Политические воззрения, конечно, не очень серьезно влияли на естественные науки. Особых успехов ученые Венгрии достигли в области теоретической математики: труды Липота Фейера, Фридьеша Риса, Пала Эрдёша и их учеников (хотя все венгерские физики, ставшие лауреатами Нобелевской премии, — Эуген Вигнер, Дьёрдь Хевеши, Дьёрдь Бекеши и Денеш Габор, — работали за границей). Также следует отметить достижения Кароя Новобацки в квантовой физике и то, что многие венгерские фармакологи, зоологи и специалисты по компьютерам тоже весьма высоко ценились за рубежом. В общественных науках возрождение социологии и психологии, искорененных в 1950-х гг. в качестве «пережитков буржуазной науки», и последующее развитие политологии (несмотря на ее соперничество с «научным коммунизмом») стали важнейшими вехами в истории венгерской научной мысли. Мировое признание как новаторские исследования получили труды экономиста Яноша Корнаи, в которых дан основательный анализ характеристик и недостатков командной экономики. Работы многих венгерских ученых в совокупности можно рассматривать в качестве коллективного многотомного исследования, высокий научный уровень которого невозможно скрывать даже под глянцевой пленкой марксистского жаргона, столь характерного для литературоведения, историографии, этнографии и искусствоведения данного периода.
Но и в этих сферах наблюдались интересные случаи, свидетельствующие о том, сколь губительно для науки прямое вторжение в нее политики. В 1960-х гг. власти сознательно открыли в печати дискуссию о проблемах национальной специфики. В ходе этой полемики они намеревались наглядно показать роль классовой борьбы как единственной движущей силы истории, на мощном фоне которой национально-освободительное движение должно было предстать как явление частное, несущественное, не идущее ни в какое сравнение с интересами и связями наднационального характера. Кампания, однако, привела к прямо противоположному результату, пробудив научный интерес к проблемам этноса и национального самосознания. Позднее этот интерес вылился в известные исследования Енё Сюча на основе его концепции исторических регионов Европы. Это также подстегнуло возрождение интереса к реальной оценке места Венгрии в империи Габсбургов, особенно после 1867 г., которая никоим образом не могла совмещаться с существовавшим в то время культом «революционной» или «прогрессивной» традиции (представлявшим собой совершенно нелепую попытку привести к единому логическому знаменателю события 1848, 1919 и 1945 гг. в качестве аксиомы официальной идеологии). В области философии в 1960-х гг. особо влиятельным было творчество Дьёрдя Лукача как внутри страны, так и за ее пределами. Его значение определялось тем, что это было масштабное обобщение, синтез эстетических, этических и онтологических воззрений своего времени, созданный рукой крупного философа. Кроме того, Лукач стал основоположником довольно многочисленной «будапештской школы» критического марксизма.
Судьба ученых «будапештской школы» (Ференца Фехера, Агнеш Хеллер, Дьёрдя Маркуша и Михая Вайды как представителей старшего поколения, а Дьёрдя Бенце и Яноша Киша в качестве молодой ее поросли) стала одним из симптомов общего похолодания политического климата в Венгрии в начале 1970-х гг. Участники школы выступали за пересмотр положения о прямой связи марксизма как философии с политическими целями пролетарского движения, они ратовали за плюрализм внутри философской традиции марксизма, критиковали теоретический догматизм, а также его практические воплощения, как, например, подавление в Чехословакии в 1968 г. попыток создать «социализм с человеческим лицом» — подавление, осуществленное силами войск стран-участниц Варшавского договора. В 1973 г. все участники школы были исключены из партии и уволены с работы, практически им запретили издаваться. Через несколько лет часть из них эмигрировали, а те, кто остались, оказались в полном забвении и были вынуждены пользоваться подпольными, самиздатовскими средствами для публикации своих работ вплоть до 1989 г. Судебное преследование, развернутое в 1973 г. против социолога-«еретика» Миклоша Харасти за «клеветнические измышления» в области социографии, изложенные в «Венгерском шедевре» (так назывался его обзор), дает понять, что «дело» философов не было случайным эпизодом, как и арест в 1974 г. Конрада и Ивана Селеньи, чья рукопись «Путь интеллигенции к классовому господству» считалась подрывной интерпретацией корней социалистической системы и перспектив ее развития. Этот арест дополнил общую картину репрессий. За год до этого, в 1973 г., полиция арестовала целую группу участников «националистической демонстрации», осмелившихся праздновать 15 марта (годовщину революции 1848 г.) независимо от официальных мероприятий и с лозунгами, которые если и не были альтернативными, то существенно отличались от юбилейных заготовок, прославлявших «юность венгерской революции» и вбивавших в сознание людей идею преемственности «прогрессивной традиции» 1848–1919–1945 гг., о чем говорилось выше.