Однако, возникнув так быстро и так скоро благоустроившись, Самарский Пустынно-Николаевский монастырь в течение XVII века испытал много внутренних и внешних бед и оттого много раз и внутренне, и внешне изменялся: во время наставших между Россией и Польшей войн, после присоединения Малороссии к России в 1654 году и даже после окончания этих войн в 1667 году Андрусовским перемирием, когда запорожские казаки очутились в двойной зависимости и от московского царя, и от польского короля, Самарско-Николаевский монастырь не раз был ограбляем и разоряем поляками и их союзниками, татарами и турками[805]
. Но в 1670 году московский царь Алексей Михайлович, по просьбе кошевого атамана Михаила Ханенка, особой грамотой выразил свое благоволение и готовность защищать запорожских казаков от их врагов и тем самым призвал к деятельности братию Самарско-Николаевского монастыря. Тогда юная обитель, благодаря усердию запорожцев и московских ратников, стоявших на границе русских владений и «союзно, братерски» помогавших казакам, скоро оправилась от постигших ее бед: обитель была возобновлена и в ней построена была новая церковь; тогда вместо воплей и стонов вновь раздалось радостное хвалебное пение и понеслась живая молитва к Богу. Но в самом конце XVII века на Самарско-Николаевский монастырь вновь обрушились беды: в 1688 году его посетил русский князь Василий Васильевич Голицын; сделав здесь небольшой вклад «в пятнадцать рублев», князь Голицын, ввиду наступательных действий России на Крым, построил, по общему совету с гетманом Иваном Мазепой, близ монастыря в Старой Самаре так называемую Новобогородицкую крепость. Запорожские казаки, видя в этом стеснение своих казацких прав, вместе с братией Самарского монастыря открыто высказали свое негодование и против Мазепы, и против Голицына. Так как недовольство прежде всего вышло из Самарско-Николаевского монастыря, то князь Голицын поступил с братией его как с бунтовщиками и крамольниками; русские войска «облегли великим облежанием» монастырь, забрали многих иноков его и подвергли их пыткам и истязаниям. В то же время гетман Мазепа готовился жестоко отомстить запорожцам, но в 1690 году в окрестностях Самарского монастыря открылось страшное моровое поветрие, так называемая «наглая смерть», а вслед за тем все Запорожье подверглось ужаснейшему опустошению со стороны губительной саранчи. Это спасло запорожцев от гнева рассвирепевшего Мазепы; зато это же обстоятельство, в связи с бездеятельностью управлявших около того времени начальников монастыря, Алимпия, Созонта и Кессария, губительно подействовало на состояние Самарско-Николаевской обители: кельи ее вновь остались без жильцов, церкви без богослужения, поселки почти без жителей.В начале XVIII века, после злосчастного для запорожских казаков 1709 года и после ухода их из родных мест «на поля татарские, кочевья агарянские», Самарско-Николаевский монастырь испытал такия бедствия, каких ни раньше, ни после не испытывал: запорожцы, покидая родные места, часть монастырского добра сожгли, часть забрали с собой, а самую обитель поручили в управление архимандриту Азовско-Предтеченского монастыря, Иосифу.