Тот же принцип сопоставления эпизодов, словно свободно сменяющихся один за другим, а затем симфонико-драматического развития в финале лежит в основе драматургии второго акта оперы. Дон-Жуан и Лепорелло разыгрывают несчастную Эльвиру, кощунствуя над ее любовью (трио и прославленная серенада). Дон-Жуан, в костюме Лепорелло, разыгрывает Мазетто и избивает его. Церлина с кокетливой нежностью утешает мужа. Мстители обличают Лепорелло (секстет). Оттавио выражает свою верную любовь к Анне. Дон-Жуан вместе с Лепорелло, случайно попавшие на кладбище, оскорбляют старого Командора, приглашая его на ужин к Дон-Жуану (речитатив и дуэт). Наконец, Донна Анна выражает свою любовь к Оттавио и свою надежду на близкое возмездие (речитатив accompagnato и большая ария). Первый дуэт ссорящихся Дон-Жуана и Лепорелло, открывающий второе действие, носит в значительной мере буффонный характер: опять вступает в силу комедия. Серенада (канцонетта D-dur, Allegretto) Дон-Жуана представляет собой тонкое художественное претворение приемов бытовой музыки; простая и яркая мелодия сопровождается лишь пассажами мандолины и пиццикато струнных
Образ Церлины выступает как нежный, грациозный образ опоэтизированной субретки. Сцене на кладбище придан трагический смысл, хотя буффонада дрожащего Лепорелло отзывает фарсом. Командор — словно оракул: его ровная, бесстрастная партия поддерживается деревянными духовыми и тремя тромбонами — на общем фоне речитатива secco (Дон-Жуан и Лепорелло) это производит страшное и таинственное впечатление. Затем в дуэт Дон-Жуана и Лепорелло вторгается ответ Командора.
Финал второго акта много проще и короче, чем финал первого: там финал-столкновение, здесь — финал-развязка. Он начинается (Allegro vivace, D-dur) как яркое и сильное симфоническое Allegro, звучащее с большим подъемом. Вступительные фразы Дон-Жуана, готового к роковой встрече, раздаются словно первая, героическая тема. До появления Командора в финале участвуют Дон-Жуан, Лепорелло и позднее пришедшая Эльвира. После «героического» начала новый раздел (Allegretto, 6/8) носит буффонный и сугубо театральный, игровой характер. На сцене играет застольная музыка. Звучат популярные тогда мелодии из опер: «Редкая вещь» Мартин-и-Солера, «Между дв\'мя соперниками выигрывает третий» Сарти (Allegretto, F-dur, 3/4) и, наконец, «Мальчик резвый» из «Свадьбы Фигаро» (Moderato, B-dur, 4/4). Ha фоне этой музыки идет дуэтный диалог Дон-Жуана и Лепорелло: Дон-Жуан пирует, Лепорелло украдкой объедается. Когда вступает та или иная тема из оперы, они узнают и называют ее. А к мелодии из «Свадьбы Фигаро» они присоединяются в собственных репликах. Тут происходит первый перелом от комедии к драме: появляется Эльвира со страстными предостережениями (Allegro assai, B-dur). Дон-Жуан смеется над ней (трио). Она уходит. Издали слышится ее страшный крик. За ней следует Лепорелло — и еще ужаснее кричит за сценой. Безумное волнение Эльвиры и дикий ужас Лепорелло, встретивших «каменного гостя», то есть статую Командора, поддерживается бурной партией оркестра. Беспокойное ладотональное движение приводит к доминанте d-moll, но внезапно поворачивает в F-dur (возвращение трепещущего Лепорелло). Слышен стук в двери. Лепорелло мечется, Дон-Жуан смело открывает дверь. С приходом Командора (Andante) звучит музыка из вступления к увертюре (с добавлением трех тромбонов) и на фоне ее раздается голос статуи «Приглашенье твое я принял». Партия Командора резко отлична от партий действующих лиц: она торжественна и бесстрастна в своей неторопливости, в широких интонациях, как вещание оракула. Лепорелло трясется от страха. Дон-Жуан дерзновенен как всегда. Он отвечает согласием на приглашение Командора следовать за ним и решительно отказывается от покаяния. Лишь когда Командор произносит последние слова и вокруг из-под земли поднимается пламя, Дон-Жуан впервые испытывает ужас. Командор увлекает его в бездну. В музыке возникают реминисценции предыдущего, связанные с идеей возмездия — из интродукции (сцена дуэли), из «арии мести» Донны Анны. Развязка в d-moll завершается D-dur'ной кодой. Не только с точки зрения театральной, сценической, но в смысле симфонического развития драма здесь приходит к концу. Последующий ансамбль всех остальных действующих лиц на месте страшного происшествия представляется условной данью традиции. При жизни Моцарта в венской постановке он уже не исполнялся.
Развязка оперы и значение в ней идеи возмездия не заслоняют ни сильного воздействия ее светлых, ярко жизненных образов, ни ее комедийных, даже буффонных сторон. В целом комедия все-таки преобладает над трагедией и, оттененная серьезными образами и эмоциями, воспринимается еще острее. Тем не менее от оперы-буффа Моцарт в «Дон-Жуане» ушел довольно далеко, создав подлинную трагикомедию в музыкальном театре.