Материалы, относящиеся к делу Старицкого (1567-1570) и второму «изданию» опричнины (1575), хранились в опричном архиве в должном порядке. Что же касается других документов о казнях, то некоторые из них, как видно, затерялись в архиве, и дьяки не использовали их при составлении «приказного списка». В Синодик не попали сведения о казни князя Андрея Шуйского (1543), Кубенского и Воронцовых (1546), Шишкина (1563), об умерщвлении Никиты Шереметева (1564), Шевырева (1565), князя Рыбина-Пронского (1566), князя Михаила Воротынского (1573).
Пропуски Синодика носят закономерный характер: если в «приказном списке» пропущен некий судебный процесс, то в списке опальных пропущены все связанные с этим делом лица. Исключение составляют записи, относящиеся к 1565 и 1571-1572 гг.
В целом пропуски Синодика незначительны. Вопреки заключению С.Б. Веселовского «приказной список» отличался большой полнотой. Приказные люди, «законспектировавшие» опричные судные дела, и не подозревали, что после гибели опричных архивов их конспекты послужат бесценным материалом для историков.
В некоторых списках Синодика подробному тексту предпослан краткий перечень опальных, насчитывающий 75 имен самых знатных из «убиенных». Краткий список был разослан по монастырям в 7090 (1582) г., подробный – в 7091 (1582-1583) г.
Сличение текстов обнаруживает, что краткий Синодик был экстрактом «приказного списка», с небольшими отступлениями от последнего. По непонятным причинам составители краткого Синодика пропустили имена нескольких бояр (Басманова и Яковлевых), а в конце приписали двух бояр, отсутствующих в «приказном списке». Опричный архив исчез. Он сгорел, был уничтожен или сгнил в подземных тайниках.
Казалось бы, никакая сила не может его восстановить. Однако новейшие методы источниковедения позволили решить задачу. Реконструированный Синодик – своего рода конспект утраченного опричного архива. Деяния опричнины описаны в этой кровавой летописи бесстрастно и точно, день за днем, месяц за месяцем. Документ дает ключ к эпохе массового террора в России.
Многолетние споры о целях и результатах опричного террора близятся к концу. …Царь был озабочен тем, чтобы оправдать бесславное окончание похода в Ливонию в конце 1567 г. Причиной отмены похода было выставлено расстройство посошной службы. Податное население – «сохи» выставляли людей, которые служили в обозе армии и волокли пушки. Ведал посошными людьми дьяк Казарин Дубровский, известный взяточник. Он не обеспечил своевременной доставки пушек на границу.
Царь велел подобрать жалобы на дьяка. Дубровский был уличен в злоупотреблениях и казнен. В царском Синодике опальных ему посвящена такая запись: «Казарина Дубровской, да 2 сына его, да 10 человек, которые приходили на пособь». Вслед за тем Грозный взялся за дворян, скомпрометированных доносом Старицкого. Опричники казнили двоюродного дядю князя Владимира Андреевича и некоторых других лиц. Как видно, дядя неосторожно намекал племяннику на возможность перехода власти в его руки.
Начавшиеся казни вызвали резкий протест со стороны высшего духовенства.
Митрополит Филипп посетил царя и долго беседовал с ним наедине. Убедившись в тщетности увещеваний, он выждал момент, когда царь со всей своей свитой явился на богослужение в кремлевский Успенский собор, и при большом стечении народа произнес проповедь о необходимости упразднить опричнину. Кремлевский диспут кратко и точно описан новгородским летописцем: 22 марта 1568 г. «учал митрополит Филипп с государем на Москве враждовати о опришнины». Диспут нарушил благочиние церковной службы и имел неблагоприятный для Грозного исход. Не получив от митрополита благословения, царь в ярости стукнул посохом оземь и пригрозил митрополиту, а заодно и всей земле суровыми карами. «Я был слишком мягок к вам, но теперь вы у меня взвоете!» – будто бы произнес он. На другой день о столкновении царя с митрополитом говорила вся столица. Церковь пользовалась большим авторитетом как среди власть имущих, так и в беспокойных низах. Народ не оставался безучастным свидетелем происходившего.