Духовенство пыталось отстоять свои традиционные права. Прежде московские митрополиты-греки проводили достаточно независимую от великих князей политику, пользуясь влиянием в Литве и опираясь на поддержку константинопольского патриарха.
Завоевание Византийской империи «неверными» в 1453 г. было воспринято в Москве как знак крушения греческой церкви, наказание Божие за отступничество и унию с католиками. Поставив на митрополию русского епископа Иону, Иван III воспретил ему принять послов патриарха Симеона, пояснив, что не нуждается более в благословении «того самого патриарха, чюжа и отреченна…».
Когда константинопольский патриарх утвердил в сане митрополита киевского и всея Руси Григория, ученика низложенного в Москве Исидора, и объявил о смещении московского митрополита как незаконного и избранного без поставления в Константинополе, Иван III отказался подчиниться его решению. В своих грамотах монарх многократно подчеркивал, что константинопольский патриарх живет «в бесерменских руках, в чюжой неволе», а православие под игом турок «изрушилось»; «большие церкви Божьи соборные турецкий царь в мизгиты (мечети) починил, а которые церкви оставил патриарху, на тех крестов нет, ни звону у них нет, поют без звону». Общерусская церковная организация распалась окончательно. Киевская митрополия утратила связь с московской.
Московские великие князья стремились заручиться поддержкой митрополита, закрепить превращение Москвы в церковную столицу Руси. С этой целью они щедро жаловали земли митрополичьему дому. Однако в XV в. пожалования из казны прекратились.
Иван III был первым московским государем, именовавшим себя самодержцем. Новый титул подтвердил огромную власть, которой стали пользоваться государи всея Руси. Вмешательство монарха в церковные дела усилилось. Однако московские митрополиты не сразу осознали и приняли новые исторические условия. Они продолжали отстаивать традиционную независимость церкви, что неизбежно приводило к раздору и столкновениям.
В официальных московских летописях сведения о конфликтах такого рода замалчивались. Что касается независимых летописцев, их голоса звучали все глуше. Исключение составляли две летописи, вышедшие из церковных кругов. Одна из них была составлена в Москве, другая — в Ростовской земле.
Ростовская летопись была составлена в церковных кругах, близких к Ивану III. Московский книжник отстаивал старину и поэтому сурово порицал великого князя за бесчисленные нарушения права и традиции.
Игумен Кирилл, основатель Кирилло-Белозерского монастыря, вверил опеку над обителью местному белозерскому князю Андрею. Сын Андрея Михаил наследовал право опеки как удельный князь Белозерский.
Когда ростовский архиепископ Трифон назначил без его согласия и одобрения игуменом монастыря монаха Филофея (1470 г.), Михаил изгнал его из обители, «велел поимати и оковать». В 1478 г. старцы Кирилло-Белозерского монастыря отказались подчиниться суду нового ростовского архиепископа Вассиана Рыло. Видимо, они действовали по указке Михаила. На стороне удельного князя Михаила и старцев выступил митрополит Геронтий, особой грамотой подтвердивший незыблемость удельной старины.
Ростовский архиепископ Вассиан Рыло обратился с жалобой к Ивану III. На созванном в Москве соборе мнения разделились. Многие иерархи протестовали против вмешательства государя в церковные дела. Но Иван III стоял на своем. Он вытребовал у двоюродного дяди, князя Михаила, митрополичью грамоту и разорвал ее в клочья. Кириллов монастырь должен был признать власть Вассиана Рыло.
Среди монахов Кирилло-Белозерского монастыря не было единодушия. Влиятельный кирилловский старец Паисий Ярославов решительно встал на сторону великого князя.
В 1478 г. Иван III распорядился по-своему вотчинами новгородской церкви. В том же году он призвал к себе Паисия и после долгих уговоров убедил его принять пост игумена Троице-Сергиева монастыря. По замыслу Ивана III назначение нестяжателей на высокие посты позволило бы практически осуществить поучения Паисия и его учеников.
Старец Паисий пользовался большим влиянием при дворе. В 1479 г. он крестил первенца Ивана III и Софии Палеолог.
Вслед за раздором из-за Кирилл о-Белозерского монастыря последовал спор из-за обряда освящения главного храма государства.