Келлерман принадлежал к воинам, созданным более для того, чтобы предводительствовать солдатами, чем вмешиваться в споры партий, охотно становившимся вождями войск республики, но не исполнителями ее жестокостей.
Прозвище Южного Мария приводило его в содрогание. Он выжидал, пробовал вступить в переговоры, несколько раз обращался к лионцам с требованием смириться. Все оказалось бесполезным. Лион ответил ему условиями, предписывавшими Конвенту отречься от 31 мая, отменить все меры, принятые с этого дня, восстановить в должности жирондистских депутатов и осудить самого себя.
Осаждающая армия заняла свою позицию в первых числах августа. Она разделилась на два лагеря. Лагерь у Гильотьера, состоявший из десяти тысяч человек с сильной артиллерией, под командованием генерала Вобуа тянулся вдоль Роны и преграждал лионцам путь в Дофине, Савойю и к Альпам. Миребельский лагерь, расположенный с северной стороны Роны и до Соны, угрожал предместью Круа-Русс.
По мере того как осаждающие колонны переходили на свои позиции, они заставляли войска Преси искать защиты в укрепленных постах, за редутами или городскими валами. Таким образом Преси приучал к войне свою подвижную армию, насчитывавшую около 10 тысяч сражающихся. Он образовал из этого наемного войска и из юных волонтеров ядро для внутренней охраны города. Воодушевленные идеей защиты своего дела, страстно преданные своему генералу, эти молодые люди, почти все роялисты, стали армией героев. С ними-то Преси и совершил чудеса храбрости, сдерживая в течение более чем двух месяцев — среди колеблющегося, возмущенного и голодного населения — натиск всей Франции.
Бомбардировка началась 10 августа, в день, имевший для республики счастливое предзнаменование. Батареи Келлермана и Вобуа в течение восемнадцати часов непрерывно осыпали город раскаленными ядрами и разрывными бомбами. Вероломные знаки, сделанные ночью друзьями Шалье, обозначали кварталы и дома, которые надлежало сжечь. Таким образом, ядрам была намечена цель, а бомбы почти всегда разрывались на улицах, на площадях или над домами врагов республики. В эти зловещие ночи роскошная набережная Сен-Клер, площадь Белькур, порт Тампль, улица Мерсьер раз триста загорались от падавших и взрывавшихся снарядов. Население города решилось до последней капли крови защищать его укрепления. После того как жители пожертвовали своим очагом, имуществом, кровом, богатством, немногого стоило пожертвовать своей жизнью. Как только бомба описывала кривую над улицей или крышей, они бросались не бежать, а тушить ее, вырывая фитиль. Если это им удавалось, они относили ее на городские батареи, чтобы отправить обратно неприятелю. Все городское население разделилось на две части, одна из которых сражалась на укреплениях, а другая тушила пожары, приносила на аванпосты боевые припасы и продовольствие, переносила раненых в госпитали, перевязывала раны и хоронила мертвых. В национальной гвардии, находившейся под командой Мадинье, насчитывалось тридцать шесть тысяч штыков. Она обуздывала якобинцев, обезоруживала клубистов, заставляла исполнять требования народной комиссии и отправляла на наиболее опасные посты многочисленные отряды волонтеров.
Якобинцы, обезоруженные, находившиеся под надзором, скрывались в предместьях, бежали в республиканские лагеря и делали тщетные попытки составить новые заговоры. В ночь с 24 на 25 августа, во время смятения, вызванного бомбардировкой площади Белькур, какая-то женщина подожгла арсенал, и огромное здание на берегу Соны на окраине города было уничтожено. В эту ночь пропали тысячи килограммов боевых припасов и восстание было почти подавлено; но это событие не лишило лионцев мужества. Восставшие числом три тысячи человек под заревом пожара сделали вылазку и отбросили республиканские войска с высот Сент-Фуа.
Бомбардировка, хотя и производила разрушения, но не наносила крепости существенного вреда. Конвент делал Келлерману постоянные выговоры. Сардинцы воспользовались его отсутствием, чтобы снова занять Савойю. Келлерман, под предлогом необходимости своего присутствия в Альпийской армии, просил о переводе его из Лиона. Комитет общественной безопасности назначил на место Келлермана генерала Доппе. В ожидании его прибытия в лагерь командование было вверено Дюбуа-Крансе.
Благородный, но изменивший королевской власти, Дюбуа-Крансе хотел сокрушить Лион как республиканец. В следующую же ночь, под прикрытием страшного огня со всех своих батарей, Дюбуа-Крансе двинулся на редуты осажденных, прикрывавшие мосты Улен и Мюлатьер. Он взял их штурмом, прежде чем триста лионцев, защищавших мосты, успели взорвать их. Высотами Сен-Фуа он овладел благодаря измене. Караульный капрал главного редута в ночь на 27 сентября поставил передового часового на такое место, откуда ничего нельзя было различить, а сам дошел до республиканских постов и сообщил пароль осажденных. При помощи этого пароля республиканцы проникли в редут и убили часовых.