Как образ Ума, который является одновременно мышлением и бытием, Душу также можно рассматривать с двух сторон — онтологической и гносеологической. С точки зрения онтологии, главная задача Души — упорядочивание и организация чувственного материального мира. Именно поэтому Плотин отождествляет свою третью ипостась — Душу — с Мировой Душой Платона. Душа — это единая субстанция, но единство ее внешнее, она объединяет в себе различные формы — прежде всего пространство и время. Конечно, Душа далека от Единого и мощь ее уже не та, но тем не менее Душа тоже направляет свою деятельность вовне. А что есть вне Души? Да ничего. Можно сказать, что есть материя, но что такое материя? Материя есть противоположность форме (по Аристотелю) или идее (по Платону). Вот, скажем, Ум. Ум — это его идеи, вне Ума находится созданная им Душа. Поэтому, хотя по природе своей «Душа… является эйдосом… по отношению к высшему началу она может быть материей» (II, 5, 3). Материя в данном случае не вещество, а то, что противопоставляется идее. Кроме того, Ум есть истинное бытие, следовательно, по отношении к Уму Душа есть в некотором смысле небытие, т. е. материя. Но небытие Души относительно. Душа имеет в себе полученную от Ума способность творить, и она направляет свою деятельность вовне. Но вне Души нет никакого бытия. Душа имеет способность творить, поэтому она творит в небытии. Это небытие и называется материей в нашем понимании, как вещество. В отличие от материи, вещество — это уже оформленная материя, вещь — это материя, имеющая форму. Душа творит из небытия, творит в небытии. Но это не умаление Души. Для Плотина было огромной проблемой объяснить, каким образом Душа, имея божественную природу, соединяется с телом, имеющим такую природу, которой сам Плотин искренне стыдился. Конечно, Плотин часто повторяет платоновские слова, что тело есть могила души, что наш мир есть разукрашенный труп, но чаще он склоняется к своей собственной идее, что Душа в небытии творит. Она оформляет небытие, и тогда из него возникает чувственный мир. Этот чувственный мир есть единство небытия и Души, космос (κόσμος в переводе с греч. означает «красота», «порядок»), поэтому он прекрасен, поэтому он един, в нем есть добро и жизнь. В трактате V,1 Плотин подробно описывает эту порожденную Душой красоту космоса: «Душа, нисходя в эту громадную инертную массу, сообщает ей движение и жизнь и превращает ее в мир, который, вечно движимый ее разумной силой, стал живым вседовлеющим существом. Как бы поселившись в мире, наполнив его своими животворными силами, Душа придала ему смысл, ценность и красоту, между тем как без нее все это было бы мертво, земля да вода, или даже нечто еще худшее — темная бездна и небытие, — нечто такое, чего, как сказал поэт, ужасаются даже боги. Она распростерта по всей этой неизмеримой громаде и одушевляет все ее части — как великие, так и малые, — между тем как части эти находятся то там, то здесь, одни напротив друг друга, другие вместе, третьи — порознь. Душа же не разделяется и не раздробляется на части для того, чтобы оживлять каждую вещь в отдельности, но все оживляет, оставаясь целостной, неделимой, присутствуя во всяком месте нераздельно, и, таким образом, всегда остается подобной родившему ее Отцу (то есть Уму) как по единству, так и по универсальности. Вследствие этого как ни громадна вселенная и сколь ни велико в ней разнообразие, но всеобъемлющей силой Души она содержится в единстве, и весь этот мир благодаря Душе есть божество, как равно солнце и все звезды — божества, да, наконец, и мы, люди, по той же причине представляем собою нечто божественное» (V, 1, 2).
В Душе единство сохраняется, но это единство существует уже как объединение самостоятельных форм. Таким образом Плотин объединяет Платона и Аристотеля. Если на уровне Ума существуют идеи, то на уровне Души существуют формы — формы конкретных тел.
Душа получает от Ума не только способность созидать новый вид бытия, но и способность мышления. Конечно, мышление Души отличается от мышления Ума. Ум есть чистое, вечное мышление, познание бытия. В Душе мышление связано с чувственным миром, который оформляет Душа. Поэтому если на уровне Ума мысль существует всегда, поскольку Ум — это вечность, то в Душе, неразрывно связанной с чувственным миром, возникает время. Вечное мышление Ума Плотин называет