В соответствии с особой жанровой разновидностью музыкального театра «Волшебная флейта» имеет и свои особенности музыкальной драматургии. Напряженное симфонико-драматическое развитие по типу финалов «Дон-Жуана» или даже «Свадьбы Фигаро» для нее не так характерно. Опера ярких образов и неожиданных ситуаций, «Волшебная флейта» состоит из многих эпизодов, связь между которыми устанавливается не путем сплошного симфонического развития, а иными средствами и приемами, благодаря системе контрастов, яркой обрисовке характеров, выдержанности общей атмосферы действия. Не подробности фабулы, не драматическая интрига важны для музыки этой оперы. В музыкальной драматургии Моцарт выделяет прежде всего ее поэтические образы-характеры и ее отдельные ситуации, вызывающие сильнейшие чувства героев: разлука влюбленных, комические приключения Папагено, мстительные замыслы Царицы ночи, смешное коварство Моностатоса. В каждом эпизоде внимание композитора сосредоточено более всего на данной ситуации, на предельно ясной, четкой, тонкой ее передаче. Отсюда удивительная яркость, завершенность, лаконичность, даже портретность музыкальных образов-характеров. Сама тема сказки (а не драмы) и не требует ничего иного.
Основные образы «Волшебной флейты» возникали у Моцарта как удивительно органичные, «подготовленные» — и обобщенные, и характерные одновременно. Они как будто традиционны, имеют свою жанровую основу (порой даже просто в песне) и вместе с тем свежи, неожиданны, поэтичны. В обрисовке образов и ситуаций Моцарт словно не смешивает краски, а неизменно накладывает их как чистые, простые. По такому принципу возникают не только арии-характеристики, но и многие ансамбли «Волшебной флейты», которые однородны, внутренне не дифференцированы по партиям: три дамы в интродукции, трое мальчиков в финале первого акта, дуэт жрецов, терцет мальчиков, те же мальчики и дамы в финале второго акта. Не только в буффонном дуэте Папагено и Папагены, но даже в дуэте таких различных персонажей, как Памина и Папагено (первый акт) незаметна особая дифференциация партий. В ряде игровых, «разнородных» по составу ансамблей одна краска словно накладывается на другую, не смешиваясь с ней: так в квинтете из первого акта (который начинается мычанием «немого» Папагено в унисон с фаготом) трио дам в целом противостоит партиям Тамино и Папагено. В «однородных» по составу ансамблях Моцарт особенно приближается к прозрачному бытовому ансамблевому складу, что придает теплоту и ясность терцетам мальчиков и живую комедийность терцетам дам. В дуэте и хорах жрецов из второго акта, как и в партии Зарастро, заметно большое сходство с простым и довольно строгим гимнически-бытовым характером масонских песен Моцарта, их типичным диатонизмом, аккордовым многоголосием.
Почти все арии «Волшебной флейты» (за некоторым исключением чуть риторичных арий Зарастро) пользуются большой известностью, как арии-характеристики. По сгущенности, сконцентрированности тематизма, по лаконичности и интонационной меткости, по классической ясности формы они представляют собой высшее завершение моцартовского ариозного письма. В этом смысле арии «Волшебной флейты» наследуют ариям Дон-Жуана и Церлины, Фигаро и Керубино, Бельмонта и Педрилло. Тематизм этих арий очищен от всякой условности, прост, нередко носит песенный характер, лишен общих мест. Масштабы их чаще скромны, но каждый такт, каждая фраза наполнены ярким в своей характерности содержанием. Необычайная прозрачность склада, чистота мелодического рисунка соединяются в них с тонкой красочностью оркестрового сопровождения. Кларнеты в благородно-лирической арии Тамино, флейта-пикколо в остробуффонной арии Моностатоса, состязание с флейтой в блестящей «арии мести» Царицы ночи, флейта с гобоем в арии lamento Па-мины, глокеншпиль во второй арии Папагено создают каждый раз особый характерно-колористический, тембровый эффект.