Со временем иудейское царство Хасмонеев само превратилось в государство эллинистического типа, что неизбежно влекло за собой внутренний религиозный конфликт. Сильную оппозицию вызывали прежде всего претензии царей династии Хасмонеев на должность первосвященника Храма. Однако претензии Хасмонеев формально были нарушением традиции, поскольку они хотя и принадлежали по происхождению к левитам, все же не были урожденными когенами, то есть высшей частью священничества. К этому надо добавить, что Хасмонеи не принадлежали и к династии Давида. Обострявшееся противостояние приняло религиозные формы, и на пороге новой эры среди приверженцев Моисеева Закона возникают три главных религиозных движения эпохи — саддукеи, фарисеи и ессеи.
Саддукеи были выразителями интересов высших классов иудейского общества — членов правящей династии, высшей духовной и светской аристократии, богатых землевладельцев. Весьма часто представили этой элиты были связаны друг с другом тесными семейными узами. Их название восходит к имени первосвященника времени царя Соломона — Садока (Цадок). Саддукеи утверждали, что законы ритуальной чистоты относятся только к Храму и его священникам. Можно заключить, что тем самым они подчеркивали свой аристократизм. Они отрицали идеи посмертного воздаяния и бессмертия души. Их рационализм доходил до того, что они не верили в представление об ангелах как о сверхъестественных существах. Вера в свободу воли человека доходила до признания отсутствия участия Бога в человеческих делах. Однако саддукеи никогда не покушались на авторитет Священного Писания, и их эллинизм носил поверхностный характер.
Противниками саддукеев были опиравшиеся на настроения основной части народа фарисеи. Это наименование происходит от еврейского слова «перушим» — «отделенные». Оно связано, вероятно, с их стремлением к строгому соблюдению законов иудаизма, в том числе пищевых и ритуальных. В отличие от саддукеев фарисеи представляли широкие низшие слои населения Иудеи, и, конечно, они гораздо теснее были связаны с иудейской традицией. Для них святы были только положения Торы и Танаха. В сложных случаях они руководствовались «поучениями отцов», которые впоследствии составили то, что стали называть Устной Торой. Они в противоположность саддукеям верили в бессмертие души (в форме воскресения из мертвых) и воздаяние после смерти. Верили фарисеи и в ангелов, и в нераздельность свободы воли человека и Божьего предопределения.
Третьим важным движением в иудействе хасмонейского периода были ессеи. Об истории, а также идеологии этого движения известно не только из отрывочных сообщений античных авторов. Много света на эти вопросы пролили находки рукописей общины Кумрана в пещерах у Мертвого моря. Как указывает ведущий исследователь этой проблемы профессор И. Р. Тантлевский, ессейское движение, как и фарисейское, восходит к антиэллинистиче- скому движению повстанцев Маккавеев. Кумраниты рассматривали свою общину как духовное «святилище человеческое», резко противостоящее оскверненному, по их мнению, Храму. В этой общине господствовал имущественный эгалитаризм, вплоть до полного отказа даже от намека на личную собственность. Кумраниты полагали, что только под водительством Мессии — царя из рода Давида — и при поддержке небесных сил возможны военные действия против врагов Израиля и установление истинного царства Божия. Члены общины верили во всеобщее воскресение из мертвых, которое, как они ожидали, произойдет еще при их жизни. В результате неправого суда в Иерусалиме при правлении царя Иоанна Гиркана в 137/136 гг. до н. э. был казнен их духовный вождь — «Учитель праведности». После этого они отождествили своего Учителя с последним израильским пророком, которому дано преодолеть противостояние между порядками в мирах земных и духовных. Со временем возникает представление, что Учитель праведности в качестве Мессии своей мученической смертью искупил грехи всего человечества. Более того, при втором его явлении произойдет воскресение умерших, он покарает нечестивцев и утвердит на земле Царство Божие.
У ессеев гораздо сильнее, чем у фарисеев, выражена враждебность к существующим в Хасмонейском царстве не только светским, но и религиозным порядкам. Более того, хотя они утверждали, что праведности личности служит отход от собственности, нищета, безвестность, смирение, но периодически они занимали активную общественно-политическую позицию вплоть до участия в битвах гражданской войны, а позднее — в Великом восстании против римлян в 66-73 гг. н. э.