После романа с Марией счастье изменило Мазепе. Ему сообщали, что казацкая старшина открыто выражает недовольство продолжением войны, а генералы Петра, многие из которых были иностранцами и хорошо знали современные военные идеи, с презрением отзывались о боевых качествах казаков. Слухи о том, что некоторые казацкие полки будут преобразованы в драгунские, шокировали и возмутили гетмана и все казацкое сообщество.
В начале 1706 г., после шведской победы под Фрауштадтом, царь, опасавшийся шведского вторжения в волынские земли и захвата Киева, приехал сюда, чтобы осмотреть киевские укрепления. Страх Петра перед вторжением шведов, несомненно, произвел огромное впечатление на гетмана, разделявшего общее мнение о том, что царю никогда не одолеть непобедимого шведского короля. Этот визит никак не улучшил отношений между хозяином и его вассалом. К тому времени Мазепа начал подогревать недовольство старшины, искусно подкрепляя ее подозрения в том, что окружение Петра собирается отменить все «старые привилегии» казаков. Он распустил слухи, что его соперник Меншиков, этот «фортуны баловень безродный», сам хочет стать гетманом, а Петр предложил Украину герцогу Мальборо в качестве награды за его посредничество в переговорах с Карлом XII.
На самом деле опасения гетмана были не беспочвенны. В конце 1706 г. герцог Мальборо, с которым общался голландский агент Петра Гюйссенс, пообещал царю помощь, при условии, что ему подарят какую-нибудь губернию в России. Царь предложил ему на выбор Киевскую или Владимирскую губернии, а также Сибирь, пообещав, кроме того, в случае заключения мира со Швецией, выплачивать 50 тысяч талеров в год, подарить «рубин, какого нет ни у одного из европейских государей», а также наградить орденом Андрея Первозванного, усыпанным бриллиантами.
Однако летом 1707 г. герцог Мальборо неожиданно посетил Карла XII в саксонском замке Альтранштадт, желая проникнуть в замыслы шведского короля. Английский герцог, который гораздо лучше царя Петра и короля Карла разбирался в военной дипломатии, понял, что Швеция не собирается воевать с Австрией, и, удовлетворенный этим, вернулся в Нижние страны, а Карл начал подготовку к Русской кампании, которая и привела его к гибели.
Петру I осенью 1707 г. пришлось подавлять мощное восстание башкир на Волге и мятеж донских казаков Кондратия Булавина, направленный «против нововведений».
С начала того же года в Запорожской Сечи также стало усиливаться брожение. Мазепа, который очень заботился о своей популярности среди казаков, внимательно следил за их настроением.
В январе 1708 г., когда пришла весть о вторжении шведов в Россию, Мазепа начал открыто выражать свои сомнения относительно «московской мощи». Он потерял всякую осторожность и, не стесняясь, демонстрировал свои пораженческие настроения в доме своего злейшего врага — Кочубея.
Ум старого гетмана был столь изощренным, что судить о том, вступил ли он к тому времени в предательские сношения с Карлом или просто хотел заманить Кочубея в ловушку, из которой ему было не выбраться, мы не можем. Некоторые биографы Мазепы убеждены, что он вступил в переговоры с Карлом XII уже в 1706 г., когда шведский король находился в Саксонии; связь поддерживалась через иезуита Зелинского. Однако это маловероятно. Впрочем, агенты Карла XII действовали в Турции и проникли в Крым и Запорожскую Сечь; вполне возможно, что кто-нибудь из них приезжал и в Батурин.
Существует мнение о том, что в сентябре 1707 г. Мазепа предлагал шведам вторгнуться на Украину и одновременно готовился к уничтожению всех русских гарнизонов, размещенных на ее территории, но подтверждения этому нет. На Пасху 1707 г. Мазепа присутствовал на Большом военном совете Петра I в Жолкве, а его любимый племянник Войнаровский находился в это время с Меншиковым в Люблине. Летом и осенью казацкие полки под командованием генерала Баура стояли на литовской границе; 3 тысячи казаков отправились на Волгу на подавление восстания башкир, а Кондратий Булавин, возглавивший бунт донских казаков, так и не дождался помощи ни от гетмана, ни от Сечи. Все эти факты опровергают версию о том, что в сентябре 1707 г. Мазепа уже переписывался со шведским королем и собирался изменить Петру (в подтверждение этой версии обычно ссылаются на духовного наставника и биографа короля Карла Нордберга, однако тот был горячим сторонником вторжения на Украину, целесообразность которого в Швеции многие отрицают, и вполне мог принять желаемое за действительное).
Все говорит о том, что ущемленное самолюбие, страх и, самое главное, продолжение бессмысленной ссоры с Кочубеем толкнули гетмана на непродуманные шаги.
Поздней осенью того же года Кочубей отправил царю донос на Мазепу, но Петр отнесся к этому весьма беспечно, посчитав, что Кочубея на этот шаг толкнуло оскорбление, нанесенное ему гетманом, вздумавшим жениться на его дочери Марии.