.