Значение флота империи очень часто недооценивается. Его организация и постановка задач являлись результатом гражданской войны после убийства Цезаря, а особенно результатом горького урока, который извлек Октавиан из своей борьбы против Секста Помпея. Когда по этой причине в раннеавгустовское время построили большие главные базы флота империи в Мизене и Равенне, на передний план выдвинулись задачи обеспечения безопасности. В первую очередь это касалось того, чтобы защитить италийское побережье и обеспечить беспрепятственное судоходство. Мизенский флот должен при этом контролировать жизненно важные для столицы судоходство между Александрией и Путеолой, а также между Испанией, Северной Африкой и Остией. Многочисленные опорные базы своих главных флотов в западном и восточном Средиземноморье, в Центумцеллах, Карфагене, Эфесе, Пирее, Селевкии, Форуме Юлия — мы называем только важнейшие базы — свидетельствуют о радиусе их операций.
Численность флотов и их экипажей определить трудно. Флот в Мизене, по мнению X.Г.Штарра, ко времени Нерона состоял из 50 трирем и около 10 000 матросов. Экипажи были почти исключительно из свободных провинциалов; Тацит («История». 111,12,1) свидетельствует, что флот Равенны набирался преимущественно из далматов и паннонцев. Служба на флоте, впрочем, была предосудительна; засвидетельствованы замены наказаний переводом в гребцы. Жалование простых матросов соответствовало жалованию солдат вспомогательных групп; оно составляло треть жалования легионера. Ступенью выше, чем самая низшая и презираемая категория гребцов, стояли палубные матросы.
Функции капитана (триерарх) и командующего флотилией (наврарх) во времена Августа частично исполняли вольноотпущенники с греческого Востока, которые зарекомендовали себя знанием морского дела и лояльностью. Это были квалифицированные должности офицерской карьеры, и их получали иногда в молодые годы; рост от матроса до капитана был не принят. Тогда как число вольноотпущенников в руководстве кораблями и флотом при Клавдии возросло, и при Нероне они все еще могли достичь ранга капитана, при Веспасиане от этой практики отказались. Помимо того, со времен Августа было правилом, что командование флотом осуществляли префекты из всаднического сословия.
После наступлений флота на Севере при Друзе, 'Тиберии и Германике, после операций в Ла-Манше при Калигуле и Клавдии и немного позже осуществление операций на побережья Мавритании и Черного моря, еще долго не было сражений римского военного флота против внешних врагов. Однако роль флота во время критических фаз принципата при Клавдии, Нероне и особенно во время следующей гражданской войны становилась все важнее. Оказалось, что морские соединения были противовесом преторианцам и другим военным подразделениям Рима, единственным большим военным потенциалом, которым принцепсы могли сразу же воспользоваться в Италии. Следствием этого было то, что флот применяли в гражданской войне, что он грабил и терроризировал побережье, поэтому Веспасиану пришлось провести коренную реорганизацию.
Наряду с большими эскадрами, которые были сформированы из тяжелых трирем и подчинялись префектам, империя располагала также целым рядом так называемых провинциальных флотов с регионально ограниченными задачами. Они были образованы в связи с завоеванием или организацией новых провинций, чтобы охранять берега пограничных рек и гарантировать беспрепятственное судоходство. Поэтому префекты этих провинциальных флотов тесно сотрудничали с наместниками и были им непосредственно подчинены.
Александрийский флот при Августе сформировали из кораблей Клеопатры и Антония. Он должен был охранять не только дельту Нила и египетское побережье, но и побережье Ливии.
Германский флот восходил еще к Друзу Старшему, который его организовал в 12 г. до н.э. Его оперативный район включал Рейн, Шельду, Маас и его притоки Цундерзее и Нордзее. И в нем также можно было найти греков с востока Средиземноморья, о чем свидетельствует кёльнская надпись: «Здесь покоится Луций Октавий, сын Луция из Элеи, рулевой 58 лет, с 34 годами службы. Дионисий, сын Плестарха из Траллы, писарь, поставил надгробный памятник за его заслуги» (CIL XIII 8323). В Германском флоте префектом служил будущий принцепс Пертинакс.
Такой же престиж, как и Германский флот, имел созданный при Калигуле и Клавдии Британский флот, важнейший опорный пункт которого находился в Гезориаке (Булонь), одновременно у него были многочисленные стоянки на самом острове. В его обязанности входила защита побережья, а в течение I в.н.э. сопровождение походов в Британию и обеспечение связей между материком и провинцией.