Тогда благосостояние монастыря настолько возросло, что он сам не раз приходил на помощь запорожскому Кошу в годину каких-либо бедствий, например губительного пожара в Сечи, лютой стужи зимой, когда сечевое товарищество нуждалось в строевом лесе на курени и зимовники и в дровах «на огревание от стужи зимы», или в критические моменты всего войска запорожского, когда нужно было «поддержать войсковую славу», прилично снабдить для дороги в Москву представителя войска, судью Николая Косалапа: в то время монастырь предоставил ему не только все необходимые для того средства, но и предложил собственную коляску, выписанную когда-то на счет войсковых сумм из Вены и подаренную «вельможным Кошем» монастырю. Наряду с материальной помощью Самарский монастырь оказывал в это самое время запорожскому войску и нравственную поддержку. Так, когда в 1767 году на Украине поднялся страшный гонитель ляхов и жидов, Максим Железняк, когда все Запорожье по этому поводу пришло в волнение и тревожное состояние, когда в самой обители явились тайные поджигатели народного восстания, тогда отцы и братия монастыря успели предохранить запорожцев от пагубного предприятия и успокоить их взволнованные умы. Так же точно действовала братия монастыря и в следующем году, когда в среду запорожского подданства проникли агенты польских конфедератов, стремившиеся поднять низовое товарищество, вместе с бывшим кошевым Филиппом Федоровым, проживавшим в монастыре, против русского правительства, встать на сторону Турции и перейти на жительство в Крым, под непосредственную протекцию султана. Тогда настоятель монастыря, иеромонах Самуил, велел схватить польского эмиссара и немедленно отправить его в Кош.
В это время приносили вред Самарскому монастырю и моровая язва, и неурожайные годы, и лютые зимы, и два страшных нашествия татар, 1769 года, под начальством Кал га-Султана; но все это без особенно больших несчастий пережила братия монастыря, и во время наставшей первой Русско-турецкой войны, при императрице Екатерине II, Самарский монастырь давал приют в своих стенах многим больным и раненым, а об убитых на войне иноках его возносил теплые молитвы у престола Божия; православная обитель не отказывала даже в своем гостеприимстве и пленным вратам-татарам, туркам и ногайцам. Настоятель монастыря, Иессей, заботился о мусульманах, как и о собственных собратьях по вере и Христу, а иеремонах Герман, ученейший и начитаннейший в слове Божием пастырь, беседовал с ними об истинной вере в Бога и многих из них обратил ко Христу. Два из этих прозелитов, инок Николай из турок и инок Георгий из татар, потом прославились своей благочестивой жизнью и заслужили себе всеобщую любовь кротким и тихим нравом: первого из них называли «прозорливцем» и «тайновидцем судеб Божиих», второго – «искусным врачом», исцелявшим с помощью целебных трав болезни и недуги людские.