Речи митрополита наиболее подробно изложены в «Житии митрополита Филиппа» и в «Записках» Таубе и Крузе, написанных на 20-30 лет раньше «Жития». Сопоставление этих источников не оставляет сомнений в их достоверности. По существу, митрополит обратился к монарху с теми же требованиями, что и земские бояре после собора 1566 г. Он просил прекратить кровопролитие и упразднить опричнину, «твоя бо есть едина держава». Филипп молил государя, но также грозил ему Страшным Судом: «Мы приносим жертву Господеви чисту и безкровну, за тебя, государя, Бога молим, а за олтарем неповинна кровь лиется християнская и напрасно умирают»; ты, государь, благочестив, но почему «неправедная дела твориши»; «суд сотвори праведен и истин, а оклеветающая сыщи и обличи»; «О царю, свете, сиречь православна вседержавный наш государь, умилися, разори, государь, многолетное свое к миру негодование, призри милостивно, помилуй нас, своих безответных овец»; «Аще, государь, не велиши престати от сея крови и обиды, взыщет сего Господь от руки твоее».
Протест Филиппа был симптомом окончательного падения престижа царя в земщине.
Приспешники Грозного настоятельно убеждали его пустить в ход насилие, поскольку в обстановке острого внутреннего кризиса всякое проявление слабости могло иметь катастрофические для властей последствия.
Филипп нарушил клятву «не вступаться в опричнину» и должен был понести наказание. Опричники схватили митрополичьих бояр и забили их насмерть железными палицами, водя по улицам Москвы.
В Синодике убиенных записаны митрополичьи старцы Леонтий Русинов, Никита Опухтин и др. Рядом с ними на страницах Синодика фигурируют ближние люди и слуги конюшего Челяднина. Раздор с митрополитом побудил царя отдать давно подготовленный приказ о расправе с «заговорщиками».
В соответствии с официальной версией конюший Федоров-Челяднин готовился произвести переворот с помощью своих многочисленных слуг и подданных, будто бы посвященных в планы заговора. Не мудрено, что опричники подвергли вооруженную свиту конюшего и его челядь беспощадному истреблению. Царские телохранители совершили несколько карательных походов во владения Челяднина. Записи Синодика позволяют восстановить картину первых опричных погромов во всех деталях. Ближние вотчины конюшего разгромил Малюта Скуратов. Заслуги палача были оценены должным образом, и с этого момента началось его быстрое возвышение в опричнине. После разгрома ближних вотчин настала очередь дальних владений. Челяднин был одним из богатейших людей своего времени. Ему принадлежали обширные земли в Бежецком Верху, неподалеку от Твери. Туда царь явился собственной персоной со всей опричной силой. При разгроме боярского двора «кромешники» посекли боярских слуг саблями, а прочую челядь и домочадцев согнали в сарай и взорвали на воздух порохом. Об этих казнях повествует следующая документальная запись Синодика: «В Бежецком Верху отделано Ивановых людей 65 человек да 12 человек скончавшихся ручным усечением».
Погром не прекращался в течение нескольких месяцев – с марта по июль. Летом опричники подвели своеобразный итог своей деятельности со времени раскрытия «заговора». «Отделано 369 человек и всего отделано июля по 6-е число» (1568), – читаем в Синодике. Примерно 300 человек из указанных в «отчете» были боярскими слугами и холопами. Они погибли при разгроме вотчин.
Кровопролитие обострило конфликт между царем и церковью. Следуя примеру митрополита Афанасия, Филипп в знак протеста против действий царя покинул свою резиденцию в Кремле и демонстративно переселился в один из столичных монастырей. Однако в отличие от своего безвольного предшественника Колычев отказался сложить сан митрополита.
Открытый раздор с главой церкви ставил Грозного в исключительно трудное положение. Он вынужден был удалиться в Слободу и заняться там подготовкой суда над Филиппом. Опричные власти поспешили вызвать из Новгорода преданного царю архиепископа Пимена, а затем направили в Соловки особую следственную комиссию, состоявшую из опричников и духовных лиц. Комиссия произвела розыск о жизни Филиппа в Соловецком монастыре и с помощью угроз и подкупа принудила нескольких монахов выступить с показаниями, порочившими их бывшего игумена. Состряпанное комиссией обвинение оказалось все же столь сомнительным, что самый авторитетный член комиссии епископ Пафнутий отказался подписать его. Противодействие епископа грозило сорвать суд над Филиппом. Исход дела должно было определить теперь обсуждение в Боярской думе, многие члены которой сочувствовали Колычеву.