По той же самой дороге в ближайшие годы много раз ездили иностранные посольства, в том числе недружественные России. Но ни одно из них не сообщало о разоренных городах, не заметило следов «погромов». А основой всей операции была секретность. Требовалось нагрянуть внезапно, захватить преступников с поличным. Но посудите сами, какая могла быть тайна, если собирать армию да еще и опустошать Клин, Городню, Тверь, Медное, Торжок, Вышний Волочок? Все заговорщики успели бы разбежаться.
Удержать поход в тайне все равно не получилось. Новгородскую верхушку предупредил Вяземский. Но она ничего не сумела предпринять, даже в своем городе изменники были в подавляющем меньшинстве. Видимо, сохраняли и надежды, что царь о многом не знает, очередной раз пронесет. 2 января 1570 г. в Новгород прибыл отряд Скуратова из 1000 человек, перекрыл заставами ворота и произвел аресты по заранее намеченным спискам. 8 января приехал царь со свитой в 500 человек. Между прочим, собирать большое войско вообще не требовалось. В Новгороде располагался крупный гарнизон. Никаких столкновений между опричниками и военными не было, гарнизон привлекли к операции.
А в Москве уже начал заседать Освященный собор, созванный государем. Прибыв в Новгород, он не принял благословения у еретика Пимена, сказал: «В руке твоей не крест животворящий, а орудие убийственное». Но даже в этом случае царь не превысил своих полномочий, дозволил архиепископу отправлять службу. Однако в тот же день привезли решение Собора о низложении Пимена и лишении священства, и лишь тогда царь арестовал его. Начался суд. Главных преступников отправили в Москву. Пимена перед этим посадили на кобылу задом наперед, дали в руки волынку и бубен и провезли по улицам – аналогичным образом в прежние времена возили осужденных «жидовствующих».
Рядовых изменников и еретиков покарали на месте. Всего было казнено от 1490 до 1505 человек. На этой цифре сходятся все исследователи, как уважительно относящиеся к Грозному, так и его противники. Из храмов, оскверненных еретиками, были изъяты иконы и святыни. У монастырей, где они устроили свои секты, конфисковали казну. Ряд других монастырей и священников, не впавших в ересь, но знавших о ней и предпочитавших помалкивать, были наказаны крупными штрафами. Царскому суду пришлось разбираться не только с этим. При покровительстве Пимена и его соучастников земскую власть захватили богатые купцы. Вскрылась масса злоупотреблений, притеснения бедноты, контрабанда, подпольное винокурение. Государь навел порядок, рассмотрел жалобы. Виновных, согласно закону, приказывал «грабить», т. е. конфисковывать имущество, налагал штрафы.
12 февраля Иван Васильевич отправился в Псков. Основания для этого имелись. В описи царского архива упоминается «извет про пскович… что они ссылались с литовским королем с Жигмонтом». Но, как видно из названия, это был именно извет. В отличие от Новгорода, царь не был уверен в обвинениях и строго предупредил опричников, чтобы они «притупили мечи» – здесь карательных акций не предвиделось. Псковичи, конечно же, были наслышаны о казнях в Новгороде. Но они прекрасно знали, что карают вовсе не невиновных. Иначе разве стали бы они дожидаться царя? У них граница была рядом. Но за собой они такой вины не чувствовали.
20 февраля царя торжественно встретило духовенство во главе с игуменом Печерского монастыря св. Корнилием, горожане выставили столы, преподнесли хлеб-соль. Правда, радость была омрачена. В этот же день 69-летний преподобный Корнилий умер. По-видимому, сказалось нервное напряжение, волнения. Он скончался на руках государя, глубоко почитавшего старца. В «Повести о начале… Печерского монастыря» и в летописи отмечается: «От тленнаго сего жития земным царем предпослан к Небесному Царю в вечное жилище в лето 1570 февраля в 20-й день…»
Доносы об измене псковичей не подтвердились. Самое серьезное прегрешение, которое обнаружил царь, – вечевой колокол. Еще отец государя, Василий III, повелел ликвидировать его, но Псков отлил такой же, повесив в храме св. Троицы. По этому колоколу созывались земские сходы. Иван Васильевич счел это нарушением отцовского указа, распорядился снять колокол. Однако за него заступился юродивый св. Никола Псковский, потребовал не трогать. Предупредил, что при непослушании падет царский конь. Государь пренебрег словами св. Николы, и предсказание исполнилось. Ивана Грозного это заставило устыдиться. Но он, как и в Новгороде, рассмотрел жалобы горожан. У некоторых местных влиятельных людей, виновных в злоупотреблениях, было конфисковано имущество. Причем такие наказания, в отличие от колокола, никаких возражений со стороны юродивого не вызвали.