Влияние Василия при дворе росло, а вместе с ним росла и взаимная враждебность между ним и Вардой. Кесарь поначалу счел, что Михаил полностью доверил ему управление империей и что это положение дел будет сохраняться, пока Варда не вмешивается в развлечения императора; однако быстрота, с которой Василий укреплял свое положение, вскоре заставила его пересмотреть свое мнение. Честолюбие Василия еще не было удовлетворено – ведь к этому времени он нацелился и на императорский трон; и так же, как Варда отравлял разум Михаила, настраивая его против Феоктиста, Василий принялся исподволь возбуждать у императора подозрения в отношении его дяди.
Варда готовил масштабную экспедицию против Крита, который после освобождения Феоктистом очень скоро снова оказался в руках мусульман. Однако зимой 865 года до него дошли слухи о заговоре с целью убить его, в котором участвовали и Михаил, и Василий. Вероятно, Варда прямо сообщил племяннику об этих подозрениях, так как 25 марта 866 года император поставил свою подпись, а его главный министр нарисовал крест под официальным заявлением, в котором они клялись, что не имеют по отношению к Варде враждебного умысла. Эта клятва была столь торжественной (говорят, что подписи были сделаны кровью Христа, небольшое количество которой хранилось в храме Святой Софии среди самых драгоценных реликвий), что кесарь успокоился, и, когда вскоре после Пасхи армия покинула Константинополь, он находился на своем обычном месте рядом с императором.
В день посадки на корабль в Милете Варда приехал верхом к императорскому шатру, где сел рядом с племянником и со всей внимательностью слушал утренний отчет, который представлял один из логофетов. Когда логофет замолчал, краем глаза Варда увидел, как главный министр подал тайный сигнал, и схватился за меч, но было слишком поздно: одним мощным ударом Василий свалил его на землю, а затем к нему кинулись прочие заговорщики, чтобы с ним покончить. Сам император не пошевелился, но можно не сомневаться, что он знал о намерениях Василия. Он сразу написал Фотию, сообщая, что Варда был признан виновным в государственной измене и без промедления казнен. Через несколько дней армия вернулась в Константинополь, и критский поход завершился не начавшись.
На праздник Троицы в 866 году верующие, пришедшие в храм Святой Софии, были заинтригованы тем, что в храме поставлены рядом два трона. Еще больше они удивились, когда прибывший император не сел на свое место, а взошел на верхнюю часть амвона – большой трехъярусной кафедры из многоцветного мрамора. Василий, одетый согласно должности, поднялся на среднюю часть, а один из его секретарей занял место на нижнем уровне и принялся зачитывать документ от лица императора: «Повелеваю, чтобы Василий, преданный мне главный министр, избавивший меня от всех врагов и пользующийся моей сильной привязанностью, стал защитником и правителем моей империи и чтобы все мы провозгласили его василевсом».
Василий добился своего. Он сумел возвыситься от подручного конюха до императора всего за девять лет.
Правда, совместное правление двух императоров продлилось всего шестнадцать месяцев, и все это время они занимались главным образом религиозными вопросами. Поскольку в Болгарию хлынуло еще большее число западных миссионеров, Фотий осознал, что толкнул Бориса в лагерь папы римского. Еще хуже было то, что эти миссионеры распространяли две опасные ереси. Одна из них была практически оскорблением, так как утверждала, что Константинопольский патриархат был не самым старшим, а самым новым и, следовательно, наименее почтенным из пяти. Вторая для серьезных теологов вроде Фотия выглядела еще хуже: это было учение, которое папа Николай впервые одобрил и которое стало краеугольным камнем противоречий между восточной и западной церквами – учение о двойном исхождении Святого Духа.
В ранние времена христианской веры считалось, что третья составная часть Троицы – Святой Дух – исходит напрямую от Бога Отца. Затем, к концу VI века, стало появляться роковое слово