Конфликт достиг критической фазы. В такой обстановке Грозный решил нанести думе упреждающий удар. 11 сентября 1568 г. Москва стала свидетелем казней, зафиксированных Синодиком: «Отделано: Ивана Петровича Федорова; на Москве отделаны Михаил Колычев да три сына его; по городам – князя Андрея Катырева, князя Федора Троекурова, Михаила Лыкова с племянником». Отмеченные Синодиком репрессии против членов Боярской думы по своему размаху немногим уступали первым опричным казням. На эшафот разом взошли старший боярин думы И.П. Челяднин-Федоров, окольничие М.И. Колычев и М.М. Лыков, боярин князь А.И. Катырев-Ростовский.
Согласно официальной версии, с которой Шлихтинг ознакомился в опричнине, у конюшего Федорова было 30 сообщников. В кратком Синодике опальных находим ровно 30 знатных лиц и видных дьяков, казненных в промежуток времени между началом розыска по делу Федорова и убийством главы «заговора». Совпадение цифр подтверждает осведомленность Шлихтинга. При разгроме «заговора» Челяднина пролилось значительно больше крови, чем в первые месяцы опричнины. На основании записей Синодика можно установить, что с конюшим погибло до 150 дворян и приказных людей и вдвое большее число их слуг и холопов.
Как правило, следствие проводилось в строгой тайне, и смертные приговоры выносились заочно. Осужденных убивали дома или на улице, на трупе оставляли краткую записку. Таким способом преступления «заговорщиков» доводились до всеобщего сведения.
Репрессии носили в целом беспорядочный характер. Хватали без разбора друзей и знакомых Челяднина, уцелевших сторонников Адашева, родню находившихся в эмиграции дворян и т.д. Побивали всех, кто осмеливался протестовать против опричнины. Недовольных было более чем достаточно, и они вовсе не хотели молчать.
Записанный в Синодик дворянин Митнев, будучи на пиру во дворце, бросил в лицо царю дерзкий упрек: «Царь, воистину яко сам пиешь, так и нас принуждаешь, окаянный, мед, с кровию смешанный братии наших… пити!» Тут же во дворце он был убит опричниками. Вяземский дворянин Митнев имел основания протестовать против произвола опричнины. Он был выслан из своего уезда в начале опричнины и лишился земельных владений.
Невозможно поверить тому, что все казненные были участниками единого заговора.
Подлинные сторонники Старицкого, названные в летописных приписках, уже покинули политическую сцену. Что же касается Челяднина, то он в 1553 г. выступал противником князя Владимира. Окольничий Михаил Колычев также доказал свою лояльность в деле Старицких. Недаром он был послан в Горицкий монастырь для надзора за Евфросиньей тотчас после ее пострижения.
Обвинения насчет связей с «крамольным» князем Владимиром служили не более чем предлогом для расправы с влиятельными боярами, способными оказать реальное сопротивление опричной политике. Пытки открыли перед властями путь к подтверждению вымышленных обвинений. Арестованных заставляли называть имена «сообщников». Оговоренных людей казнили без суда. Исключение было сделано только для конюшего Ивана Федорова и Михаила Колычева. Но их судили ускоренным судом. Царь собрал в парадных покоях Большого Кремлевского дворца членов думы и столичное дворянство и велел привести осужденных. Конюшему он приказал облечься в царские одежды и сесть на трон. Преклонив колена, Грозный напутствовал несчастного иронической речью: «Ты хотел занять мое место, и вот ныне ты, великий князь, наслаждайся владычеством, которого жаждал!»
Шлихтинг, Таубе и Крузе одинаково свидетельствуют, что экзекуцию начал сам царь, ударивший боярина ножом. По приказу самодержца земские и опричники, присутствовавшие в зале, стали наносить новые удары по телу, даже когда он перестал подавать признаки жизни. Впервые царь своей рукой покарал «изменника» и, более того, принудил придворных участвовать в публичной расправе.
Труп убитого протащили за ноги по всему Кремлю на площадь и бросили на всеобщее поругание в навозную яму на берегу Неглинной.
Главным сообщником Федорова был назван окольничий Михаил Колычев, разделивший его участь. Вместе с ним были убиты трое его сыновей.
Фарс, устроенный в Кремле, и вымыслы по поводу того, что конюший домогался короны, показали, что опричному правительству не удалось доказать выдвинутые против него обвинения.
Синодик опальных позволяет впервые точно установить круг лиц, казненных по делу о заговоре конюшего Федорова. В числе их были Василий Колычев, Игнатий Заболоцкий, земский казначей Хозяин Тютин, видные земские дьяки Иван Выродков, Иван Бухарин, Казарин Дубровский, стрелецкий голова Никита Казаринов. Царь постарался использовать дело о заговоре Федорова, чтобы возобновить репрессии против бывших казанских ссыльнопоселенцев. Головы лишились окольничий Михаил Лыков с племянником. Лыков был воеводой в Казани, откуда его перевели в Нарву.
Были убиты знатный воевода Андрей Шеин-Морозов с сыном Григорием, Алексей Шеин, дворяне Заболоцкие.