Проектирование и постройка первого опытного самолета чем-то напоминали гонку. В феврале XF-104 был представлен на летные испытания по I и II категориям ВВС США. Самолет был неподражаем – длинный нос, очень тонкое крыло со стреловидностью по передней кромке, стабилизатор на киле. Сначала были подлеты. Впервые самолет оторвался от земли 27 февраля 1954 г. 4 марта состоялся первый настоящий полет под управлением А.В.Левира. В воздухе его сопровождал "Старфайер" F-94C. Первоначально испытания проводились "Локхидом", а потом самолет был передан ВВС. Во время первых двух полетов шасси отказывалось убираться, давление топлива в системе питания двигателя оказалось недостаточным, но более серьезным недостатком оказалась малая тяга двигателя. Турбореактивный XJ65FW-67 представлял собой вариант английского "Сапфира", адаптированного на "Кертисс-Райте". Тяга на форсаже была только 4675 кг – много меньше 6720 кг первоначально запланированного J79. Уже во время испытаний XF-104 получил более мощный вариант – J65, но это мало помогло: летные данные были заметно меньше расчетных. Максимальная скорость составила М-1,79. Тем не менее самолет был самым скоростным среди "сотой серии", и это позволило в октябре получить заказ на семнадцать YF-104A, предназначенных для войсковых испытаний. При этом рекомендовалось в максимально сжатые сроки поставить на истребитель J79.
"…переключатель на позиции "старт". На 10% мощности – полный газ, потом РУД вновь назад. Тяга растет – 20, 30, 40%. В этот момент отключается внешнее питание, стартер переключается на "стоп". Пока идет прогон двигателя командир проверяет гидравлику, рули, закрылки, воздушные тормоза, обогрев трубки Пито, затем убирает закрылки и убирают воздушные тормоза…"
Первый YF-104A поступил в ВВС в феврале 1956 г. Самолеты войсковой серии заметно отличались от предшественника. Длина возросла до 16,7 м, двигатель установили J79-GE-3A "Дженерал Электрик" тягой 6710 кг, воздухозаборники получили центральное тело, под фюзеляжем был установлен дополнительный киль, была использована и система сдува пограничного слоя. Первый самолет YF-104 (№ 55-2955) был выведен из цеха 16 февраля 1956 г. ВВС считали, что форма центрального тела воздухозаборника – большой секрет, и их прикрыли листами металла – своеобразный летный камуфляж. 27 апреля 1955 г первый самолет достиг скорости больше М=2, став первым в клубе "Двух Махов".
Все семнадцать YF-104A использовались "Локхидом" и ВВС для испытания различных систем F-104, включая встроенную пушку "Дженерал Электрик" М.61 "Вулкан" и пусковые ракет "Сайдуиндер" AIM-9A на концах крыльев. Испытания выявили целый ряд сложностей: управляемость на малых скоростях была плохой; осложнения были с компрессором двигателя; тяжело доводилось катапультируемое вниз кресло – его выбрали как наиболее простое и легкое. Много времени потребовалось, чтобы решить проблему сброса топливных баков с законцовок крыла – они все норовили удариться о фюзеляж. Пушка "Вулкан" оказалась ненадежной. Одно из испытаний было проведено вполне в духе времени – зимой 1957 г F-104, стартовавший с авиабазы Эглин, пролетел 950 км и, пройдя над полигоном на максимальной скорости, сбросил макет атомной бомбы, после чего вернулся на базу.
Почти сразу за готовностью последнего YF-104 со сборочной линии стали сходить и первые серийные F-104A, которые использовались для испытаний с полным вооружением и оборудованием. На истребитель был установлен локатор AN/ASG-14TI, благодаря чему бы стал "ограничено" всепогодным. После завершения испытаний F-104A все YF- 104 были доработаны по стандарту первых и поставлены в войска.
F-104 представлял собой классический средне- план с прямым трапецевидным крылом с углом стреловидности 18°, удлинением 2,45 и отрицательным поперечным V 10°. Крыло было по всему размаху оснащено носовыми щитками и расположенными в околофюзеляжной части выдвижными закрылками со сдувом пограничного слоя. В нейтральном положении носовые щитки были отклонены под углом 2°, во время взлета и маневрирования под углом 15°, а при посадке – 30°. Выдвижные закрылки во время взлета отклонялись на 15°, при отклонении на больший угол включалась система сдува пограничного слоя.
Система управления имела классическую схему и оснащалась электронным автоматом стабилизации динамики полета относительно всех трех осей. Управление имело необратимые бустеры. В случае прекращения работы двигателя функционирование бустеров обеспечивалось вспомогательной воздушной турбиной, выпускаемой из фюзеляжа в воздушный поток.