25 июня фактически советский Западный фронт перестал существовать, когда танковые клинья группы армий «Центр» разорвали советскую оборону в нескольких местах. Летчики Stab II. III./JG 27 и III./JG 53 с трудом поспевали за наступающими частями. Так, 24-го числа большинство немецких истребителей на этом направлении было перебазировано на большой аэродром Вильнюс.
В воздухе по прежнему советские бомбардировщики предпринимали самоубийственные атаки без истребительного прикрытия группами по 10-20 СБ и ДБ-3. В этот день немецкие летчики, летавшие с Вильнюса, сбили 54 бомбардировщика, потеряв единственный Bf 109. Из этого количества побед на счет Stab и III./JG 53 пошли 30 побед (лучший летчик дня – майор Гюнтер фон Мальтзах – четыре победы), II./JG 27 – 24 победы (лейтенант Густав Ланганке – семь побед). На юге JG 51 заявила о 68 сбитых СБ, шесть из которых пошли на счет обер-лейтенант Ганса Кольбова. Подготовка советских стрелков была не на высоте, поэтому на их счет пошли буквально считанные сбитые «мессеры», остальные были списаны на небоевые потери. Так, 24 и 25 июня из состава JG 51 по разным причинам были списаны 18 Bf 109.
Однако напряженность первых дней войны очень скоро стала сказываться на боеготовности истребительных частей – из тыла просто не успевали подвозить запасные части и вскоре даже из-за незначительной поломки самолеты были прикованы к земле. Уже после недели боев на Восточном фронте количество боеготовых самолетов в составе 1,2 и 4 ВФ уменьшилось с 1939 до 960. И на фоне того, что германская авиапромышленность лишь незначительно увеличила выпуск боевых самолетов – так, если в первой половине 1941 года в месяц выпускалось 156 самолетов, то во второй – всего 243. Это является ярким свидетельством того, что Германия фактически была не готова к войне на два и более фронтов и нападение на СССР было авантюрой.
Еще более тяжелая ситуация была в советских ВВС. Потери были просто ужасающими – так, для ударов по наступающим частям Вермахта были привлечены экипажи дальнебомбардировочной авиации, однако экипажи без истребительного прикрытия были фактически обречены. Так, только за 26 июня ДБА потеряла 43 ДБ-3. А с быстрой оккупацией Минска фактически ВВС Западного фронта были уничтожены. В условиях окружения примерно 400-тысячной группировки советское командование 26-го числа бросило последние резервы в район немецкого моста через реку Березина в районе Бобруйска. Главной ударной силой были оставшиеся в строю бомбардировщики. Первыми их встретили зенитчики из Flakregiment 10, а затем в бой вступили Bf 109 из JG 51, которые за шесть минут смогли сбить 22 советских бомбардировщика, которые пытались атаковать аэродром базирования эскадры. Всего за этот день летчики эскадры заявили о 113 победах при собственных пяти потерях. В этот день Мёльдерс довел счет своих побед до 82, а гауптман Герман-Фридрих Попиненн – до 52-х. Этот день был примечателен и тем, что впервые счет побед JG 51 перевалил за 1000. причем 400 побед были одержаны на Восточном фронте после 22 июня.
Похожие события разворачивались над группой армией «Север» в последние дни июня, когда Красная Армия не смогла противодействовать переправе частей 4-й танковой группы через Даугаву. Как и в Беларуси бомбардировщики СБ и ДБ-3 безуспешно пытались бомбить мосты, что привело только к катастрофическим потерям. Так, летчики JG 54 записали себе 65 сбитых бомбардировщика (реально 43) при потере пяти самолетов и двух летчиков.