Магистр ордена, приехал в Вильно, где проходил сейм Великого княжества Литовского, и обратился к великому князю литовскому и королю польскому с просьбой о помощи. В конце августа 1559 года в Вильно был подписан договор о переходе ордена под протекторат Великого княжества. Курляндский герцог признал себя вассалом великого князя литовского. В ответ на это Иван IV начал войну против Великого княжества и направил свои войска к его границам. В 1562 году русские войска взяли Витебск, Оршу, Дубровны и Шклов. Зимой 1563 года была взята самая мощная крепость – Полоцк. Иван IV стал именоваться «великим князем полоцким» и заявил, что должен вернуть все Мономахово наследие, в том числе Волынь, Подолию и Вильно.
Великое княжество Литовское оказалось в трудном внешнеполитическом положении. Ухудшилось и экономическое положение, так как очень тяжелым бременем для населения княжества были длительные войны и связанные этим постоянно растущие налоги. Еще одной причиной ухудшения внешнеполитического положения Великого княжества были постоянные набеги Крымских татар. За 69 лет (1500–1569) они 45 раз вторгались в пределы Великого княжества, опустошая его земли. Утомленная постоянными войнами, шляхта составила конфедерацию и обратилась с просьбой к великому князю заключить унию с Польшей и назначить ради этого общий польско-литовский сейм.
В 1563 году для переговоров об унии на Варшавский сейм прибыла делегация Великого княжества во главе с виленским воеводой Николаем Радзивиллом. Поданный проект унии поляков не удовлетворил. Официальные переговоры об унии начались в 1566 году. Поляки заседали в Люблине, а представители Великого княжества – в Бресте. Общий сейм открылся в Люблине в январе 1569 года. После того, как послы Великого княжества увидели угрозу насильственного заключения унии на неприемлимых условиях, они в марте 1569 покинули Люблин. Вслед последовали указы Сигизмунда Августа о присоединении к Польскому королевству Волыни, Подляшья, Подолии и Киевщины, в результате чего почти половина территории Великого княжества отошла к Польше. В Великом княжестве остались в основном только литовские и белорусские земли.
На части этих земель московское войско строило крепости. В этих условиях была сделана попытка начать переговоры с Иваном IV о мире. Предполагалось даже вручение ему или его сыну великокняжеской короны. Однако кроме собственного унижения послы Великого княжества ничего не добились. В этой ситуации делегация Великого княжества вынуждена была вернуться на переговоры в Люблин. 1 июля 1569 года акт Люблинской унии был подписан.
В акте Люблинской унии определялось, что оба государства сливаются в единое неделимое целое и обязаны содействовать интересам и выгодам общей державы. В Речи Посполитой предусматривались федеративные отношения Польши и Великого княжества Литовского. Для обсуждения общегосударственных проблем предусматривались общие сеймы, где предполагалось избрание единого государя.
Все законодательные акты Великого княжества, ущемлявшие интересы Польши, отменялись. Полякам разрешалось приобретать имения и владеть ими в Великом княжестве, а жителям княжества – в Польше. Великое княжество сохраняло свое финансовое хозяйство, административный аппарат и войско. Сохранялся титул княжества и его печать, то есть акт унии не прекращал самостоятельного существования Великого княжества Литовского.
В документах и обиходе обе части Речи Посполитой называли Короной и Великим княжеством Литовским. Федеративный характер Речи Посполитой подчеркивался и тем, что общий сейм собирался поочередно в Варшаве и Гродно. Официальная символика – герб и флаг – состояла из двух частей. Рядом размещались белый орел и Погоня.