В сентябре 1568 г. Федоров был казнен. Байки о том, будто Грозный вызвал его к себе, заставил нарядиться в царские одежды, сесть на трон, а потом пырнул ножом, мы оставим для слишком «легковерных» любителей чужеземного вранья. Боярин провел в тюрьме более полугода. А казнили его на Козьем болоте. Иностранные очевидцы сообщали, что труп оставили там на несколько дней – продемонстрировать участь изменников. Кроме него, лишились жизни воеводы Владимир Курлятев и Григорий Сидоров, царский казначей грек Хозин или Ховрин, дьяк Дубровский. Впрочем, вина Дубровского была иной. Он за взятки «косил» от службы мобилизованных «посошных» людей, освобождал боярские хозяйства от выделения подвод для воинских перевозок. «Откосил» так, что в походе 1567 г. катастрофически не хватало обозной прислуги и недоставало транспорта даже под артиллерию.
Опричники прошлись и по вотчинам Федорова. В коломенских селах казнили 20 человек, в Губине Углу – 39, в Бежицком Верху – 77, а всего около 200. Разумеется, это не крестьянское население обширных владений и даже не дворовые – у бояр холопы исчислялись тысячами. Это были военные слуги. Участники отрядов, готовившихся для переворота. Но список «знатных лиц» никак не дотягивает до 30, о которых писал Шлихтинг. Владимира Андреевича, выдавшего сподвижников, добывавших ему корону, царь опять простил. А многих соучастников Федорова сумели выгородить их тайные единомышленники. Между прочим, это опровергает еще один миф – будто Иван Грозный сам пытал арестованных или хотя бы присутствовал при допросах. Уж наверное, пытками из Федорова и его подельщиков вытянули бы гораздо больше имен. Но их не прозвучало. Обеспечили это Басмановы и Вяземский. Они возглавляли следствие, вели допросы. В результате у заговора была отсечена только одна ветвь.
Когда распутывали и уничтожали узел измены, в поддержку государевой политики выступил митрополит, публично обличал епископов, которые сочувствовали крамольникам. А это было чрезвычайно опасно для них. Как свергнуть царя, если первосвятитель осудит переворот, обратится к пастве? Поэтому заговорщики принялись вести подкоп под святителя Филиппа. Его настойчиво силились поссорить с царем. Вываливали ему жалобы на опричников, их мнимые беззакония. А Грозному внушали, будто митрополит организует противников государя. Использовались разные предлоги. Например, во время одной из служб кто-то из опричников забыл снять тафью. Тафья – маленькая матерчатая шапочка, перенятая у татар. Ее носили под шапкой и «настоящим» головным убором не считали. Только Стоглавый собор уточнил, что в тафьях находиться в церкви все же нельзя. Митрополит заметил нарушение, указал царю. Но опричник успел сдернуть тафью, а Ивану Васильевичу «подсказали», что Филипп нарочно нападает на его слуг. (Историки потом переврали эту сцену – описали, будто сам царь и его свита вошли в церковь в шапках.)
Басмановы и группировка Пимена сумели вовлечь в интриги царского духовника Евстафия, и он начал «непрестанно явно и тайно носить речи непотребные» на Филиппа. Вольно или невольно Грозный охладевал к митрополиту, сеялись семена подозрений. Тем не менее спровоцировать разрыв между царем и Филиппом не удавалось. Государь не спешил принимать наветы за чистую монету – он же знал, что часть духовенства ведет игру в пользу Пимена.
Но, ко всему прочему, св. Филипп вдруг обнаружил – в церкви сохраняется ересь «жидовствующих»! Начал собственное расследование. Впоследствии открылось, что к еретикам принадлежал не кто иной, как Пимен. Они пронюхали, задергались. Чтобы не допустить разоблачения, обвинили в ереси самого св. Филиппа, а заодно и в измене. Царь не поверил, потребовал доказательств. Что ж, враги митрополита создали «совместную» комиссию. От духовенства поехали в Соловецкий монастырь Пафнутий Суздальский, архимандрит Феодосий, а Басмановы послали с ними князя Темкина-Ростовского. Комиссия набрала десять монахов, недовольных прежним настоятелем или подкупленных, игумена Паисия, которому пообещали сан епископа. Они и наговорили «доказательств».