Месопотамия, которая оказалась под властью халифов в VII в. и называлась теперь Ираком, оставалась главным центром иудаизма. При мусульманских правителях главы академий Суры и Пумбедиты получили особый титул гаоны (сановники, высочества). Хотя эксиларх по-прежнему был верховным представителем иудеев перед халифом и, обладая верховной судебной властью над иудеями, вел княжеский образ жизни, религиозной властью обладали гаоны. Постепенно они стали носителями Божественного учения всех иудейских общин завоеванных арабами стран, то есть всего тогдашнего культурного мира. Посланники гаонов посещали самые отдаленные страны халифата, распространяя талмудические предписания и отвечая на запросы верующих относительно насущных религиозных и юридических проблем. Таким образом происходило распространение Талмуда по всему огромному пространству халифата, вплоть до границ варварской тогда Западной Европы. Совместно с гаонами работали верховный судья, семь ведущих учителей академий, а также особый совет из 100 мудрецов, образовывавших подобие прежнего Синедриона. Гаоны не только сохраняли традиции прежней учености, но продолжили религиозную традицию собственными сочинениями. В этом смысле особое значение имеют сохранившиеся сборники респонсов (письменных ответов) гаонов на запросы общин по различным проблемам религиозной и общественной жизни. Эти запросы касались как чисто религиозных обрядов, так и гражданского права, бракоразводных дел, общинного самоуправления. В IX в. появляется первый словарь слов Талмуда «Арух», составленный гаоном Це- махом, и первый иудейский молитвенник «Сидур Амрама», ставший прообразом современных молитвенников.
Однако распространение и укрепление авторитета гаонов и Талмуда встретило в VIII в. серьезную оппозицию. Раскол произошел уже во времена правления династии Аббасидов, когда столицей халифата стал Багдад. Основателем антиталмудического движения стал Анан бен Давид, племянник эксиларха Соломона. Анан, отказавшийся признать власть нового эксиларха, был арестован и заключен в тюрьму как мятежник. Согласно преданию, он спасся, заявив властям, что является основателем новой монотеистической религии. После освобождения Анан покинул Ирак и переселился в Иерусалим, где, как сообщает предание, он основал свою синагогу и общину.
Свое вероучение Анан изложил в Книге Законов
Последователи Анана называли себя «караим» (по-еврейски — чтецы), другое их название «бне-микра» («сыны Писания»). Караимы ввели более строгие правила соблюдения религиозных ограничений и постов. Они усилили запреты во время празднования субботы настолько, что не зажигали огня, не употребляли горячей пищи в субботу и даже старались не выходить из дома. Запрет работать в этот день они сделали настолько жестким, что отказывались в субботу помогать тяжело больным (правда, позднее эти запреты были смягчены). Караимы вернулись к прежнему способу определения новолуния по непосредственному наблюдению. Праздник Шавуот (Пятидесятница) они празднуют, как и саддукеи, на пятидесятый день от первой пасхальной субботы, то есть обязательно в воскресенье. Пасхальную мацу — хлеб бедности — они пекут только из ячменной муки. Праздник Ханука они отменили вообще, поскольку о нем ничего не сказано в Танахе. Пост по случаю разрушения Храма они перенесли с 9 ава на 10. Они исключили ношение ритуальных ремней — тфиллин во время молитв. Что касается пищевых запретов, то, хотя караимы сохранили и ужесточили правила ритуального забоя скота, они в известных случаях разрешали употреблять одновременно мясную и молочную пищу, что иудеям запрещено. В богослужении они отменили многие молитвы и стали использовать свои. В брачных законах караимы пошли на запрещение браков даже между дальними родственниками.