Увертюра «Волшебной флейты» (Adagio — Allegro, Es-dur) с тонким вкусом и большой художественной смелостью соединяет традиционные приемы с новыми стилевыми чертами. Она опирается внешне на традиции французской увертюры или стариннейшей итальянской типа А. Скарлатти (медленное вступление и фугато), но нисколько не стесняет себя ими. Короткое вступительное Adagio звучит мощно и торжественно (флейты, гобои, кларнеты, фаготы, трубы, тромбоны, литавры). Allegro проводит живую, легкую, острую тему в фугированном изложении. Она заимствована Моцартом из сонаты М. Клементи, которую он слышал в авторском исполнении. По характеру она соответствует некоторым моцартовским образам веселого движения, буффонады (вплоть до арии Осмина из «Похищения»). Побочная партия выражена скромно и легко растворяется в общем движении увертюры. Свободное и остроумное фугато приводит к доминанте (B-dur); после трех мощных «возвещающих» аккордовых сигналов на трезвучии B-dur (Adagio) начинается новая, еще более свободная полифонно-гармоническая разработка той же первой темы Allegro, возвращающая тональное развитие к Es-dur.
В первом акте после интродукции, сталкивающей Тамино с чудовищным змеем, а затем с легкомысленными дамами из свиты Царицы ночи, действие разыгрывается по преимуществу в диалогах, тогда как музыкальные образы легко сменяются один другим. За характеристикой птицелова Папагено (ария G-dur) следует обрисовка Тамино (вдохновенная ария Es-dur), затем возникает волшебный образ Царицы ночи (речитатив и ария B-dur), и ряд ансамблей завершается финалом, представляющим как бы цепь небольших картин: Тамино и мальчики; Тамино, жрец и хор; монолог Тамино; Папагено и Памина; Моностатос и рабы; появление Зарастро. Эти картины возникают в определенной эмоциональной последовательности и ведут от сомнений, тоски, поисков и приключений — к свету и умиротворению.
Во втором акте блестящему чародейству Царицы ночи и комическому злодейству Моностатоса противостоит Зарастро с его царством разума, чистая скорбь Тамино и наивность Папагено, а легкомысленному терцету дам — чистый строгий терцет мальчиков. Добро и зло, волшебство и разум, ночь и свет здесь все время воплощают два основных начала жизни, с которыми связаны судьбы героев — и поэтических и буффонных. Но этот контраст далек от трагедии, он действует только в сказочных рамках. Большой финал второго акта в концентрированной форме проводит основную идею оперы как победу света и разума над мраком и злом, для которой понадобился подвиг-испытание поэтический и возвышенный у Тамино и трогательно-смешной у Папагено.
Финал этот как крупнейшая музыкальная композиция внутри оперы отличается значительной симфонической цельностью. Но план его развития имеет скорее колористически-образный и символико-сказочный, чем собственно драматический смысл. В этом отношении «Волшебная флейта» предвещает романтический вкус. Однако по композиционной стройности, по функциональному значению отдельных эпизодов красочный, сказочный финал «Волшебной флейты» следует классическому плану других моцартовских финалов, только превращая
Первый раздел финала (Andante, Es-dur): мальчики предвещают восход солнца и наступление мира и счастья на земле; они утешают скорбную Памину, которая хочет лишить себя жизни в разлуке с Тамино. Второй раздел (Adagio, c-moll) : мужественные воины беседуют с Тамино и обещают ему встречу с Паминой (Allegretto). Эта встреча происходит (Andante, F-dur). В торжественном марше (Adagio — Allegro, C-dur) Тамино и Памина, выдержавшие все испытания (огнем и водой), направляются в храм. Новый раздел финала проводит Папагено по такому же пути. Но в соответствии с его обликом все это носит комедийный характер. Папагено плачет по своей возлюбленной и хочет повеситься (Allegro, G-dur). Мальчики возвращают ему Папагену (Allegretto, C-dur). Комическая радость влюбленных выливается в уморительный буффонный дуэт (Allegro, G-dur). После этой буффонады происходит резкий «трагический» сдвиг (Più moderato, c-moll) : Царица ночи внезапно появляется со своими дамами и Моностатосом, готовясь отомстить Зарастро. Здесь выход «мстителей» (напомним о выходе замаскированных мстителей в финале первого акта «Дон-Жуана») кажется мягкой сказочной пародией на драму. Поднимается благодатная буря, рассеивающая мрак и сокрушающая скипетр Царицы ночи. Бурные пассажи оркестра, как полагается в кульминационных точках финалов, приводят к светлой и торжественной репризе Es-dur'a (Andante): появление Зарастро и торжественная кода с хором. Так Моцарт находит новую — сказочную, легкую — трактовку оперного финала, который он сам же симфонически драматизировал в «Дон-Жуане».