В 1588 году, из Греции ехал в Москву цареградский патриарх Иеремия просить милостыни у богатого русского царя, которому за то вез икону с каплями Христовой крови. Турецкие султаны поступали с патриархами так точно, как и с молдавскими господарями: кто даст больше, тому и предпочтение. Султан Амурат III нашёл выгодным низложить Иеремию и сослать в отдаленный монастырь, а через пять лет нашёл выгодным возвратить его на патриарший престол. Вернувшись в Царьград, Иеремия застал соборную церковь уже мечетью; надобно было строить новую. Денег взять было в Турции неоткуда; он обратился к русским ресурсам. А дабы ничто не стесняло его в архипастырской практике, испросил у Сигизмунда III дозволение воспользоваться принадлежавшим ему правом суда и расправы над русским духовенством. Патриарх знал о беспорядках в церковном управлении на Руси и готовился сместить недостойного архипастыря, Онисифора Дивочку. Поводом к такому решению послужили, однакож, не столько проступки его в качестве иерарха, сколько открытие, что он, до своего посвящения, будучи мирянином, овдовел и женился опять; а церковными правилами возбранено было посвящать двоеженцев. Обнаружение рокового факта и смещение митрополита, по всей вероятности, не обошлось без иезуитов: они заготовили на этот важный пост своего кандидата. Львовские братчики радовались патриаршему суду, воображая, что, вместо Онисифора Дивочки, митрополия будет вверена более достойному пастырю; но выбор патриарха, к удивлению всех, остановился на минском архимандрите Михаиле Рогозе. Рогоза был иезуитский воспитанник. Дело устроено так искусно, что патриарх не опрашивал даже дворянства, которому принадлежало jus patronatus, то есть избрание достойнейшего в митрополиты, для представления на утверждение королю. Он удовлетворился только рекомендациею Скумина-Тишкевича, будущего противника унии, и еще нескольких панов, подготовленных к возведению минского архимандрита в высший духовный сан. Сидя по своим имениям, русские паны молчали, — те самые паны, которые, года три тому назад, принимали церковные дела так близко к сердцу.
Должно быть, уже и тогда о Михаиле Рогозе носились тревожные слухи. Благоразумный собиратель милостыни не стал противиться желанию дворян; но, при посвящении их избранника, выгородил себя следующими словами: «Если он достоин, то пусть будет по вашему слову достоин; но если он не достоин, а вы его представляете за достойного, то сами узрите, а я чист». Впрочем на патриарха могло сделать неприятное впечатление и то обстоятельство, что кандидат в такой высокий сан не представил ему праведной мзды за посвящение. Предчувствие не обмануло его. На возвратном пути из Москвы, он послал к Рогозе своего епископа, грека Дионисия, требовать у него 250 талеров. Дионисий увещевал Рогозу так: «Если бы твоя милость поехал сам к патриарху, то тебе стало бы дороже. Патриарх должен был содержаться на твоем хлебе, а потому справедливо возвратить ему издержки. У патриарха нет ни фольварков, ни сел, ни маетностей». Но Рогоза объявил, что не обязан ничего давать. Он рассудил, прибавляет, очевидно, с улыбкой, автор современного рассказа о деятелях унии, что теперь не нужно уже пастыря, когда он сам сделался пастырем». Вообще тогдашние духовные люди перестали уже смотреть на патриархов наивно, и толковали их суд и расправу так, что они ездят на Русь не для церковного благочиния, но «ради злата и сребра многа».
Тем не менее львовское братство сочло необходимым освободиться от местной духовной юрисдикции и испросило у патриарха грамоту, которой он подтвердил благословение антиохийского патриарха, данное в 1586 году. По этому благословению и по новому уставу, утвержденному Иеремиею, львовскому братству принадлежал надзор над благочинием и порядком всей русской церкви. Братчики обязаны были всюду наблюдать и следить за порядком церковного, религиозного и нравственного быта, все узнавать и обо всем доносить братству, которое имело право обличать не только священнослужителей перед епископом, но и самого епископа, если он ведет себя недостойно, в случае же его закоснелости, не признавать его власти и противиться ему, как врагу истины. Очевидно из этого, что братчики брали на себя восстановление падавшей русской церкви, в духе первых времен христианства. Но они не рассчитывали на одну инспекцию: в их среде были люди, понимавшие, что нравственность держится не страхом, а внутренними убеждениями, и что наука, прежде всего другого, должна спешить на помощь нравственности там, где она в опасности. Поэтому львовские братчики внесли в проект своего устава не только основание славяно-греческой школы, но право перепечатывания даже таких книг, как грамматика, риторика, пиитика и философия. Вслед за львовским, заведено было такое же братство в Вильне, а потом и во многих других литовско-русских городах.