Прототип V4 — кроме черных букв D-UBIP — имел на вертикальном киле красную полосу с белым кругом, куда была вписана черная свастика. Этот знак, как один из символов государственной принадлежности воздушного судна, был нанесен позднее на прототипы V2 и, вероятно, V3. Серийные экземпляры версии Ju 87 А окрашивались по верхним поверхностям планера стандартным трехцветным камуфляжем RLM 61/62/63 с ломаными линиями разделения цветов. Сверху наносились пятна красок коричневой (RLM 61 Dunkelbraun), темно-зеленой (RLM 62 Grim) и серо-зеленой (63 Grungrau); снизу вся машина окрашивалась в светло-голубой цвет (RLM 65 Hellblau). Некоторые экземпляры версии Ju 87 А, после передачи их в летные школы к конце тридцатых годов, перекрашивались по образцу версии Ju 87 В. Последняя (Ju 87 B/R) окрашивалась сверху большими ломаными пятнами красок в стандартном расположении, черно-зеленого (RLM 70 Schwarzgrun) и темно-зеленого (RLM 71 Dunkelgrun) цветов. Окраска снизу осталась прежней (светло-голубая RLM 65 Hellblau). Этот камуфляж, подробно определявший расположение пятен обоих зеленых оттенков, также использовался на позднейших производственных сериях D и G. От этого стандарта, однако, существовало много отступлений. Самолеты, действовавшие в Африке, получали тропический камуфляж, имевший несколько вариантов. Вначале дополнительно накрашивались пятна песочного цвета, которые наносились непосредственно на стандартную «европейскую» раскраску из цветов RLM 70 и RLM 71. Для них использовалась краска песочного цвета (RLM 79 Sandgelb) или, скорее всего в исключительных случаях, песочная краска, применявшаяся итальянской авиацией. В следующих фазах боев над Африкой тропические версии Ju 87 B/R/D получали стандартный камуфляж, состоявший из песочного (RLM 79 Sandgelb) и оливково-зеленого (RLM 80 Olivgrun) цветов на верхних поверхностях и светло-голубого (RLM 78 Hellblau) на нижних. Расположение пятен камуфляжа на верхних поверхностях было различным, чаще всего это были хаотические оливково-зеленые пятна или пятнышки на песочном фоне. Некоторые Ju 87, действовавшие на Африканском ТВД, сверху окрашивались исключительно песочным цветом RLM 79.
В зимних условиях, особенно на Восточном фронте, самолеты окрашивались по верхним поверхностям белой смывающейся краской или известью. Краска или известь иногда наносились равномерно, что давало сплошную белую окраску машины сверху и сбоку; однако чаще всего краска/известь наносились не очень тщательно или — из-за воздействия атмосферных факторов — белая окраска облазила, что создавало интересный визуальный эффект. На самолетах, действовавших ночью, светло-голубой цвет RLM 65 иногда заменялся на черный RLM 22 Schwarz. Некоторые машины из ночных штурмовых эскадрилий окрашивались также дополнительными пятнышками или «змейками» светло-серого (RLM 76 Hellgrau) или светло-голубого (RLM 65 Hellblau) цветов поверх стандартного камуфляжа верхних поверхностей.