Царь был крайне недоволен создавшимся положением и позднее с раздражением писал: когда-де он, государь, «бояр своих и всех приказных людей похочет которых их в винах понаказати и посмотрити и архиепископы, и епископы, и архимандриты, и игумены, сложася з бояры и з дворяны и з дьяки и со всеми приказными людьми, начали по них же государю царю и великому князю покрывати». Попытки царя избавиться от неугодных ему приближенных наталкивались на сопротивление членов правящей группы. Это не удивительно, если учесть, что элита дворянского сословия складывалась из довольно узкой группы знатных родов, тесно переплетенных родственными, служебными и земельными связями. Среди бояр, выступавших поручителями по опальным, мы встречаем не только будущих жертв опричнины, но и будущих видных опричников: так, поручители за князя Александра Воротынского бояре Алексей Данилович Басманов и Иван Яковлевич Чеботов в недалеком будущем станут членами опричной думы царя Ивана. Лишь узкий круг наиболее близких советников царя, которым он готов был доверить государство и сына в случае своей смерти, не принимал участия в ходатайствах по опальным. В начале 60-х годов XVI века подавляющая часть правящей элиты явно выражала свое беспокойство избранным царем образом действий.
И недовольство это вовсе не ограничивалось лишь кругом советников государя. Хотя поручителями за разных опальных были частично одни и те же лица, в целом в защиту подвергнутых репрессиям советников выступили сотни рядовых членов «государева двора», очевидно, связанные с опальными или их главными поручителями разнообразными связями.
Недовольство детей боярских находило свое выражение не только в их участии в составлении поручных записей. С начала 60-х годов начались побеги детей боярских в Литву, и это в условиях, когда отношения между государствами становились все более напряженными, а затем привели к открытой войне. Некоторые из беглецов были жертвами преследований и искали за рубежом спасения: так бежал в Литву стрелецкий голова Тимофей Тетерин, принудительно постриженный по приказу царя в Антониево-Сийском монастыре. Некоторые дворяне бежали прямо из готового к военному походу войска. Так поступил в 1563 году знатный дворянин Богдан Никитич Хлызнев Колычев, который «побеже из полков воеводских» и сообщил литовским воеводам «царев и великого князя ход к Полотцску с великим воинством». Побеги стали столь обычным явлением, что при описании военных действий под Полоцком в 1564 году официальный летописец с удовлетворением отметил: «В государеве вотчине в городе Полотце всякие осадные люди, дал Бог, здорово: а толко один изменник государьскои убежал с сторож к литовским людям, новоторжец сын боярский Осмой Михайлов сын Непейцына».
Руководящим политикам Великого княжества Литовского и Польши было хорошо известно о разногласиях между царем и дворянством, и они рассчитывали использовать эти разногласия в собственных интересах. Уже в конце 1561 года литовский гетман (главнокомандующий литовской армией) Миколай Радзивилл обратился с письмом к русским воеводам крепости Тарвас в Ливонии. Отметив, что «бездушный государь ваш без всякого милосердия и права, а з неизбежною опалою своею горла ваши берет», Радзивилл призвал воевод «з окрутенства з неволи» перейти под власть Сигизмунда II. Когда в 1563 году собрался польский сейм, чтобы обсудить вопрос о помощи Великому княжеству Литовскому, которое вступило к этому времени в войну с Россией, в тронной речи участникам сейма сообщали, что король «надеется на то, что, если бы только войско его королевской милости показалось на Москве (то есть на русской территории. —
Если известия о разногласиях между царем и дворянством вызывали у литовских политиков определенные надежды и толкали их к более активным действиям, то, в свою очередь, доходившие до царя сведения об этих надеждах и действиях усиливали его сомнения в верности подданных. В этом смысле очень показательной представляется судьба воевод Тарваса. Хотя они и не вняли увещаниям гетмана Радзивилла и литовские войска взяли Тарвас лишь штурмом, царь положил на вернувшихся из плена воевод опалу и «розослал их... по городам в тюрьмы, а поместья их и вотчины велел... взять и роздать в роздачю».