Поскольку ессеи самоустранились от участия в активной жизни общества, публичная политика в масштабах государства велась саддукеями и фарисеями. Их вожди встречались на заседаниях своего рода государственного совета — Синедриона, происходивших в одном из помещений Иерусалимского Храма. Сложилась традиция обсуждать в этом совете наиболее важные государственные дела, издавать законы и разбирать наиболее важные судебные дела. Как и прежде, учреждение состояло из 70 мудрецов во главе с председателем, и в нем были представлены как саддукеи, так и фарисеи. Первоначально Хасмонеи, несомненно, сохраняли тенденцию идеологической близости с народными движениями. Однако по мере укрепления царской власти и усиления эллинистических тенденций в кругу царского двора влияние саддукеев усилилось, разумеется, за счет уменьшения влияния фарисеев.
При царе Александре Яннае дело дошло до восстания и гражданской войны сторонников фарисеев против царя, которая продолжалась почти 6 лет (90-85 гг. до н. э.). В ходе этой войны пало около 50 тыс. иудеев, причем против Александра выступили даже ессеи. Это весьма важный знак, поскольку ессеи отрицательно относились и к фарисеям, именуя их в своих текстах «толкователи скользкого». С огромным трудом царю удалось справиться с повстанцами и сирийцами. Расправа царя с побежденными была исключительно жестокой. Одним их примеров этого может служить распятие перед пирующим царем 800 фарисеев. Тогда ессеи в страхе бежали из Иерусалима в Иудейскую пустыню, где и основали поселение Хирбет-Кумран.
После смерти Александра, при недолгом правлении его вдовы Саломеи Александры (Шломцион) (76-67 гг. до н. э.), положение фарисеев снова укрепилось и наступил кратковременный период долгожданного мира. После смерти царицы гражданская война вспыхнула с новой силой. Но теперь она приняла форму династического спора между двумя братьями-наследниками: сыновьями Александра и Саломеи Гирканом и Аристобулом. Гиркана поддерживал народ, а на стороне Аристобула были высшие священнослужители, то есть опять фарисеи выступали против саддукеев. Внутренние конфликты привели к тому, что в них вмешались римляне, и Иудея в 63 г. до н. э. перестала существовать как самостоятельное государство и была превращена в римскую провинцию, управляемую наместниками-прокураторами.
Включение иудеев в обширную многонациональную римскую державу способствовало их массовому расселению по всему Средиземноморью и ознакомлению других народов с идеями их религии. О широком расселении иудеев в Средиземноморье в I в. до н. э. существует обширная литература и многочисленные исследования. Достаточно указать, что города, где были влиятельные иудейские общины, одновременно являлись главными культурными и политическими центрами — Александрия Египетская, Милет, Эфес, Фессалоники, Коринф и, конечно, сам Рим. В социальном отношении положение иудеев в тогдашней диаспоре не отличалось от окружающего населения. Помимо священников, в Палестине не было ни одного класса, который не существовал бы у иудеев в диаспоре: военачальники, солдаты, полицейские, чиновники, откупщики, землевладельцы, сельскохозяйственные рабочие, рабы, ремесленники, торговцы, ростовщики и, несомненно, представители свободных профессий, такие как врачи, писцы и т. д.
Одной из причин, способствовавших столь быстрому росту численности и, главное, влияния иудейских общин Средиземноморья в этот период, был, конечно, прозелитизм. Иудеи не ограничивались замкнутостью своих общин, но, напротив, активно занимались распространением своей веры, привлекая соседей-язычников к культу Невидимого Бога.
Другим важным источником пополнения иудейских общин был отпуск на волю рабов хозяевами-иудеями. Об этом свидетельствуют и мраморные стелы, найденные, в частности, в Северном Причерноморье, с вырезанными на них документами об освобождении рабов под покровительство иудейских общин. Судя по именам освобождаемых, они принадлежали к местным племенам.
Следует отметить еще один немаловажный источник пополнения иудейских общин — смешанные браки, то есть браки между иудеями-мужчинами и местными женщинами из языческих народов, среди которых иудеи жили, и, возможно, в меньшей степени между иудейками и мужчинами из язычников.
Однако сколь бы ни были значительны результаты иудейского прозелитизма, надо признать справедливыми выводы современной исследовательницы И. А. Левинской, которая считает, что иудейский мир тогдашней диаспоры состоял из трех групп: евреев, прозелитов и квазипрозелитов. К последним относятся все люди, «чтущие Бога Высочайшего». Этот культ был широко распространен по всему Средиземноморью в эллинистическое и особенно в римское время. Некоторых из этих людей от иудаизма отделял лишь один шаг, другие лишь добавили Бога иудеев к своему пантеону.