Мухаммед умер от лихорадки в июне 632 года, и правление перешло к самому надежному его сподвижнику Абу-Бакру, который носил титул халифа – буквально «заместителя» пророка. В следующем году мусульманские армии вышли в поход, однако Абу-Бакр вскоре умер, и первые исторические победы мусульмане одержали при втором халифе, Омаре. В одном отношении удача особенно сопутствовала арабам: византийско-персидская война истощила силы обеих держав. Кроме того, монофизитские народы Сирии и Палестины не питали настоящей лояльности к Константинополю, который воплощал собой чуждую им греко-римскую культуру. Мусульмане, такие же семиты и пылкие монотеисты, которые к тому же обещали терпимость ко всем христианским верованиям, вполне могли показаться монофизитам более предпочтительными.
Ко времени вторжения арабов в Сирию в 634 году Ираклий уже возвратился на Восток. В завоеванных им новых провинциях требовалось навести порядок и разрешить богословские проблемы с восточными церквами. Самой важной задачей было возвращение Креста Господня в Иерусалим. Весной 627 года Ираклий в сопровождении Мартины и старшего сына Константина отправился в Палестину. Добравшись до Священного города, он сам пронес Крест по Крестному пути до заново отстроенного храма Гроба Господня, где его ожидал патриарх. Следующие семь лет император провел в восточных провинциях, налаживая и совершенствуя систему управления. Тем временем патриарх Сергий распространял в области богословия новую формулировку, которая, как все надеялись, окажется приемлемой и для монофизитов, и для ортодоксов. Эта формулировка заключалась в том, что, хотя Христос и имел две природы – человеческую и божественную, обе они обладали единой движущей силой, или энергией. Монофизитов только просили принять то, что единая сущность Спасителя была единством энергии, а не природы. Несмотря на то что Ираклий с энтузиазмом поддержал эту доктрину, она всюду встречала сильное сопротивление, в особенности со стороны фанатичного ортодоксального монаха по имени Софроний. Он громогласно заявлял, что эта доктрина – всего лишь бастард монофизитства и предает все достижения Халкидонского собора. Когда в 634 году Софрония избрали патриархом Иерусалимским, поддержка теории о единой энергии внезапно исчезла, и император бессильно наблюдал, как все его усилия обеспечить единство веры рассыпаются в прах.
Тем временем армия пророка хлынула в Сирию; отправленное туда небольшое византийское войско было уничтожено. Через несколько месяцев мусульмане заняли Дамаск и осадили Иерусалим. Ираклия потрясли эти события, и он немедленно стал собирать полномасштабную армию; через год 80 000 человек собрались у Антиохии. Перед лицом этой грозной силы мусульмане отступили к реке Ярмук к югу от Галилеи. В мае 636 года императорская армия выступила им навстречу, однако через три месяца, 20 августа, с юга налетела сильнейшая песчаная буря; молодой военачальник мусульман Халид ибн аль-Валид воспользовался этой возможностью и напал на византийцев. Застигнутые врасплох и ослепленные летящим в глаза песком, они уступили натиску арабов и были жестоко перебиты. Борьба кончилась. Иерусалим стойко держался еще год, но осенью 637 года патриарх согласился капитулировать, и в феврале 638 года халиф Омар въехал в Священный город на белоснежном верблюде.
А что же Ираклий? Почему этот доблестный защитник христианского мира, вернувший ему Крест Господень, бездействовал, когда сам Иерусалим попал в руки неверных? Ираклия поразила смертельная болезнь, и он сильно ослаб и духом, и разумом. После битвы на Ярмуке император утратил всякую надежду. Сделав короткую остановку, чтобы пробраться в осажденный Иерусалим и забрать оттуда недавно возвращенный Крест, он вновь отправился в долгий путь до Константинополя. К тому времени, как Ираклий добрался до Босфора, его разум серьезно помутился. У него отчего-то развилась необъяснимая боязнь моря: по прибытии в Гиеру ничто не смогло заставить его пересечь пролив. Наконец, как рассказывает один из авторитетных источников, через Босфор протянули цепочку лодок, которые были прикрыты с обеих сторон зелеными ветками, чтобы император не видел моря; после этого Ираклий сел на коня и переехал через пролив «словно по земле». Последнее возвращение императора в Константинополь выглядело жалким по сравнению с его приездом туда девять лет назад. Его подданные перешептывались о том, что он явно навлек на себя гнев Господа, женившись на своей племяннице. Из девяти детей, которых родила ему Мартина, четверо умерли в младенчестве, у одного была вывихнута шея, а еще один родился глухонемым. Императрицу, которая и так никогда не пользовалась популярностью, теперь публично осыпали бранью.