Во второй половине апреля "Штуки" приступили к действиям над территорией Греции. Первой задачей вермахта был прорыв так называемой "Линии Метаксаса" — укрепленного района, построенного в горных районах северной части страны. Одним из узлов обороны была так называемая "Горная крепость", и значительная роль в ее взятии была отведена пикировщикам 2-й эскадры. Немецкий военный корреспондент, участвовавший в одном из полетов в роли стрелка-радиста, писал: "Пришла наша очередь взлетать. Поскольку мы быстро набирали высоту, теперь я видел позади себя лишь быстро двигающиеся по аэродрому маленькие полоски, за которыми тянулись длинные пыльные шлейфы. Они быстро поднимались вслед за нами и выглядели словно темные рыбы, плывущие сквозь утренний туман. Собравшись в боевой порядок, мы продолжаем набирать высоту. Вскоре перед нами горы Македонии, и мы берем курс на "Горную крепость". Вверх поднимаются длинные столбы серо-синего дыма, и ветер относит его в северном направлении. На вражеских позициях большие вспышки огня, в тиковом лесу на склоне гор ярко-красная стена пламени… Через секунду самолет уже стоял на носу, а его хвост указывал в синее небо. Перед нами, занимая все лобовое стекло и каждую секунду все больше увеличиваясь в размерах, — "Горная крепость"! Мы падаем вниз к небольшим серым квадратам. Это, должно быть, бункеры. Крылья самолета вибрируют, издавая высокие звуки. Все мое тело дрожало, а уши были заполнены свистом и ревом. Внезапно сильный толчок, и я почувствовал, как кровь начала приливать к голове — это пилот начал выводить самолет из пике. Наши бомбы летят к своей цели. Мы были уже в нескольких сотнях метров, когда они взорвались между бункерами, подняв в воздух огромные фонтаны из земли и осколков". В конечном счете "Линию Метаксаса" удалось захватить благодаря фланговому обходу.
"Корабли в порту и в море. Города и деревни, особенно на пересечении важнейших дорог. Транспортные колонны, железные дороги, мосты. Зенитные батареи, прикрывающие аэродромы, штабы, артиллерия. Отдельные танки и автомобили, группы войск и укрепления", — перечислял объекты атак немецких пикировщиков в своем рапорте британский командующий генерал Уэйвелл. 20–23 апреля они потопили в гавани Саламина старый греческий линкор "Килкис" и эсминец "Василеве Георгиос". В Коринфском заливе в эти же дни было потоплено 23 греческих и британских корабля. 27 апреля германские войска вошли в Афины. К этому моменту британское командование осознало всю бесперспективность ситуации и приняло решение о своевременной эвакуации своих подразделений в Египет и на Крит. В общем и целом начиная с 24 апреля удалось вывести 51 тысячу человек, или 80 % переброшенных в Грецию сил. Платой за этот успех стали значительные потери в кораблях. В первый же день эвакуации "Штуками" были отправлены на дно три транспорта, на следующий день — еще один. 27 апреля были серьезно повреждены три транспорта, потоплены два госпитальных судна и яхта. Кроме того, были отправлены на дно эсминцы "Даймонд" и "Райнек". 26 апреля "Штуки" нанесли мощные удары по позициям греческих войск, прикрывавших стратегически важный мост через Коринфский канал, однако захватить мост в неповрежденном состоянии все равно не удалось.
К началу мая вермахт удерживал под своим контролем всю материковую Грецию. В ходе этих боев было потеряно всего 29 пикировщиков. Предстояло решить сложный вопрос относительно дальнейших операций. С одной стороны, находившиеся на Балканах силы были настоятельно необходимы для предстоявшего вскоре нападения на Советский Союз. С другой — Гитлер всерьез опасался, что Крит может быть использован британцами в качестве "непотопляемого авианосца", откуда они смогут контролировать восточное Средиземноморье, а также наносить удары по нефтяным месторождениям Румынии и другим стратегически важным объектам на юго-востоке Европы. В связи с этим было принято решение быстрым ударом захватить остров, не дав противнику возможности организовать его оборону.
Исходное положение в середине мая характеризовалось двумя ключевыми чертами: господством британского флота на море и германской авиации — в воздухе. Корабли Каннингхема контролировали морские просторы к северу от Крита, однако их истребительное прикрытие оставляло желать лучшего. В распоряжении британцев находилась горстка истребителей на критских аэродромах, таявшая на глазах, и самолеты единственного авианосца "Формидебл". Противостоявший им 8-й авиакорпус Рихтхофена насчитывал в своих рядах более 600 самолетов, в том числе около 150 пикирующих бомбардировщиков. Насколько страшным противником могут быть "Штуки", британские моряки уже почувствовали на собственной шкуре.